Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen edialigne komutudur.
Program:
ADI
edialign - Dizilerin yerel çoklu hizalaması
SİNOPSİS
hizalamak -diziler dizi seti -nümerik mod liste -revcomp boole [-örtüşme seçim]
[-bağlantı liste] [-maxfragl tamsayı] -parça boole -fragsim tamsayı
[-skoru boole] [-eşik şamandıra] - maske boole -dostarlar boole
-yıldız tamsayı -outfile dış dosya -outseq sıralı
hizalamak -Yardım
TANIM
hizalamak EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Hizalama:Çoklu" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
Giriş Bölüm
-diziler dizi seti
Ek Bölüm
-nümerik mod liste
Nükleik asit dizisi hizalama modu (basit, çevrilmiş veya karışık) Varsayılan değer: n
-revcomp boole
Varsayılan değer: N
-örtüşme seçim
Varsayılan olarak, Nseq =<35 olduğunda örtüşme ağırlıkları kullanılır, ancak bunu 'evet' olarak ayarlayabilirsiniz veya
'hayır' Varsayılan değer: varsayılan (Nseq =< 35 olduğunda)
-bağlantı liste
Sıra ağacı (UPGMA, minimum bağlantı veya maksimum
bağlantı) Varsayılan değer: UPGMA
-maxfragl tamsayı
Varsayılan değer: 40
-parça boole
Varsayılan değer: N
-fragsim tamsayı
Varsayılan değer: 4
-skoru boole
Varsayılan değer: N
-eşik şamandıra
Varsayılan değer: 0.0
Çıktı Bölüm
- maske boole
Varsayılan değer: N
-dostarlar boole
Varsayılan değer: N
-yıldız tamsayı
Varsayılan değer: 4
-outfile dış dosya
-outseq sıralı
onworks.net hizmetlerini kullanarak edialigne'ı çevrimiçi kullanın
