formatdb - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

formatdb - BLAST için format protein veya nükleotid veritabanları

SİNOPSİS

biçimdb [-] [-B Dosya] [-F Dosya] [-L Dosya] [-T Dosya] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i Dosya] [-l Dosya] [-n str] [-o] [-p F] [-s] [-t str] [-v N]

TANIM

biçimdb önce protein veya nükleotid kaynak veritabanlarını biçimlendirmek için kullanılmalıdır.
bu veritabanları blastall, blastpgp veya MegaBLAST ile aranabilir. kaynak veritabanı
FASTA veya ASN.1 formatında olabilir. FASTA formatı çoğunlukla şu şekilde kullanılsa da
giriş biçimdbolarak ASN.1'i kullananlar için ASN.1'in kullanılması avantajlıdır.
GenBank raporu gibi diğer formatlar için ortak kaynak. Bir kez bir kaynak veritabanı dosyası
tarafından biçimlendirildi biçimdb BLAST tarafından gerekli değildir. Lütfen unutmayın, eğer
kullanarak BLAST veritabanlarınıza periyodik güncellemeler uygulayacak kaynaşmak(1), yapmanız gerekecek
kaynak veritabanı dosyasını saklayın.

SEÇENEKLER

Seçeneklerin bir özeti aşağıda yer almaktadır.

- Kullanım mesajını yazdır

-B Dosya
Tarafından belirtilen Gifile'den üretilen İkili Gifile -F. Bu seçenek,
ikili GI liste dosyasının adı. Bu seçenek ile birlikte kullanılmalıdır. -F seçenek. A
metin GI listesi ile belirtilebilir -F seçeneği ve -B seçenek üretecek
bu GI listesi ikili biçimde. İkili dosya daha küçüktür ve BLAST'a ihtiyaç duymaz
dönüştürmek için, böylece daha hızlı okunabilir.

-F Dosya
ile kullanım için Gifile (gi'lerin listesini içeren dosya) -B or -L

-L Dosya
adlı bir takma ad dosyası oluşturun. Dosya, aranan dizileri bunlarla sınırlamak
tarafından belirtilen -F.

-T Dosya
ASN.1 tanımlarındaki sınıflandırma kimliklerini aşağıdaki tabloya göre ayarlayın. Dosya.

-V Ayrıntılı: veritabanında benzersiz olmayan dize kimliklerini kontrol edin

-a Girdi dosyası ASN.1 formatında veritabanıdır (aksi takdirde FASTA beklenir)

-b ASN.1 veritabanı ikili (ASCII metninin aksine)

-e Giriş, bir Sıralı giriştir. Bir kaynak ASN.1 veritabanı (metin ascii veya ikili)
bir Bioseq seti veya sadece bir Bioseq içerir. son durumda -e sağlanmalı.

-i Dosya
Biçimlendirme için giriş dosyası/dosyaları

-l Dosya
Günlük dosyası adı (varsayılan = formatdb.log)

-n str BLAST dosyaları için temel ad (orijinal FASTA dosyasının adının varsayılan adıdır)

-o SeqID'yi ayrıştırın ve dizinler oluşturun. Kaynak veritabanı FASTA biçimindeyse,
FASTA tanım satırındaki veri tabanı tanımlayıcıları aşağıdaki kurallara uymalıdır:
FASTA Tanımlama Formatı.

-p F Girdi, bir protein değil, bir nükleotittir.

-s Lokusa göre değil, yalnızca katılıma göre dizin. Bu özellikle dizi setleri için kullanışlıdır.
erişim ve yer adlarının aynı olduğu EST'ler gibi. Formatdb çalışır
bu seçenek kullanılırsa daha hızlı ve daha küçük geçici dosyalar üretir. şiddetle
EST'ler, STS'ler, GSS'ler ve HTGS'ler için önerilir.

-t str Veritabanı dosyasının başlığı [Dize]

-v N Büyük FASTA dosyalarını boyut "birimlerine" ayırın N milyon harf (4000 by
varsayılan). Bir cildin oluşturulmasının bir parçası olarak, biçimdb yeni bir BLAST türü yazar
'nal' veya 'pal' uzantılı, takma ad dosyası olarak adlandırılan veritabanı dosyası.

onworks.net hizmetlerini kullanarak formatdb'yi çevrimiçi kullanın