Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut fox'tur.
Program:
ADI
fox - kırınım verilerinden ab-initio yapı belirleme
SİNOPSİS
tilki [seçenekleri] [dosya.xml]
TANIM
The tilki (Kristalografi için Serbest Nesneler) programı ab initio kristal için yapılmıştır.
kırınım verilerinden yapı çözümü. ab initio için en ilginç özellikleri
yapı belirleme:
* kristal içeriğinin çok yönlü açıklaması;
* çokyüzlüler arasında özel konumlar ve paylaşılan atomlar için otomatik düzeltme;
* aynı anda birden fazla toz deseni kullanma yeteneği;
* akıllı küresel optimizasyon algoritmaları;
* 3D kristal yapı görünümüne sahip bir grafik arayüz ve sırasında canlı güncellemeler
optimizasyon süreci.
SEÇENEKLER
Bu program, komut satırı seçenekleri veya girdi dosyası (file.xml) ile veya bunlar olmadan yürütülebilir.
İki tire ile başlayan uzun seçeneklerle olağan GNU komut satırı sözdizimini takip eder.
(`-'). Seçeneklerin bir özeti aşağıda yer almaktadır. Tam bir açıklama için tilkiye bakın
wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual
--yardım et Seçeneklerin özetini göster.
--loadfouriergrd harita.grd
(İlk) kristal yapıya sahip 'map.grd' fourier haritasını yükleyin ve görüntüleyin
--loadfourierdsn6 harita.DN6
(İlk) kristal yapıya sahip bir DSN6 fourier haritasını yükleyin ve görüntüleyin
--nogui
GUI olmadan çalıştırın, optimizasyonu otomatik olarak başlatır --nogui eşlik edebilir
aşağıdaki seçenekler:
-n 10000
En fazla 10000 deneme için çalıştırın (varsayılan: 1000000)
--nbrun 5
Her çalıştırmadan önce rastgele seçerek 5 çalıştırma yapın (varsayılan: 1), süresiz olarak çalıştırmak için -1'i kullanın
-o out.xml
'out.xml' çıktısı
--rastgele
İlk yapılandırmayı rastgele yap
--sessiz
(Neredeyse) metin çıktısı üretmeyin
--son maliyet 0.15
Maliyet < 0.15 olana kadar optimizasyonu çalıştırın
--cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
Giriş kristali için deseni simüle edin, dalga boyu=1.5406, 170 nokta ile 500°'ye kadar
ve 0.1° pik genişliği
ÖRNEKLER
tilki silikon.xml
'silicon.xml' dosyasını yükleyin ve GUI'yi başlatın.
tilki Simetidin-toz.xml --nogui --rastgele -n 1000000 -o en iyi.xml
'ktartrate.xml' dosyasını yükleyin, rastgele seçin, ardından 1 milyon denemeden 1 optimizasyon yapın,
ve en iyi yapıyı 'best.xml' dosyasına kaydedin.
tilki Simetidin-toz.xml --nogui --rastgele -n 10000000 --nbrun 10 -o en iyi.xml
'Cimetidine-powder.xml' dosyasını yükleyin, ardından 10 kez çalıştırın (rastgele bir
yapısı) 10 milyon deneme (her çalıştırma bir xml dosyası kaydeder) ve en iyisini kaydedin
'best.xml' içindeki yapı.
tilki Simetidin-toz.xml --nogui --sessiz --rastgele -n 10000000 --nbrun 10 --son maliyet
200000 -o en iyi.xml
'Cimetidine-powder.xml' dosyasını yükleyin, ardından 10 milyon denemeden oluşan 10 sessiz çalışma yapın
(her çalıştırma bir xml dosyası kaydeder) ve en iyi yapıyı 'best.xml' dosyasına kaydedin. Her biri için
çalıştırıldığında, maliyet 200000'in altına düşerse optimizasyon durur.
onworks.net hizmetlerini kullanarak fox'u çevrimiçi kullanın
