featureCounts - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

featureCounts - son derece verimli ve doğru bir okuma özetleme programı

KULLANIM

özellikSayılar [seçenekler] -a -o girdi_dosyası1 [girdi_dosyası2]
...

Gerekli argümanlar:

-a
Ek açıklama dosyasının adı. Varsayılan olarak GTF formatı. Görmek -F daha fazla format için seçenek.

-o
Okuma sayıları dahil çıktı dosyasının adı. Özet içeren ayrı bir dosya
sayım sonuçlarının istatistikleri de çıktıya dahil edilir (` .Özet')

girdi_dosyaları
BAM veya SAM formatındaki girdi dosyalarının listesi. Kullanıcıların BAM veya
SAM.

İsteğe bağlı argümanlar:

-A
Eşleştirmek için kullanılan kromozom takma adlarını içeren virgülle ayrılmış bir dosyanın adı
Açıklamada kullanılan kromozom adları, BAM/SAM girişinde kullanılanlarla birlikte,
farklı. Dosya formatı için Kullanım Kılavuzuna bakın.

-F
Sağlanan ek açıklama dosyasının biçimini belirtin. Kabul edilebilir biçimler arasında "GTF" ve
'SAF'. Varsayılan olarak "GTF". SAF formatının açıklaması için Kullanım Kılavuzuna bakın.

-t
GTF ek açıklamasında özellik türünü belirtin. varsayılan olarak "ekson". Okumak için kullanılan özellikler
sayma, sağlanan değer kullanılarak ek açıklamadan çıkarılacaktır.

-g
GTF ek açıklamasında öznitelik türünü belirtin. varsayılan olarak "gene_id". Kullanılan meta özellikler
okuma sayımı için, sağlanan değer kullanılarak ek açıklamadan çıkarılacaktır.

-f Özellik düzeyinde okuma sayımı gerçekleştirin (örn.
genleri).

-O Tüm örtüşen meta özelliklerine (veya varsa özelliklere) okuma atayın. -f is
belirtildi).

-s
İpliğe özel okuma sayımı gerçekleştirin. Olası değerler: 0 (bağsız), 1
(bükümlü) ve 2 (ters örgülü). 0 varsayılan olarak.

-M Çoklu eşleme okumaları da sayılacaktır. Çoklu eşleme okuması için, rapor edilenlerin tümü
hizalamalar sayılacaktır. BAM/SAM girişindeki 'NH' etiketi, algılamak için kullanılır.
çoklu eşleme okur.

-Q
Bir okumanın sayılabilmesi için karşılaması gereken minimum eşleştirme kalitesi puanı. İçin
eşleştirilmiş uç okursa, en az bir uç bu kriteri karşılamalıdır. 0 varsayılan olarak.

-T
İş parçacığı sayısı. 1 varsayılan olarak.

-v Programın çıktı versiyonu.

-J Her bir ekzon-ekson birleşimini destekleyen okuma sayısını sayın. Kavşaklar
girdideki ekson yayılan okumalardan tanımlanmıştır (CIGAR'da 'N' içerir)
sicim). Sayım sonuçları ' adlı bir dosyaya kaydedilir. .jcount'lar

-G
SAM girişini oluşturmakta kullanılan referans genomu içeren Fasta dosyası veya
BAM dosyaları. Bu argüman yalnızca kavşak sayımı yaparken gereklidir.

-R Her okuma için ayrıntılı atama sonucu çıktısı. için bir metin dosyası oluşturulacaktır.
okuma adları ve meta özellikler/özellikler okumaları dahil olmak üzere her bir girdi dosyası
atandı. Daha fazla ayrıntı için Kullanım Kılavuzuna bakın.

--en büyükÖrtüşme
En fazla örtüşen sayıya sahip bir meta-özelliğe/özelliğe okuma atayın
bazlar.

--minÖrtüşme
Bir okuma ve bir okuma arasında gereken minimum örtüşen taban sayısını belirtin.
okumanın atandığı meta-özellik/özellik. 1 varsayılan olarak.

--read2pos <5:3>
Okumaları 5' en temel veya 3' en temel değerlerine düşürün. Daha sonra okuma sayımı yapılır
tek bir tabana dayalı olarak okuma azaltılır.

--readExtension5 Okumalar yukarı yönde genişletilir: onlardan bazlar
5' son.

--readExtension3 Okumalar yukarı yönde genişletilir: onlardan bazlar
3' son.

--fraksiyon
Bildirilen her hizalama için 1 (bir) sayım yerine 1/n kesirli sayım kullanın
okuma sayımında çoklu eşleme okuması. n, rapor edilen toplam hizalama sayısıdır
çoklu eşleme okuması için. Bu seçenek '-M' seçeneği ile birlikte kullanılmalıdır.

--öncelik
Yalnızca birincil hizalamaları sayın. Birincil hizalamalar, içinde bit 0x100 kullanılarak tanımlanır.
SAM/BAM BAYRAĞI alanı.

--ignoreDup
Okuma sayımında yinelenen okumaları yoksay. Yinelenen okumalar bit kullanılarak tanımlanır
BAM/SAM BAYRAĞI alanında Ox400. Okumalardan biri hatalıysa, tüm okuma çifti yoksayılır.
eşleştirilmiş uç veriler için yinelenen bir okuma.

--countSplitAlignmentsYalnızca Yalnızca bölünmüş hizalamaları sayın (örn.
'N' içeren CIGAR dizisi). Bölünmüş hizalamalara bir örnek, ekson kapsayan okumalardır.
RNA-seq verilerinde.

-p Tek tek okumalar yerine parçaları sayın (çiftleri okuyun). Her okuma çifti için,
BAM/SAM girişinde iki okuma birbirine bitişik olmalıdır.

-P Okuma çiftlerini sayarken eşleştirilmiş uç mesafesinin geçerliliğini kontrol edin. Kullanmak -d ve -D için
eşikleri ayarlayın.

-d
Minimum parça/şablon uzunluğu, varsayılan olarak 50.

-D
Maksimum parça/şablon uzunluğu, varsayılan olarak 600.

-B Yalnızca her iki ucu başarıyla hizalanmış okuma çiftlerini sayın.

-S
Aynı çiftten iki okumanın yönünü belirtin, varsayılan olarak 'fr'
(ileri geri).

-C İki ucu farklı kromozomlarla eşlenen okuma çiftlerini saymayın.
veya aynı kromozoma eşleme, ancak farklı iplikler üzerinde.

--donotsort
BAM/SAM girişinde okumaları sıralamayın. Aynı çiftten okumaların gerekli olduğunu unutmayın
girişte yan yana yer alacak.

--maxMOp
Bir CIGAR dizisinde izin verilen maksimum 'M' işlemi sayısı. varsayılan olarak 10. Her ikisi de
'X' ve '=', 'M' olarak kabul edilir ve bitişik 'M' işlemleri CIGAR'da birleştirilir
dize.

onworks.net hizmetlerini kullanarak featureCounts'u çevrimiçi kullanın