gmod_bulk_load_gff3.plp - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

$0 - Gff3 dosyalarını bir chado veritabanına toplu olarak yükler.

SİNOPSİS

% $0 [seçenekler]
% kedi | 0 $ [seçenekler]

SEÇENEKLER

--gfffile GFF3 içeren dosya (isteğe bağlı, okuyabilir
stdin'den)
--fastafile Sırayı yüklemek için Fasta dosyası
--organism Veri için organizma
(GFF organizmasından okumak için 'fromdata' değerini kullanın=xxx)
--dbprofile Veritabanı yapılandırma profili adı
--dbname Veritabanı adı
--dbuser Veritabanı kullanıcı adı
--dbpass Veritabanı parolası
--dbhost Veritabanı ana bilgisayarı
--dbport Veritabanı bağlantı noktası
--analiz GFF verileri hesaplamalı analizden alınmıştır
--noload Toplu yükleme dosyaları oluşturun, ancak bunları gerçekten yüklemeyin.
--nosequence Dosyada olsa bile diziyi yükleme
--notransact Veritabanını yüklemek için tek bir işlem kullanmayın
--drop_indexes Yüklemeye başlamadan önce etkilenen tabloların dizinlerini bırakın
ve yükleme tamamlandıktan sonra yeniden oluşturun; Genel olarak
performansa yardımcı olmaz.
--validate Eklemeyi denemeden önce SOFA terimlerini doğrulayın (olabilir
komut dosyası başlatmanın yavaş olmasına, varsayılan olarak kapalı olmasına neden olur)
--ontology Çeşitli Ontology_terms'i işlemek için yönergeler verin
--skip_vacuum Eklerden sonra tabloları süpürmeyi atla (varsayılan)
--no_skip_vaccum Masaları süpürmeyi atlamayın
--inserts STDIN'DEN KOPYALAMA yerine INSERT ifadelerini yazdır
--noexon CDS özelliklerini ekzonlara dönüştürmeyin (ancak yine de
polipeptit özellikleri)
--recreate_cache Benzersiz ad önbelleğinin yeniden oluşturulmasına neden olur
--remove_lock Yeni bir işlemin çalışmasına izin vermek için kilidi kaldırın
--save_tmpfiles Veritabanını yüklemek için kullanılan geçici dosyaları kaydedin
--random_tmp_dir Rastgele oluşturulmuş bir tmp dizini kullanın (varsayılan
geçerli dizini kullanmak için)
--no_target_syn Varsayılan olarak, yükleyici hedef kimliği ekler
özelliğin eş anlamlı listesi. bu bayrak
bunu devre dışı bırakın.
--unique_target Hedef kimliklerinin tekliğine güvenin. kimlikler vakadır
duyarlı. Varsayılan olarak, yeni bir hedefin benzersiz adı
'TargetId_PrimaryKey' olacaktır. Bu bayrakla,
'TargetId' olacaktır. Ayrıca, Kurumun Adı
oluşturulan hedef, yerine TargetId olacaktır.
özelliğin Adı.
--dbxref İlk Dbxref ek açıklamalarından birini
birincil dbxref (özellik.dbxref_id dosyasına girer),
veya isteğe bağlı bir argüman sağlanırsa, ilk
veritabanı bölümü olan dbxref (yani, ':' den önce)
sağlanan desenle eşleşen kullanılır.
--delete Veritabanına özellikler eklemek yerine,
özellikleri silmek için GFF satırlarını kullanın
CRUD=hepsini sil seçeneği tüm satırlarda ayarlandı
(bkz. 'Aşağıdaki GFF aracılığıyla silme ve güncellemeler'). NS
yükleyici devam etmeden önce onay isteyecektir.
--delete_i_really_mean_it
Sormaması dışında --delete gibi çalışır
doğrulamak için.
--fp_cv Özellik özelliği kontrollü sözlüğün adı
(varsayılan olarak 'özellik_özelliği'dir).
--noaddfpcv Varsayılan olarak, yükleyici GFF öznitelik türlerini şu şekilde ekler:
eksik olduğunda yeni feature_property özgeçmiş terimleri. bu bayrak
devre dışı bırakır.
** dgg notu: bu bayrağı yeniden adlandırmalı: --[no]autoupdate
Chado tabloları için cvterm, cv, db, organizma, analiz ...

--manual Ayrıntılı kılavuz sayfaları
--custom_adapter Bio::GMOD::DB::Adapter için özel bir alt sınıf adaptörü kullanın
Bağdaştırıcının yolunu bağımsız değişken olarak sağlayın
--private_schema Verileri genel olmayan bir şemaya yükleyin.
--use_public_cv Herkese açık olmayan bir şemaya yüklerken, herhangi bir özgeçmiş yükleyin ve
genel şemaya cvterm verileri
--end_sql Veri yüklemesi tamamlandıktan sonra yürütülecek SQL kodu
--allow_external_parent
Üst etiketlerin geçerli kimliklerin dışındaki kimliklere başvurmasına izin ver
GFF dosyası

Organizmanın yanı sıra 'db' ile başlayan tüm argümanların şu şekilde sağlanabileceğini unutmayın.
'make install' çalıştırıldığında yüklenen Bio::GMOD::Config tarafından varsayılan. Ayrıca not
dbprofile seçeneği ve diğer tüm db* seçenekleri birbirini dışlar -
dbprofile, kullanılmayacakları için başka db* seçenekleri sağlamayın.

TANIM

Spesifikasyonun daha sıkı kontrolü nedeniyle veri dosyasındaki GFF, sürüm 3 olmalıdır.
ve kontrollü kelime dağarcığının kullanılması. Buna göre, özellik türlerinin adları tam olarak olmalıdır.
Sıra Ontolojisi Özellik Açıklamasında (SOFA) olanlar, eşanlamlılar değil ve
erişim numaraları (SO erişim numaraları, bu belgenin gelecekteki sürümlerinde desteklenebilir)
senaryo).

##sequence-region yönergesinin bir bildirim yöntemi olarak desteklenmediğini unutmayın.
bir GFF3 dosyası için referans dizisi. ##sequence-region yönergesi anlamlı değil
dizinin ne tür bir şey olduğunu tanımlamaya yetecek kadar (yani, bir kromozom mu, bir contig mi, bir
kol, vb?). GFF dosyanız bu şekilde bir ##sequence-region yönergesi kullanıyorsa,
tam bir GFF3 satırına dönüştürün. Örneğin, bu satıra sahipseniz:

##dizi-bölge chrI 1 9999999

Ardından, aşağıdaki gibi bir GFF3 satırına dönüştürülmelidir:

chrI. kromozom 1 9999999 . . . kimlik=chrI

Ne kadar GFF3 is saklı in Chado
GFF3 verilerinin chado'da nasıl depolandığının özeti:

Sütun 1 (referans sıra)
Özellik için referans dizisi, özellikteki özelliğin srcfeature_id'si olur.
o özellik için featureloc tablosu. Bu featureloc genellikle sıfır derecesini atadı
bu özellikle ilişkili başka konumlar varsa (örneğin, bir eşleşme için)
özelliği), diğer konumlara şundan daha büyük featureloc.rank değerleri atanacaktır.
sıfır.

Sütun 2 (kaynak)
Kaynak bir dbxref olarak saklanır. Chado örneği, db tablosundaki bir giriş olmalıdır
'GFF_source' olarak adlandırılır. Komut dosyası daha sonra özelliğin özellikleri için bir dbxref girişi oluşturacaktır.
kaynak ve bunu feature_dbxref tablosu aracılığıyla özellikle ilişkilendirin.

Sütun 3 (tür)
SOFA türünün cvterm.cvterm_id'si, feature.type_id içinde saklanır.

Sütun 4 (başlangıç)
Başlangıç ​​eksi 1 değeri featureloc.fmin dosyasında saklanır (biri çıkarılır çünkü
chado, tabanlar arası koordinatları kullanırken, GFF taban koordinatlarını kullanır).

Sütun 5 (son)
end değeri, featureloc.fmax içinde saklanır.

Sütun 6 (puan)
Puan, analiz özelliği tablosundaki puan sütunlarından birinde saklanır. NS
varsayılan, analiz özelliğidir. Önem. Analiz sonuçlarıyla ilgili aşağıdaki bölüme bakın
daha fazla bilgi için.

Sütun 7 (şerit)
Dizi, featureloc.strand içinde depolanır.

Sütun 8 (faz)
Faz, featureloc.phase içinde saklanır. Şu anda bir sorun olduğunu unutmayın.
farklı evrelerde farklı fazlara sahip tek ekzonlar için chado şeması
transkriptler. Verilerinizin böyle bir durumu varsa, şikayet edin
[e-posta korumalı] Bu sorunu çözmenin yollarını bulmak için.

Sütun 9 (grup)
İşte sihrin gerçekleştiği yer.

feature.name, feature.uniquename atama
feature.name ve feature.uniquename değerleri bunlara göre atanır.
Basit kurallar:

Bir kimlik etiketi varsa, bu özellik.uniquename olarak kullanılır
aksi takdirde, bitiştirilmiş 'otomatik'e eşit benzersiz bir ad atanır
feature_id ile.

Bir Ad etiketi varsa, değeri feature.name olarak ayarlanır;
aksi halde boştur.

Bu kuralların Bio::DB::GFF'dekilerden çok daha basit olduğunu unutmayın.
kullanır ve tekrar gözden geçirilmesi gerekebilir.

feature_relationship girişleri atama
Tüm Ebeveyn etiketli özelliklere, 'part_of' özelliğinin feature_relationship girişleri atanır
onların ebeveyn özelliklerine. Derived_from etiketlerine 'derived_from' atanır
ilişkiler. Ana özelliklerin herhangi bir işlemden önce dosyada görünmesi gerektiğini unutmayın.
özellikler, o özelliğe atıfta bulunan bir Parent veya Derived_from etiketleri kullanır.

takma ad etiketleri
Takma ad değerleri, eşanlamlı tablosunda, hem eşanlamlı.name hem de
eşanlamlı.synonym_sgml ve feature_synonym tablosu aracılığıyla özellikle bağlantılıdır.

Dbxref etiketleri
Dbxref değerleri 'db_name:accession' biçiminde olmalıdır, burada db_name bir
db.name değeri 'DB:db_name' değerine eşit olan db tablosundaki giriş; birçok
'make prepdb' çalıştırıldığında veritabanı adları veritabanıyla önceden yüklenmiştir.
Halihazırda hangi veritabanlarının mevcut olduğunu öğrenmek için 'SELECT name FROM db' komutunu çalıştırın.
dbxref tablosunda yeni dbxref girdileri oluşturulur ve dbxrefs, dbxref tablosuna bağlanır.
feature_dbxref tablosu aracılığıyla özellikler.

boşluk etiketleri
Şu anda çoğunlukla yok sayılır--değer bir özellik prop olarak saklanır, ancak aksi halde
henüz kullanılmamaktadır.

Not etiketleri
Değerler, özellik için özellik prop girişleri olarak depolanır.

Herhangi bir özel (yani küçük harfli) etiketler
Özel etiketler desteklenir. Etiket özgeçmiş tablosunda zaten yoksa,
oluşturulacaktır. Değer, ilişkili cvterm ile birlikte
özellik prop tablosu.

ontology_term
Ontology_term etiketleri kullanıldığında, Gen Ontology ve Sequence öğelerinden öğeler
Standart DB:erişim biçimi seçildiğinde ontoloji otomatik olarak işlenecektir.
kullanılır (örn. GO:0001234). Diğer ontoloji terimlerini kullanmak için şunu belirtmeniz gerekir:
GFF dosyasındaki DB tanımlayıcılarının eşlenmesi ve içindeki ontolojilerin adı
cv tablosu virgülle ayrılmış etiket=değer çiftleri olarak. Örneğin, bitki kullanmak ve
hücre ontolojisi terimlerini komut satırında sağlarsınız:

--ontology 'PO=bitki ontolojisi,CL=hücre ontolojisi'

burada 'bitki ontolojisi' ve 'hücre ontolojisi' özgeçmiş tablosundaki isimlerdir
göründükleri gibi.

Hedef etiketleri
Hedef etiketlerinin doğru şekilde işlenmesi, iki kaynak özelliğin olmasını gerektirir
veritabanında zaten mevcutsa, 'birincil' kaynak özelliği (kromozom veya
contig) ve bir EST, cDNA veya
sentetik kromozom. Konu özelliği mevcut değilse, yükleyici
yerinde bir yer tutucu özellik nesnesi oluşturmaya çalışın. bir oruç varsa
konuyu içeren dosya, perl betiğini kullanabilirsiniz, gmod_fasta2gff3.pl,
bir GFF3 dosyasını yüklemeye uygun hale getirmek için bu dağıtımla birlikte gelen
analiz sonuçlarınızı yüklemeden önce chado.

CDS ve UTR özellikleri
CDS özelliklerinin Chado'da temsil edilme şekli, bir
transkript ekzonları ve transkript polipeptit özelliği. uygun izin vermek
bir GFF3 dosyasının CDS özelliklerinin çevirisi, bu yükleyici CDS ve UTR'yi dönüştürecek
karşılık gelen ekson özelliklerine özellik çizgileri (ve
ekson, bir GFF3 CDS ve/veya UTR hattından çıkarılmıştır) ve bir polipeptit oluşturur
Translasyonun başlangıcından bitişine kadar genomik bölgeyi kapsayan özellik.

GFF3 dosyanız hem ekson hem de CDS/UTR özelliklerini içeriyorsa,
ekson özelliklerinin oluşturulmasını bastırır ve bunun yerine yalnızca bir
polipeptit özelliğinin oluşturulması. Bunu yapmak için --noexon seçeneğini kullanın. Bunda
durumda, CDS ve UTR özellikleri yine de ekson özelliklerine dönüştürülecektir.
Yukarıda tarif edilen.

GFF dosyanızın bunu yapan CDS ve/veya UTR özellikleri içermesi durumunda,
"merkezi dogma" genlerine (yani bir gene, transkript ve
CDS/ekson özellikleri), yukarıdakilerin hiçbiri gerçekleşmeyecek ve özellikler saklanacaktır.
olduğu gibi.

NOTLAR
Fasta dosyası yükleniyor
--fastafile bir dosyanın yolu olan bir argümanla sağlandığında
fasta dizisi içeren yükleyici, özellik tablosunu şu şekilde güncellemeye çalışacaktır:
sağlanan sıra. Fasta açıklama satırında sağlanan kimliğin
özellik tablosu uniquename alanında bulunanlarla tam olarak eşleşir. öyle ise dikkatli ol
özelliğin benzersiz adının, benzersizliği sağlamak için değiştirilmiş olması mümkündür.
orijinal GFF'den yüklendi. Ayrıca, bir fasta'dan dizi yüklerken
dosyasında, standart girişten GFF yükleme devre dışı bırakıldı. Herhangi bir rahatsızlık için özür dilerim.

##dizi-bölge
Bu komut dosyası hiçbir şey için sıra-bölge yönergelerini kullanmaz. bir temsil ediyorsa
veritabanına eklenmesi gereken özellik, bir ile temsil edilmelidir.
tam GFF hattı. Bu, özelliklerin referans sırasını içerir, değilse
zaten veritabanında, bir kromozom gibi. Örneğin, bu:

##dizi-bölge chr1 1 213456789

buna değişmeli:

chr1 UCSC kromozomu 1 213456789 . . . kimlik=chr1

işlemler
Bu uygulama, varsayılan olarak, tüm verileri tek seferde yüklemeye çalışacaktır.
transkripsiyon. Bu, veritabanı açısından daha güvenlidir, çünkü kötü bir şey varsa
yükleme sırasında gerçekleşirse, işlem geri alınacak ve veritabanı
el değmemiş. Sorun, çok sayıda (örneğin, 2-300,000'den büyük) satır varsa ortaya çıkar.
GFF dosyasında. Hal böyle olunca da yükün tek bir işlem olarak yapılması,
makinenin belleğinin tükenmesine ve süreçleri öldürmesine neden olur. --notranscat ise
komut satırında sağlanırsa, her tablo ayrı bir işlem olarak yüklenir.

SQL INSERT'ler ile COPY FROM karşılaştırması
Bu toplu yükleyici orijinal olarak PostgreSQL COPY FROM sözdizimini kullanmak üzere tasarlanmıştır.
toplu veri yükleme. Ancak, 'İşlemler' bölümünde belirtildiği gibi, bellek
sorunlar bazen bu tür toplu yüklere müdahale edebilir. atlatmak için başka bir çabada
Bu sorun, toplu yükleyici isteğe bağlı olarak INSERT ifadeleri oluşturacak şekilde değiştirildi
COPY FROM ifadeleri yerine. INSERT ifadeleri çok daha yavaş yüklenecek
COPY FROM ifadelerinden daha fazladır, ancak bireysel olarak yüklenip taahhüt edildikçe, daha
başarıyla tamamlaması daha olasıdır. Hız farklılıklarının bir göstergesi olarak
dahil, maya GFF3 ek açıklamalarının yüklenmesi (yaklaşık 16K satır), yaklaşık 5 kez sürer
dizüstü bilgisayarımda INSERT'leri COPY'ye karşı daha uzun süre kullanmak.

GFF aracılığıyla siler ve güncellemeler
aracılığıyla mevcut bir veritabanındaki özellikleri değiştirmek için ilkel destek vardır.
GFF. Şu anda yalnızca silme desteği var. Silmek için GFF satırı
dokuzuncu sütunda 'CRUD' (Oluştur, Değiştir, Güncelle ve
Sil) ve tanınan bir değere sahip olun. Şu anda tanınan iki değer
CRUD=sil ve CRUD=hepsini sil.

ÖNEMLİ NOT: Silme işlemlerinin kullanılması yetim oluşturma potansiyeline sahiptir.
özellikler (örneğin, geni silinmiş ekzonlar). emin olmak için dikkatli olmalısın
bu olmaz. Bu dağıtıma bir PostgreSQL tetikleyici dahildir (yazılı
plpgsql), tüm yetim çocukları özyinelemeli olarak silecek, yani bir gen silinirse,
o gene ait tüm transkriptler, eksonlar ve polipeptitler de silinecektir.
Daha fazla bilgi için module/sequence/functions/delete-trigger.plpgsql dosyasına bakın.

silmek
Sil seçeneği, adının yazıldığı tek ve yalnızca bir özelliği siler.
ve organizma, GFF satırındakiyle veri tabanındakileri eşleştirir. Not
o feature.uniquename dikkate alınmaz veya içinde sunulan koordinatlar dikkate alınmaz.
GFF dosyası. Bu sayede koordinatörler üzerinde GFF üzerinden güncellemeler yapılabilir. Eğer
adı, türü ve organizmanın eşleştiği birden fazla özellik vardır,
yükleyici bir hata mesajı yazdıracak ve duracaktır. Eşleşen hiçbir özellik yoksa
isim, tür ve organizma, yükleyici bir uyarı mesajı yazdıracak ve devam edecektir.

hepsini sil
Tümünü sil seçeneği, silme seçeneğine benzer şekilde çalışır, ancak
GFF satırındaki ad, tür ve organizmayla eşleşen tüm özellikleri silin (olarak
yalnızca bir özelliğin silinmesine izin verilmesine karşı). hiçbir özellik yoksa
eşleşirse, yükleyici bir uyarı mesajı yazdıracak ve devam edecektir.

çalıştırma kilidi
Toplu yükleyici çok kullanıcılı bir uygulama değildir. İki ayrı toplu yükleme işlemi ise
veri tabanına aynı anda veri yüklemeye çalışın, en az biri ve muhtemelen tümü
yükler başarısız olur. Bunun olmasını önlemek için, toplu yükleyici kasaya bir kilit yerleştirir.
diğer gmod_bulk_load_gff3.pl işlemlerinin aynı anda çalışmasını önlemek için veritabanı
zaman. Uygulama normal olarak çıktığında bu kilit kaldırılacaktır, ancak
herhangi bir nedenle kilitleniyor, kilit kaldırılmayacak. Kilidi cihazdan çıkarmak için
komut satırında --remove_lock bayrağını sağlayın. Yükleyicinin çökmesi durumunda
kilidin kaldırılmasını gerektiriyorsa, benzersiz adı yeniden oluşturmanız da gerekebilir.
önbelleğe alın (sonraki bölüme bakın).

benzersiz ad önbelleği
Yükleyici, feature_ids'i önbelleğe alan bir tablo oluşturmak için chado veritabanını kullanır,
veritabanında bulunan özelliklerin benzersiz adları, tür_kimlikleri ve organizma_kimlikleri
yükün başladığı saat ve yük kalktığında eklenecek özellikler
tamamlayınız. Bazı yöntemlerle yeni özelliklerin eklenmesi mümkünse,
bu yükleyici değil (örneğin, Apollo XORT ile düzenler veya yükler) veya bunu kullanan önceki bir yükse
yükleyici durduruldu, o zaman emin olmak için --recreate_cache seçeneğini sağlamalısınız.
önbellek taze.

Dizi
Varsayılan olarak, GFF dosyasında dizi varsa, artıklara yüklenecektir.
o özelliğe karşılık gelen özellik tablosu satırındaki sütun. sağlayarak
--nosequence seçeneği, dizi atlanacak. istersen bunu yapmak isteyebilirsin
yüklenmesi zor olabilen çok büyük dizilere sahiptir. Bu bağlamda "çok
büyük", 200 MB'den fazla anlamına gelir.

Ayrıca, dizilerin düzgün şekilde yüklenmesi için GFF dosyasının ##FASTA'ya sahip olması gerektiğini unutmayın.
yönergesi (Bio::FeatureIO tarafından uygun şekilde ayrıştırılması için gereklidir) ve
özelliğinde > işaretinden sonra gelen dizinin adıyla tam olarak aynı olmalıdır.
oruç bölümü.

ORGANİZMA tablosu
Bu komut dosyası, organizma tablosunun sizin hakkınızda bilgilerle doldurulduğunu varsayar.
organizma. Durumun böyle olup olmadığından emin değilseniz, bu komutu şuradan yürütebilirsiniz:
psql komut satırı:

organizmadan * seçin;

Listelenen organizmanızı görmüyorsanız, eklemek için bu komutu yürütün:

organizmaya ekleme (kısaltma, cins, tür, ortak_adı)
değerler ('H.sapiens', 'Homo', 'sapiens', 'İnsan');

organizmanız için uygun değerlerle değiştirerek.

Ebeveynler/çocuk siparişi
GFF dosyasında ebeveynler çocuklardan önce gelmelidir.

Analiz
Analiz sonuçlarını (yani, blat sonuçları, gen tahminleri) yüklüyorsanız,
-a bayrağını belirtin. -a ile herhangi bir argüman sağlanmazsa, yükleyici
sonuçların bir ada sahip bir analiz kümesine ait olduğunu varsayalım.
alt çizgi ile kaynak (sütun 2) ve yöntemin (sütun 3) birleştirilmesi
arasında. Aksi takdirde, -a ile sağlanan argüman, dosyanın adı olarak alınacaktır.
analiz seti. Her iki durumda da, analiz seti zaten analiz tablosunda olmalıdır.
Bunu yapmanın en kolay yolu, onu doğrudan psql kabuğuna eklemektir:

INSERT INTO analizi (isim, program, program versiyonu)
DEĞERLER ('genscan 2005-2-28','genscan','5.4');

Analiz tablosunda isteğe bağlı olan başka sütunlar da vardır; şemaya bakın
daha fazla bilgi için psql'de belgeler ve '\d analizi'.

Chado'nun, puanı GFF puanı sütununda depolamak için dört olası sütunu vardır; lütfen
hangisi en uygunsa onu kullanın ve --score_col bayrağıyla tanımlayın (önem
varsayılandır). Sütun adının bir harfe kısaltılabileceğini unutmayın. Eğer
her özellik ile ilişkili birden fazla puanınız var, diğerini koyabilirsiniz
dokuzuncu sütundaki puanlar, 'kimlik=99' gibi bir etiket=değer çifti ve toplu olarak
yükleyici onu featureprop tablosuna koyacaktır (kimlik için bir özgeçmiş olması şartıyla;
özel etiketlerle ilgili yukarıdaki bölüme bakın). Mevcut seçenekler şunlardır:

önem (varsayılan)
kimlik
norm puanı
Ham puan

Analiz sonuçlarını işleme işlevselliğine planlı bir ekleme,
Bazı satırların analiz sonuçları olduğu ve bazılarının olmadığı "karışık" GFF dosyaları.
Ek olarak, tür listeleri (isteğe bağlı olarak kaynaklarla birlikte) ve
analiz tablosundaki ilişkili girişleri. Biçim muhtemelen etiket değeri olacaktır
çiftler:

--analiz eşleşmesi:Rice_est=rice_est_blast, \
eşleşme:Maize_cDNA=maize_cdna_blast, \
mRNA=genscan_tahmin,ekson=genscan_tahmin

Özellikleri kimliğe göre gruplandırma
GFF3 spesifikasyonu, CDS'ler ve match_parts gibi özelliklerin gruplandırılmasına izin verir
aynı kimliği paylaşarak birlikte. Bu yükleyici bu yöntemi desteklemiyor
gruplama. Bunun yerine, ana unsur parçalardan önce açıkça oluşturulmalıdır ve
parçalar, Parent etiketiyle ebeveyne başvurmalıdır.

Harici Ebeveyn Kimlikleri
GFF3 spesifikasyonu, kimliklerin yalnızca tek bir GFF dosyası içinde geçerli olduğunu belirtir, bu nedenle
başka bir dosyadaki kimliklere atıfta bulunan Üst etiketlere sahip olamaz. belirterek
"allow_external_parent" bayrağı, bu kısıtlamayı gevşetebilirsiniz. Uyarı kelimesi
ancak: ana özelliğin benzersiz adı/kimliği yükleme sırasında değiştirilmişse (bunu yapmak için
benzersiz), orijinali bulamayacağından bu işlev çalışmaz.
özelliği doğru. Aslında çalışmamaktan daha kötü olabilir, çocuk bağlayabilir.
özellikler yanlış ebeveyne aittir. Bu nedenle bu işlevi kullanmak kötü bir fikirdir!
Lütfen dikkatli kullanın.

YAZARLAR

Allen Günü[e-posta korumalı]>, Scott Cain[e-posta korumalı]>

Telif Hakkı (c) 2011

Bu kütüphane ücretsiz bir yazılımdır; yeniden dağıtabilir ve/veya aynı şekilde değiştirebilirsiniz.
Perl'in kendisi olarak terimler.

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmod_bulk_load_gff3.plp'yi çevrimiçi kullanın