feature_drawp - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

feature_draw.pl -- Bir Bio::Graphics Özellik Dosyası Oluşturun

SİNOPSİS

feature_draw.pl [seçenekler] file.txt [file2.txt...] > rendering.png
feature_draw.pl [seçenekler] dosya.txt [dosya2.txt...] | Görüntüle -

TANIM

feature_draw.pl betiği, Bio::Graphics modülünün etrafındaki ince bir ön uçtur. Bilişim Teknoloji
dizi (protein, nükleotid) özellik koordinatlarını içeren dosyaların bir listesini kabul eder.
komut satırında veya standart girdide listelenen dosya(lar) onları işler ve bir
Standart çıktıda PNG dosyası.

Opsiyonlar
Bu komut dosyası GNU stili uzun seçenekler kullanır. Bu, görüntü genişliğini belirlemenizi sağlar
seçeneği, örneğin aşağıdaki alternatif formlardan herhangi biriyle:

--genişlik=800
--genişlik 800
-genişlik 800
-k 800

--Genişlik
Bu, görüntünün genişliğini piksel olarak ayarlar. Varsayılan 800 pikseldir.

--Aralık
Bu, başlangıçtan bitişe kadar baz çiftlerinde görüntülenen bölgenin aralığını ayarlar. Herhangi biri
aşağıdaki biçimler kabul edilir:

--aralık 1..1000
--aralık 1,1000
--aralık 1-1000

Negatif aralıklara izin verilir.

Özellikler(Hazırlık aşamasında) dosyalar oluşturulan

Bu komut dosyası, sekmeyle ayrılmış basit bir biçimde dizi açıklamalarını kabul eder ve işler veya
GFF formatında.

Özellik dosyası biçiminin bir yapılandırma bölümü ve bir veri bölümü vardır. yapılandırma
bölümü görüntünün boyutunu ve genel özelliklerini ayarlar ve veri bölümü
özellik verilerinin kendisi.

yapılandırma Bölüm
Sağlanmamışsa, bu komut dosyaları, aşağıdakiler için makul bir varsayılan yapılandırma bölümü oluşturur:
yani makul bir görüntü elde etmek için bir konfigürasyon bölümü sağlamanıza gerek yok.
Ancak, görüntünün görünümünü ayarlamak için muhtemelen ince ayar yapmak isteyeceksiniz.
yapılandırma. Yapılandırma bölümünden bir alıntı:

# örnek dosya
[genel]
bazlar = -1000..21000
yükseklik = 12

[AVUSTRALYA, BREZİLYA VE KUZEY AMERİKA ÜLKELERİNİN KULLANDIĞI SAAT UYGULAMASI]
glif = segmentler
bgcolor=sarı
bağlayıcı = kesikli
yükseklik = 5

[FGENLER]
glif = transkript2
bgcolor = yeşil
açıklama = 1

Yapılandırma bölümü, her biri bir etiketle etiketlenmiş bir dizi bölüme ayrılmıştır.
[Bölüm başlığı]. [general] bölümü, görüntünün tamamı için genel seçenekleri belirtir.
Diğer bölümler belirli özellik türleri için geçerlidir. Yukarıdaki örnekte, yapılandırma
[EST] bölümündeki yapılandırma, EST olarak etiketlenen özellikler için geçerlidir.
[FGENES] bölümü, FGENES geninden tahminler olarak etiketlenen özellikler için geçerlidir
tahmin programı

Her bölümün içinde bir dizi isim=değer çifti vardır; burada ad, bir
ayarlama seçeneği. Daha okunabilir hale getirmek için = işaretinin etrafına boşluk koyabilirsiniz, hatta
isterseniz iki nokta üst üste (:) kullanın. Aşağıdaki seçenek adları tanınır:

Seçenek Değeri Örneği
------ ----- -------

bazlar Sıra aralığının minimum ve maksimumu (bp) 1200..60000
görüntünün genişlik genişliği (piksel) 600
yükseklik Her bir grafik elemanın yüksekliği (piksel) 10
Her grafik öğenin glif Stili (aşağıya bakın) transkript
fgcolor Her öğenin ön plan rengi sarı
bgcolor Her öğenin arka plan rengi mavi
linewidth Çizgi genişliği 3
etiket Özelliğin adını yazdır 1
açıklama Özelliğin açıklamasının yazdırılıp yazdırılmayacağı 0
çarpma Öğelerin çarpışmasına izin verilmez 1
keneler Okların üzerine onay işaretleri yazdır 1
bağlayıcı Grup bağlayıcı türü (kesik çizgili, şapkalı veya düz) kesikli

"Tabanlar" ve "genişlik" seçenekleri yalnızca [genel] bölümüyle ilgilidir. Onlar
benzer adlı komut satırı seçenekleri tarafından geçersiz kılınır.

Seçeneklerin geri kalanı herhangi bir bölümde yer alabilir, ancak mevcutsa
[general] bölümü, diğerleri için varsayılanları ayarlayacaktır.

Renkler, İngilizce renk adları veya Web stili #RRGGBB renkleridir (HTML ile ilgili bir kitaba bakın).
açıklama için). Doğru/yanlış değerleri doğru için 1 ve yanlış için 0'dır. Sayısal aralıklar
başlangıç.. bitiş biçiminde iki nokta ile veya bir kısa çizgi ile başlangıç-bitiş şeklinde ifade edilebilir.

"Glif" seçeneği, özelliklerin nasıl oluşturulacağını kontrol eder. Aşağıdaki glifler
uygulandı:

Adı Açıklama
---- --------------

kutu Dolu bir dikdörtgen, yönsüz.
elips Bir oval.
ok Bir ok; tek yönlü olabilir veya
çift ​​yönlü. Ayrıca görüntüleme yeteneğine sahiptir
büyük ve küçük onay işaretlerine sahip bir ölçek ve
yatay veya dikey olarak yönlendirilebilir.
segmentler Bir katı ile bağlanmış bir dizi dolu dikdörtgen
çizgiler. gibi kesintiye uğramış özellikler için kullanılır.
boşluklu hizalamalar ve ekzon grupları.
Transkript Segmentlere benzer, ancak bağlantı hattı
bir "şapka" şekli ve yönü
transkripsiyon küçük bir okla gösterilir.
transkript2 Transkripte benzer, ancak yönü
transkripsiyon bir terminal segmenti ile gösterilir
ok şeklinde.
primerler Bir çizgiyle birbirine bağlanan iki içe dönük ok. STS'ler için kullanılır.

Yumru seçeneği, görüntünün görünümünü kontrol etmek için en önemli seçenektir. ayarlanırsa
false (sayı 0), ardından özelliklerin çakışmasına izin verilir. true olarak ayarlanırsa (
numara 1), o zaman özellikler çarpışmayı önlemek için dikey olarak hareket edecektir. Belirtilmemişse,
herhangi bir dizi özelliği türünün sayısı 50'den büyükse tümseğin açılır.

Veri Bölüm
Veri bölümü, yapılandırma bölümünü takip edebilir veya ilerleyebilir. İki bölüm olabilir
da karıştırılabilir. Veri bölümü, yapabileceğiniz bir sekme veya boşlukla ayrılmış bir dosyadır.
bir elektronik tablo uygulamasından veya kelime işlemci dosyasından dışa aktarın (metin olarak kaydettiğinizden emin olun)
bir tek!)

İşte örnek bir veri bölümü:

Kozmit B0511 . 516-619 Kozmid B0511 . 3185-3294 Kozmit
B0511 . 10946-11208 Kozmid B0511 . 13126-13511 Kozmit
B0511 . 66-208 Kozmid B0511 . 6354-6499 Kozmid B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 İsveç balığı FGENESH "Gen
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Transmembran alanı
FGENESH "Gen 2" - 16626-17396,17451-17597 Kinaz ve suşi alanları

Dosyanın her satırı beş sütun içerir. Sütunlar:

Kolon AÇIKLAMASI
-------------------

1 özellik türü
2 özellik adı
3 tel
4 koordinat
5 açıklama

Özellik türü
Özellik türü, [özellik türü] başlıklarından birine karşılık gelmelidir.
yapılandırma bölümü. Olmazsa, [genel] seçenekler şuraya uygulanacaktır:
oluştururken özellik. Özellik adı, özelliğin adıdır. Kullanın "." veya
"-" bu konuyla ilgili değilse. Ad boşluk içeriyorsa, tek veya çift girin
adın etrafında tırnak işaretleri ("").

Iplik
Dizi, özelliğin hangi dizide olduğunu gösterir. İleri için "+" biridir
iplik, ters iplik için "-" veya "." bağlı olmayan özellikler için.

koordinatlar
Koordinatlar sütunu, özelliğin kapladığı bir veya daha fazla aralık kümesidir.
Aralıklar start..stop'ta olduğu gibi ".." kullanılarak veya start-stop'ta olduğu gibi tire ile yazılır.
Birden çok aralıktan oluşan özellikler için &em; örneğin transkriptler
birden fazla eksona sahip &em; aralıkları ile ayırarak aynı satıra koyabilirsiniz.
virgül veya boşluk kullanın veya aralıkları tek tek satırlara koyun ve aynı özelliği kullanın
gruplamak için isim ve tip yazın. Yukarıdaki örnekte, Cosmid B0511 özellikleri,
bireysel çizgi stili, FGENESH özellikleri tüm serileri bir hat üzerinde kullanırken
tarzı.

Açıklama
Son sütun bazı açıklayıcı metinler içerir. Açıklama seçeneği olarak ayarlanmışsa
true, bu metin oluşturmadaki özelliğin altına yazdırılacaktır.

Son olarak, ilgili özellikleri birlikte gruplandırmak mümkündür. Bir örnek EST'lerdir
klonun iki ucundan okunarak ilişkili olan yk53c10.5 ve yk53c10.3
yk53c10. Bu ilişkiyi belirtmek için şuna benzeyen bir bölüm oluşturun:

est yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

Grup, özelliği içeren yalnızca iki sütun içeren bir satırla belirtilir.
grup için tür ve benzersiz bir ad. Oluşturan tüm özelliklerle bu çizgiyi takip edin.
grup, ancak ilk sütunu (özellik türü) boş bırakın. Grup tarafından oluşturulacak
grubun tüm üyeleri arasında kesikli bir çizgi çizmek. Bunu şu şekilde değiştirebilirsiniz:
bu özellik için yapılandırma bölümünde farklı bir bağlayıcı seçeneği belirtme
yazın.

onworks.net hizmetlerini kullanarak feature_drawp'ı çevrimiçi kullanın