Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen create_matrix komutudur.
Program:
ADI
create_matrix - genom bolluğu benzerlik matrisini hesaplayın
SİNOPSİS
create_matrix [seçenekleri] İSİMLER
AÇIKLAMA
Benzerlik matrisini hesaplayın.
İlk olarak, bir okuma simülatörü kullanılarak her referans genom için bir dizi okuma simüle edilir.
core/tools.py ile belirtildi -s. İkincisi, her türün simüle edilmiş okumaları haritalanır
ile belirtilen eşleyiciyi kullanan tüm referans genomlara karşı -m. Üçüncüsü, elde edilen
SAM dosyaları, benzerlik matrisini hesaplamak için analiz edilir. benzerlik matrisi saklanır
numpy dosyası olarak (-o).
SEÇENEKLER
İSİMLER İsimler dosyasının dosya adı; düz metin adları dosyası, başına bir ad içermelidir
hat. Ad, tüm algoritmada tanımlayıcı olarak kullanılır.
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
-s SİMÜLATÖR, --simülatör=SIMULATOR
Core/tools.py içinde tanımlanan okuma simülatörünün tanımlayıcısı [varsayılan: yok]
-r REF, --referans=REF
Okuma simülatörü için referans dizisi dosya deseni. Ad için yer tutucu
"%s". [varsayılan: ./ref/%s.fasta]
-m HARİTACI, --haritalayıcı=HARİTACI
core/tools.py içinde tanımlanan eşleyicinin tanımlayıcısı [varsayılan: yok]
-i İNDEKS, --index=INDEX
Okuma eşleyicisi için referans dizin dosyaları. Ad için yer tutucu "%s".
[varsayılan: ./ref/%s.fasta]
-t SICAKLIK, --temp=TEMP
Geçici benzetilmiş veri kümelerini ve SAM dosyalarını depolamak için dizin. [varsayılan: ./temp]
-o DIŞARI, --çıktı=OUT
Çıktı benzerlik matrisi dosyası. [varsayılan: ./similarity_matrix.npy]
onworks.net hizmetlerini kullanarak create_matrix'i çevrimiçi kullanın
