Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen DBshow komutudur.
Program:
ADI
DBshow - Dazzler veritabanında saklanan okumaları görüntüleyin
SİNOPSİS
DB gösterisi [-unqUQ] [-wint(80)] [-miz]+ yol:db|baraj [ okur:DOSYA | okur:aralık ... ]
AÇIKLAMA
Veritabanında istenen okumaları görüntüler yol.db veya yol.baraj. Varsayılan olarak komut
kırpılmış veritabanı için geçerlidir, ancak -u ayarlanırsa tüm DB kullanılır. hayır okuma
argümanlar verildikten sonra veritabanındaki veya veritabanı bloğundaki her okuma görüntülenir.
Aksi takdirde, girdi dosyası veya sağlanan tamsayı aralıklarının listesi sıra konumlarını verir.
db'nin aktif olarak yüklenen kısmında. Bir dosya söz konusu olduğunda, basitçe şunları içermelidir:
satır başına bir okuma dizini. Diğer durumda, bir okuma aralığı ya yalnız bir tam sayıdır ya da
$ sembolü, bu durumda okuma aralığı sadece bu okumadan oluşur (en son okuma
veritabanı ise $). Bir tire ile ayrılmış iki pozitif tam sayı da verilebilir.
bir tamsayı aralığını belirtin, burada yine $, son okunan dizinin dizinini temsil eder.
aktif olarak yüklenen db. Örneğin, 1 3-5 $ 1, 3, 4, 5 okur ve son okunan
aktif db. Başka bir örnek olarak, 1-$ aktif db'deki her okumayı görüntüler (
varsayılan).
Varsayılan olarak, okuma dizilerinin bir .fasta dosyası görüntülenir. Eğer -q seçenek ayarlandı,
daha sonra QV akışları, fasta formatının standart olmayan bir modifikasyonunda da görüntülenir.
Eğer -n seçenek belirlenir, ardından DNA dizisi değil görüntülenir. Eğer -Q seçenek ayarlandı
ardından bir .quiva dosyası görüntülenir ve bu durumda -n ve -m seçenekler ayarlanmamış olabilir (ve
the -q ve -w seçeneklerin etkisi yoktur).
ile bir veya daha fazla maske ayarlanırsa, -m seçeneği, ardından parça aralıkları da
ek bir başlık satırında görüntülenir ve bir aralık içindeki bazlar
diğer tüm bazlar için kullanılan durumun tersi. Varsayılan olarak çıkış dizileri
küçük harf ve satır başına 80 karakter. NS -U seçenek büyük harf kullanılması gerektiğini belirtir,
ve satır başına karakterler veya satır genişliği, herhangi bir pozitif değere ayarlanabilir. -w
seçeneği.
Çıktı alınan .fasta veya .quiva dosyaları şu şekilde bir DB'ye dönüştürülebilir: fasta2DB(1) ve
quiva2DB(1) (eğer -q ve -n seçenekler ayarlanmadı ve hayır -m seçenekler belirlenir), birine bir
test amacıyla okumaların bir alt kümesinin DB'sini oluşturmanın basit yolu.
DBshow'u onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi kullanın
