diffseqe - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

diffseq - İki benzer dizinin özelliklerini karşılaştırın ve raporlayın

SİNOPSİS

farklı -bir dizi dizi -sonraki dizi -Kelime boyutu tamsayı
[-küresel farklılıklar boole] -outfile rapor -aoutfeat başarı -yetenek başarı

farklı -Yardım

TANIM

farklı EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Hizalama:Farklılıklar" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.

SEÇENEKLER

Giriş Bölüm
-bir dizi dizi

-sonraki dizi

gereklidir Bölüm
-Kelime boyutu tamsayı
İki dizi arasındaki benzer bölgeler, bir karma tablo oluşturularak bulunur.
'wordsize'd alt dizileri. 10 makul bir varsayılandır. Bu değeri büyütmek (20?)
programı biraz hızlandırabilir, ancak bu, programdaki herhangi iki farklılığın
'wordsize' birbirinden tek bir fark bölgesi olarak gruplandırılacaktır. Bu değer
yakındaki farklılıkların çözünürlüğünü iyileştirmek için daha küçük (4?) yapılabilir, ancak
program çok daha yavaş gidecektir. Varsayılan değer: 10

Ek Bölüm
-küresel farklılıklar boole
Normal olarak bu program, uzunluğun uzunluğu olan kimlik bölgelerini bulacaktır.
belirtilen kelime boyutu veya daha büyük ve daha sonra arasındaki fark bölgelerini rapor edecek
bu eşleşen bölgeler. Bu iyi çalışıyor ve çoğu insanın istediği şey
uzun örtüşen nükleik asit dizileriyle çalışmak. genellikle ilgilenmiyorsun
bu dizilerin örtüşmeyen uçlarında. Protein dizileriniz varsa veya kısa
Ancak RNA dizileri, en uçlardaki farklılıklarla ilgileneceksiniz. Bilişim Teknoloji
bu seçenek true olarak ayarlanırsa uçlardaki farklılıklar da raporlanır.
Varsayılan değer: N

Çıktı Bölüm
-outfile rapor

-aoutfeat başarı
İlk dizinin özelliklerinin çıktısı için dosya Varsayılan değer: $(sıra.name).diffgff

-yetenek başarı
İkinci dizinin özelliklerinin çıktısı için dosya Varsayılan değer: $(bsequence.name).diffgff

onworks.net hizmetlerini kullanarak diffseqe çevrimiçi kullanın