Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-do_dssp komutudur.
Program:
ADI
gmx-do_dssp - İkincil yapıyı ata ve solventin erişebileceği yüzey alanını hesapla
SİNOPSİS
gmx do_dssp [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-harita [<.harita>]] [-ss dökümü [<.dat>]] [-o [<.xpm>]]
[-sc [<.xvg>]] [-a [<.xpm>]] [-ta [<.xvg>]]
[-AA [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-sen ] [-[şimdi] [-xvg ] [-sss ]
[-ver ]
TANIM
gmx do_dssp bir yörünge dosyasını okur ve her seferinde ikincil yapıyı hesaplar
dssp programını çağıran çerçeve. Eğer dssp programınız yoksa, adresinden edinin.
http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp. gmx do_dssp dssp yürütülebilir dosyasının bulunduğunu varsayar
in /usr/yerel/bin/dssp. Durum böyle değilse, bir ortam ayarlamanız gerekir.
değişken DSSP dssp yürütülebilir dosyasına işaret ederek, örneğin:
settenv DSSP /opt/dssp/bin/dssp
2.0.0 sürümünden bu yana, dssp önceki sürümlerden farklı bir sözdizimi ile çağrılır. Eğer
dssp'nin daha eski bir sürümüne sahipseniz, -ver do_dssp'yi daha eski olanı kullanmaya yönlendirme seçeneği
sözdizimi. Varsayılan olarak, do_dssp sürüm 2.0.0 ile tanıtılan sözdizimini kullanır. Daha da yeni
sürümlerin (yazma sırasında henüz piyasaya sürülmemiş) aynı olduğu varsayılır.
2.0.0 olarak sözdizimi.
Her kalıntı ve zaman için yapı ataması bir .xpm matris dosyası. Bu
dosya örneğin ile görselleştirilebilir xv ve ile postscript'e dönüştürülebilir
xpm2ps. Tek tek zincirler, açık gri çizgilerle ayrılır. .xpm ve postscript
Dosyalar. Her ikincil yapı tipindeki kalıntı sayısı ve toplam ikincil yapı
yapı (-sss) zamanın bir fonksiyonu olarak saymak da dosyaya yazılır (-sc).
Kalıntı başına solvent erişilebilir yüzey (SAS) her ikisi de mutlak değerlerde hesaplanabilir
(A^2) ve bir tortunun maksimum erişilebilir yüzeyinin kesirlerinde. maksimum
erişilebilir yüzey, bir zincirdeki bir kalıntının erişilebilir yüzeyi olarak tanımlanır.
glisinler. not [gmx-sas] programının SAS'ı da hesaplayabildiğini ve bu daha fazla
verimli.
Son olarak, bu program ikincil yapıyı özel bir dosyaya atabilir. ssdump.dat için
programda kullanım gmx chi. Bu iki program birlikte dihedral analiz etmek için kullanılabilir
ikincil yapı tipinin bir fonksiyonu olarak özellikler.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
-harita [<.harita>] (ss.harita) (Kütüphane)
Matris verilerini renklere eşleyen dosya
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-ss dökümü [<.dat>] (ssdump.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası
-o [<.xpm>] (ss.xpm)
X PixMap uyumlu matris dosyası
-sc [<.xvg>] (scount.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-a [<.xpm>] (alan.xpm) (İsteğe bağlı)
X PixMap uyumlu matris dosyası
-ta [<.xvg>] (toplam alan.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-AA [<.xvg>] (ortalama.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-sen (ps)
Zaman değerleri için birim: fs, ps, ns, us, ms, s
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-sss (HEBT)
Yapı sayımı için ikincil yapılar
-ver (2)
DSSP ana sürümü. Sözdizimi sürüm 2 ile değişti
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-do_dssp'yi çevrimiçi kullanın
