Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-bar komutudur.
Program:
ADI
gmx-bar - Bennett'in kabul oranı aracılığıyla serbest enerji farkı tahminlerini hesaplayın
SİNOPSİS
gmx çubuğu [-f [<.xvg> [...]]] [-g [<.edr> [...]]] [-o [<.xvg>]]
[-Oi [<.xvg>]] [-Ah [<.xvg>]] [-[şimdi] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-sıcaklık ] [-prec ]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-nbin ] [-[hayır]harici]
TANIM
gmx bar Bennett'in kabul oranı aracılığıyla serbest enerji farkı tahminlerini hesaplar
yöntemi (BAR). Ayrıca otomatik olarak bir dizi bireysel serbest enerjiyi ekler.
BAR, birleşik serbest enerji tahminine dönüştürülür.
Her bir BAR serbest enerji farkı, farklı durumlarda iki simülasyona dayanır:
bir parametre tarafından kontrol edildiği gibi, durum A ve durum B'yi söyleyin, lambda (bkz. .mdp parametre
init_lambda). BAR yöntemi, Hamiltonian'ın ağırlıklı ortalamasının bir oranını hesaplar.
A durumu verilen B durumunun farkı ve bunun tersi. Diğerlerine göre enerji farklılıkları
durum simülasyon sırasında açıkça hesaplanmalıdır. Bu ile yapılabilir .mdp
seçenek yabancı_lambda.
Giriş seçeneği -f çoklu bekler dhdl.xvg Dosyalar. İki tür girdi dosyası desteklenir:
· Birden fazla dosya içeren dosyalar y-değer. Dosyalar dH/dlambda içeren sütunlara sahip olmalıdır ve
Deltalambda. Lambda değerleri efsanelerden çıkarılır: lambda of the
dH/dlambda efsanesinden simülasyon ve
Delta H efsaneleri
· Sadece bir tane olan dosyalar y-değer. Kullanmak -extp bu dosyalar için seçenek, varsayılır
ki y-değer dH/dlambda'dır ve Hamiltoniyen lineer olarak lambda'ya bağlıdır.
Simülasyonun lambda değeri alt başlıktan (varsa) çıkarılır,
aksi halde dosya adındaki alt dizindeki bir sayıdan.
Simülasyonun lambdası şuradan ayrıştırılır: dhdl.xvg dizeyi içeren dosyanın efsanesi
'dH', büyük harfli 'D' harflerini içeren göstergedeki yabancı lambda değerleri ve
'H'. Sıcaklık, 'T =' içeren gösterge satırından ayrıştırılır.
giriş seçeneği -g çoklu bekler .edr Dosyalar. Bunlar enerji listelerinden birini içerebilir.
farklılıklar (bkz. .mdp seçenek ayrı_dhdl_dosyası) veya bir dizi histogram (bkz.
.mdp seçenekleri dh_hist_size ve dh_hist_space). Sıcaklık ve lambda değerleri
otomatik olarak çıkarılır enerji.edr dosyası.
Ek olarak, .mdp seçenek yabancı_lambda, enerji farkı da olabilir
dH/dlambda değerlerinden tahmin edilmiştir. Bu, "-extp" seçeneğiyle yapılır.
sistemin Hamiltoniyeninin lineer olarak lambdaya bağlı olduğunu varsayar ki bu normalde
durumda.
Serbest enerji tahminleri, ikiye bölmeli BAR kullanılarak, şu hassasiyetle belirlenir:
çıkış seti ile -prec. Zaman korelasyonlarını hesaba katan bir hata tahmini,
verileri bloklara bölerek ve üzerindeki serbest enerji farklarını belirleyerek yapılır.
bu bloklar ve blokların bağımsız olduğu varsayılarak. Son hata tahmini
5 blok üzerinden ortalama varyanstan belirlenir. Hata için bir dizi blok numarası
seçeneklerle tahmin yapılabilir -nbmin ve -nbmax.
gmx bar aynı 'yerli' ve 'yabancı' lambda değerlerine sahip örnekleri toplamaya çalışır, ancak
her zaman bağımsız örnekleri varsayar. not enerji toplarken
Farklı örnekleme aralıklarına sahip farklılıklar/türevler, bu neredeyse kesinlikle değil
doğru. Genellikle sonraki enerjiler birbiriyle ilişkilidir ve farklı zaman aralıkları
örnekler arasında farklı derecelerde korelasyon.
Sonuçlar iki kısma ayrılır: son kısım kJ/mol cinsinden nihai sonuçları içerir,
her parça ve toplam için hata tahmini ile birlikte. İlk bölüm içerir
kT birimlerinde ayrıntılı serbest enerji farkı tahminleri ve faz alanı örtüşme ölçümleri
(hesaplanan hata tahminleriyle birlikte). Yazdırılan değerler şunlardır:
· lam_A: A noktası için lambda değerleri.
· lam_B: B noktası için lambda değerleri.
· DG: serbest enerji tahmini.
· s_A: B'nin A'daki göreli entropisinin tahmini.
· s_B: A'nın B'deki göreli entropisinin tahmini.
· stdev: örnek başına tahmini bir standart sapma.
Birbirlerinin topluluğundaki her iki durumun göreli entropisi şu şekilde yorumlanabilir:
faz uzayı çakışmasının ölçüsü: lambda_B'nin çalışma örneklerinin bağıl entropisi s_A
lambda_A topluluğunda (ve s_B için tersi), 'mesafe'nin bir ölçüsüdür
iki durumun Boltzmann dağılımları arasında, aynı durum için sıfıra giden
dağıtımlar. Bkz. Wu & Kofke, J. Chem. Fizik Daha fazla bilgi için 123 084109 (2005).
Bennett'in orijinalinde verildiği gibi, numune başına beklenen standart sapmanın tahmini
BAR kağıdı: Bennett, J. Comp. Fizik 22, sayfa 245 (1976). denklem 10 burada bir tahmin verir
örnekleme kalitesi (doğrudan gerçek istatistiksel hatanın değil, çünkü varsaydığı
bağımsız örnekler).
Faz uzayı çakışmasının görsel bir tahminini elde etmek için, -Ah dizi yazma seçeneği
histogramlar ile birlikte -nbin seçeneği.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xvg> [...]] (dhdl.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-g [<.edr> [...]] (ener.edr) (İsteğe bağlı)
enerji dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.xvg>] (bar.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-Oi [<.xvg>] (barint.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-Ah [<.xvg>] (histogram.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
Diğer seçenekler:
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-b (0)
BAR için başlangıç zamanı
-e (-1)
BAR için bitiş zamanı
-sıcaklık (-1)
Sıcaklık (K)
-prec (2)
Ondalık noktadan sonraki basamak sayısı
-nbmin (5)
Hata tahmini için minimum blok sayısı
-nbmax (5)
Hata tahmini için maksimum blok sayısı
-nbin (100)
Histogram çıktısı için kutu sayısı
-[hayır]harici (yok hayır)
Enerji olarak kullanmak için dH/dl değerlerinin doğrusal olarak tahmin edilip edilmeyeceği
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-bar'ı çevrimiçi kullanın
