Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen ecoPCR komutudur.
Program:
ADI
ecoPCR - verilen primerler ile sekans ve taksonomi melezlemesinin aranması
SİNOPSİS
eko PCR [seçenekler] <nükleotid desenler>
TANIM
ecoPCR, LECA ve Helix-Project tarafından geliştirilen elektronik bir PCR yazılımıdır. yardımcı olur
Barkod primerlerinin kalitesini tahmin edin.
SEÇENEKLER
-a : Tm hesaplaması için M cinsinden tuz konsantrasyonu (varsayılan 0.05 M)
-c : Veritabanı dizilerinin [c] dairesel olduğunu düşünün
-d : [D]atabase : beklenen formatla eşleşmesi için veritabanı
tarafından önce biçimlendirilmelidir. ecoPCRFormat(1) programı. ecoPCRFormat(1) oluşturur
üç dosya türü:
.sdx : dizileri içerir
.tdx : taksonomi ile ilgili bilgileri içerir
.rdx : sınıflandırma sıralamasını içerir
ecoPCR, tüm dosya türlerine ihtiyaç duyar. Sonuç olarak, veritabanı radikalini yazmanız gerekir.
herhangi bir uzantı olmadan. Örneğin /ecoPCRDB/gbmam
-D : in silico'nun her iki tarafında belirtilen sayıda nükleotid tutar
amplifiye sekanslar (amplifiye edilmiş DNA fragmanı artı iki hedef dahil)
primerlerin dizileri).
-e : [E]rror : oligonükleotit tarafından izin verilen maksimum hata (varsayılan olarak 0)
-h : [H]elp - yazdır Yardım
-i : [I]verilen sınıflandırma kimliğini yoksay.
Taksonomi kimliği, ecofind programı kullanılarak elde edilebilir. ecofind yazarak yardımına bakın
-h daha fazla bilgi için.
-k : [K]ingdom modu : krallık modunu ayarla
varsayılan olarak süper krallık modu.
-l : minimum [U]uzunluk : minimum çoğaltma uzunluğunu tanımlayın.
-L : maksimum [U] uzunluk : maksimum amplikasyon uzunluğunu tanımlar.
-m : Tm hesaplaması için tuz düzeltme yöntemi (SANTALUCIA : 1
veya OWCZARZY:2, varsayılan=1)
-r : [R] aramayı verilen taksonomik kimliğe göre sınırlar.
Taksonomi kimliği, ecofind programı kullanılarak elde edilebilir. ecofind yazarak yardımına bakın
-h daha fazla bilgi için.
ilk argüman: doğrudan zincir için oligonükleotit
ikinci argüman: ters zincir için oligonükleotit
Tablo sonuç açıklaması:
sütun 1: erişim numarası
2. sütun : dizi uzunluğu
sütun 3: taksonomik kimlik
4. sütun: sıra
sütun 5 : tür taksonomik kimliği
sütun 6 : bilimsel isim
sütun 7 : cins taksonomik kimliği
sütun 8 : cins adı
9. sütun : aile taksonomik kimliği
sütun 10 : soyadı
11. sütun : süper krallık taksonomik kimliği
sütun 12: süper krallık adı
sütun 13 : şerit (doğrudan veya ters)
sütun 14: birinci oligonükleotit
sütun 15 : ilk dizi için hata sayısı
sütun 16: Bu bölgede primer 1'in hibridizasyonu için Tm
sütun 17: ikinci oligonükleotit
sütun 18 : ikinci dizi için hata sayısı
sütun 19: Bu bölgede primer 1'in hibridizasyonu için Tm
sütun 20 : amplifikasyon uzunluğu
sütun 21 : sıra
sütun 22 : tanım
onworks.net hizmetlerini kullanarak ecoPCR'yi çevrimiçi kullanın