Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut disülfinderdir.
Program:
ADI
disülfinder - sisteinler disülfid bağlanma durumu ve bağlantı tahmincisi
SİNOPSİS
disülfinder [SEÇENEKLER]
TANIM
'disülfinder', sisteinlerin disülfid bağlanma durumunu ve bunların
sadece diziden başlayarak disülfid bağlantısı. Disülfid köprüleri önemli bir rol oynar
birkaç protein için katlama işleminin stabilizasyonunda. disülfid tahmini
tek başına diziden köprüler bu nedenle yapısal ve işlevsel çalışma için yararlıdır
Spesifik proteinlerin özellikleri. Ayrıca disülfid bağlanma durumu hakkında bilgi
sisteinlerin deneysel yapı belirleme sürecine yardımcı olabilir ve yararlı olabilir
diğer genomik açıklama görevlerinde. 'disülfinder', disülfür modellerini iki şekilde tahmin ediyor
hesaplama aşamaları: (1) her sisteinin disülfid bağlanma durumu, bir
BRNN-SVM ikili sınıflandırıcı; (2) oluşuma katıldığı bilinen sisteinler
bir bağlantı modeli elde etmek için bir Özyinelemeli Sinir Ağı tarafından eşleştirilir.
REFERANSLAR
A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo ve P. Frasconi. DISULFIND: Bir Disülfid Bağlama Durumu
ve Sistein Bağlantı Tahmin Sunucusu, Nükleik Asitler Araştırması, 34(Web Sunucusu
sorun):W177-W181, 2006.
Disülfit bağlantı tahmincisi için bakınız:
A. Vullo ve P. Frasconi. Özyinelemeli Sinirsel Kullanarak Disülfid Bağlantı Tahmini
Ağlar ve Evrimsel Bilgi, Biyoinformatik, 20, 653-659, 2004.
Sistein bağlanma durumu tahmincisi için bakınız:
P. Frasconi, A. Passerini ve A. Vullo. Tahmini için İki Aşamalı Bir SVM Mimarisi
Sisteinlerin Disülfid Bağlanma Durumu, Proc. Sinyal için Sinir Ağları Üzerine IEEE Çalıştayı
İşleme, s.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini ve A.Vullo. Disülfid Bağlanma Durumunun Tahmin Edilmesi
Çekirdek Makineleri Kombinasyonları ile Sisteinler, Journal of VLSI Signal Processing, 35,
287-295, 2003.
SEÇENEKLER
-a, --alternatifler=NUMBER
alternatif bağlantı modelleri (varsayılan=3)
-o, --çıktı=DIR
tahminlerin kaydedileceği çıktı dizini (varsayılan=$PWD)
-p, --psi2=DOSYA|DIR
psi2 formatında (ASCII'de PSI-BLAST Matrix), tek bir dosya veya bir
dizin(?). Bunu "blastpgp -j" ile oluşturun -Q DOSYA" burada N >= 2.
-r, --rootdir=DIR
çalışma dizini (varsayılan=~/disülfinder)
-k, --pkgdatadir=DIR
Modelleri içeren paket veri dizini (varsayılan=/usr/share/disülfinder)
-F, --format={html|ascii}
çıktı biçimi türü (varsayılan=ascii)
-d --blastdb=DIR
blastpgp -d seçeneği (varsayılan=/data/sp+trembl)
-c, --temizpred
temizleme ara tahmin dosyaları (varsayılan=yanlış)
-P, --usepssm
profiller için sayımlar yerine pssm kullanın (varsayılan=yanlış)
-C, --bilinen bağ durumu
bağlanma durumunun bilindiğini varsayalım (dizindeki her zincir için bir dosya
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (varsayılan=yanlış)
-v, --versiyon
disülfinder versiyonu
-?, --Yardım
yardım ekranı
ÖRNEKLER
"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"
onworks.net hizmetlerini kullanarak disülfinder'ı çevrimiçi kullanın
