Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-convert-tpr komutudur.
Program:
ADI
gmx-convert-tpr - Değiştirilmiş bir çalışma girdi dosyası oluşturur
SİNOPSİS
gmx dönüştürme-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-uzatmak ]
[-a kadar ] [-nsteps ] [Zamanlı ]
[-[hayır]sıfır] [-[Roman] [-[hayır]devam]
[-init_fep_state ]
AÇIKLAMA
gmx tpr'yi dönüştür çalıştırma giriş dosyalarını dört şekilde düzenleyebilir.
1. bir çalıştırma giriş dosyasındaki adım sayısını seçeneklerle değiştirerek -uzatmak, -a kadar or
-nsteps (nsteps=-1 sınırsız sayıda adım anlamına gelir)
2. (ESKİ) simülasyonunuz tamamlandığında devam eden bir çalıştırma için bir çalıştırma giriş dosyası oluşturarak
örneğin dolu bir disk nedeniyle veya giriş dosyasının sürekli çalıştırılması nedeniyle çöktü. Bu seçenek
mdrun artık denetim noktası dosyalarını yazıp okuduğundan eskidir. not bu bir çerçeve
Koordinatlara ve hızlara ihtiyaç vardır. Basınç ve/veya Burun-Hoover sıcaklığı olduğunda
kuplaj kullanıldığında tam bir devamı elde etmek için bir enerji dosyası sağlanabilir.
orjinal koşu.
3. orijinal tpx dosyanızın bir alt kümesi için bir .tpx dosyası oluşturarak;
solventi .tpx dosyanızdan çıkarmak istediğinizde veya örneğin saf bir çözücü yapmak istediğinizde
Calpha .tpx dosyası. Kullanmanız gerekebileceğini unutmayın -nsteps -1 (veya benzeri) bunu elde etmek için
çalışır. UYARI: Re-Tweet .tpx dosya is değil tamamen fonksiyonel.
4. belirli bir grubun ücretlerini sıfıra ayarlayarak. Ücretsiz yaparken bu faydalıdır
LIE (Doğrusal Etkileşim Enerjisi) yöntemini kullanarak enerji tahminleri.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (İsteğe bağlı)
Tam hassas yörünge: tr cpt tng
-e [<.edr>] (ener.edr) (İsteğe bağlı)
enerji dosyası
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası
Diğer seçenekler:
-uzatmak (0)
Çalışma süresini bu miktarda uzatın (ps)
-a kadar (0)
Çalışma süresini bu bitiş zamanına kadar uzatın (ps)
-nsteps (0)
Adım sayısını değiştirme
Zamanlı (-1)
Son kare yerine bu seferki kareden devam et (ps)
-[hayır]sıfır (yok hayır)
Bir grubun ücretlerini (indeksten) sıfıra ayarlayın
-[Roman (Evet)
Yörüngeden hızları gerektir
-[hayır]devam (Evet)
Kesin devam için kısıtlamaların ilk adımdan önce uygulanmaması gerekir.
-init_fep_state (0)
başlatılacak fep durumu
Onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-convert-tpr'yi çevrimiçi kullanın
