Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-covar komutudur.
Program:
ADI
gmx-covar - Kovaryans matrisini hesapla ve köşegenleştir
SİNOPSİS
gmx kovar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-nın-nin [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-sen ] [-xvg ] [-[uyum yok]
[-[hayır]ref] [-[hayır]mwa] [-geçen ] [-[hayır]pbc]
TANIM
gmx kova (kütle ağırlıklı) kovaryans matrisini hesaplar ve köşegenleştirir. Tüm
yapılar, yapı dosyasındaki yapıya uydurulur. Bu bir koşu olmadığında
girdi dosyası periyodikliği dikkate alınmayacaktır. Uyum ve analiz grupları ne zaman
özdeştir ve analiz kütle ağırlıklı değildir, uyum da olmayacaktır.
kütle ağırlıklı.
Özvektörler bir yörünge dosyasına yazılır (-v). Aynı atomlar kullanıldığında
uyum ve kovaryans analizi, önce uyum için referans yapı yazılır
t=-1 ile. Ortalama (veya referans -ref kullanılır) yapı t=0 ile yazılır,
özvektörler, özvektör sayısı zaman damgası olarak çerçeveler olarak yazılır.
özvektörler ile analiz edilebilir gmx anaeig.
seçenek -ascii tüm kovaryans matrisini bir ASCII dosyasına yazar. sipariş
elemanlar: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
seçenek -xpm tüm kovaryans matrisini bir .xpm dosyası.
seçenek -xpma atomik kovaryans matrisini bir .xpm dosya, yani her atom çifti için
xx, yy ve zz kovaryanslarının toplamı yazılır.
Bir matrisin köşegenleştirilmesinin bellek ve zamanla artacak olan zaman gerektirdiğini unutmayın.
en az ilgili atom sayısının karesinden daha hızlı. tükenmek kolaydır
bu durumda bu araç muhtemelen bir 'Bölümleme hatası' ile çıkacaktır. Malısın
azaltılmış bir atom setinin daha düşük maliyetler için ihtiyaçlarınızı karşılayıp karşılamayacağını dikkatlice düşünün.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.xvg>] (özdeğer.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Tam hassas yörünge: tr cpt tng
-nın-nin [<.gro/.g96/...>] (ortalama.pdb)
Yapı dosyası: harika g96 pdb brk ent esp
-l [<.log>] (covar.log)
Log dosyası
-ascii [<.dat>] (covar.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası
-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (İsteğe bağlı)
X PixMap uyumlu matris dosyası
-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (İsteğe bağlı)
X PixMap uyumlu matris dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-sen (ps)
Zaman değerleri için birim: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-[uyum yok (Evet)
Bir referans yapısına sığdır
-[hayır]ref (yok hayır)
yerine yapı dosyasındaki konformasyondan sapmayı kullanın.
ortalama
-[hayır]mwa (yok hayır)
Kütle ağırlıklı kovaryans analizi
-geçen (-1)
Yazılacak son özvektör (-1 en sona kadardır)
-[hayır]pbc (Evet)
Periyodik sınır koşulları için düzeltmeler uygula
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-covar'ı çevrimiçi kullanın
