Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen fuzztrane komutudur.
Program:
ADI
fuzztran - Protein dizilerindeki kalıpları ara (çevrilmiş)
SİNOPSİS
tüysüz -sıra devamı -Desen model [-Frame liste] [masaları liste] -outfile rapor
tüysüz -Yardım
AÇIKLAMA
tüysüz EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Nucleic:Motifs,Protein:Motifs" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
Giriş Bölüm
-sıra devamı
-Desen model
Amino asitler için standart IUPAC tek harfli kodları kullanılır. 'x' sembolü
herhangi bir amino asidin kabul edildiği bir pozisyon için kullanılır. Belirsizlikler ile gösterilir
belirli bir pozisyon için kabul edilebilir amino asitlerin kare parantezler arasında listelenmesi '[
]'. Örneğin: [ALT] Ala veya Leu veya Thr anlamına gelir. Belirsizlikler ayrıca şu şekilde gösterilir:
kabul edilmeyen amino asitleri bir çift süslü parantez '{ }' arasında listeleme
verilmiş bir konumda. Örneğin: {AM}, Ala ve Met dışında herhangi bir amino asit anlamına gelir.
Bir desendeki her eleman komşusundan bir '-' ile ayrılır. (Opsiyonel
fuzztran) Modelin bir elemanının tekrarı, şu şekilde belirtilebilir:
sayısal bir değere veya parantez arasında sayısal bir aralığa sahip eleman. Örnekler:
x(3) xxx'e karşılık gelir, x(2,4) xx veya xxx veya xxxx'e karşılık gelir. Zaman
desen, bir dizinin N- veya C-terminali ile sınırlıdır, bu model
'<' sembolü ile başlar veya sırasıyla '>' sembolü ile biter. Bir dönem biter
desen. (fuzztran'da isteğe bağlı). Örneğin, [DE](2)HS{P}X(2)PX(2,4)C
Ek Bölüm
-Frame liste
Varsayılan değer: 1
masaları liste
Çıktı Bölüm
-outfile rapor
onworks.net hizmetlerini kullanarak fuzztrane'i çevrimiçi kullanın
