gmx-editconf - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx-editconf - Yapı dosyalarını dönüştürür ve işler

SİNOPSİS

gmx düzenleme yapılandırması [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [- bal likörü [<.pqr>]] [-[şimdi]
[-[no]def] [-bt ] [-box ]
[-açılar ] [-d ] [-[hayır]c]
[-Center ] [-Merkezi hizalama ]
[- hizalamak ] [-Çevirmek ]
[-döndürmek ] [-[hayır]prens] [ölçeğindeki ]
[-yoğunluk ] [-[hayır]pbc] [-resnr ] [-[hayır]kavramak]
[-rvdw ] [-[hayır]sig56] [-[hayır]vdwread] [-[hayır]atom]
[-[hayır]efsane] [-etiket ] [-[hayır]bağlantı]

TANIM

gmx editconf genel yapı biçimini dönüştürür .gro, .g96 or .pdb.

Kutu seçeneklerle değiştirilebilir -box, -d ve -açılar. Ikisi de -box ve -d merkezlenecek
kutudaki sistem, sürece -gece kullanıldı.

seçenek -bt kutu tipini belirler: trıklinık bir triklinik kutusudur, kübik dikdörtgen
tüm kenarları eşit olan kutu oniki yüzlü şekil eşkenar dörtgen bir dodecahedron'u temsil eder ve sekizyüzlü is
bir kesik oktahedron. Son ikisi triklinik kutunun özel durumlarıdır. Uzunluğu
kesik oktahedronun üç kutu vektörü, ikisi arasındaki en kısa mesafedir.
zıt altıgenler. Belirli bir periyodik görüntü mesafesine sahip kübik bir kutuya göre, hacim
aynı periyodik mesafeye sahip bir onikiyüzlü, küpün 0.71 katıdır ve
budanmış bir oktahedronunki 0.77 keredir.

seçenek -box kübik, eşkenar dörtgen veya kesik için yalnızca bir değer gerektirir
oktahedral kutu.

İle -d ve trıklinık kutudaki sistemin boyutunu x-, y-, ve z-yol tarifi
kullanılmış. İle birlikte -d ve kübik, oniki yüzlü şekil or sekizyüzlü kutular, boyutlar
sistemin çapı (atomlar arasındaki en büyük mesafe) artı belirtilen mesafenin iki katı.

seçenek -açılar sadece seçenek ile anlamlıdır -box ve bir triklinik kutusu ve kullanılamaz
seçeneği ile -d.

Ne zaman -n or -def ayarlanırsa, boyutu hesaplamak için bir grup seçilebilir ve
geometrik merkez, aksi takdirde tüm sistem kullanılır.

-döndürmek koordinatları ve hızları döndürür.

-prens sistemin ana eksenlerini koordinat eksenleri boyunca en uzun olanla hizalar.
eksen ile hizalanmış x-eksen. Bu, kutunun sesini azaltmanıza izin verebilir, ancak dikkatli olun
moleküllerin bir nanosaniyede önemli ölçüde dönebileceğini.

Ölçekleme, diğer işlemler gerçekleştirilmeden önce uygulanır. Kutular ve koordinatlar
belirli bir yoğunluk verecek şekilde ölçeklenebilir (seçenek -yoğunluk). Bunun olabileceğini unutmayın
bir durumda yanlış .gro dosya girdi olarak verilir. Ölçekleme seçeneğinin özel bir özelliği
-1 faktörü bir boyutta verildiğinde, kişinin ayna görüntüsü, ayna görüntüsü elde etmesidir.
uçaklardan birinde. Üç boyutta -1 kullanıldığında, nokta ayna görüntüsü
Elde edilen.

Tüm işlemler uygulandıktan sonra gruplar seçilir.

Periyodiklik kaba bir şekilde çıkarılabilir. kutu vektörlerinin olması önemlidir.
giriş dosyanızın alt kısmı, periyodiklik kaldırılacağı zaman doğrudur.

Yazarken .pdb dosyalar, B-faktörleri ile eklenebilir -bf seçenek. B-faktörleri okunur
aşağıdaki formata sahip bir dosyadan: ilk satır dosyadaki girişlerin sayısını belirtir,
sonraki satırlar bir indeksi ve ardından bir B faktörünü belirtir. B-faktörleri kişi başına eklenecektir.
bir indeks kalıntı sayısından büyük olmadıkça veya kalıntı -atom seçenek
ayarlanır. Açıkçası, B faktörleri yerine herhangi bir sayısal veri türü eklenebilir. efsane
minimumdan maksimuma kadar değişen B faktörlerine sahip bir dizi CA atomu üretecektir.
değer bulundu, etkin bir şekilde görüntüleme için bir efsane haline geldi.

seçeneği ile - bal likörü özel .pdb MEAD elektrostatik programı için (.pqr) dosyası
(Poisson-Boltzmann çözücü) yapılabilir. Diğer bir ön koşul, girdi dosyasının bir
girdi dosyasını çalıştırın. B-faktörü alanı daha sonra cismin Van der Waals yarıçapı ile doldurulur.
atomlar ise doluluk alanı yükü tutacaktır.

Seçenek -sıkı sıkı tutmak benzerdir, ancak yükleri B faktörüne ve yarıçapı da
doluluk.

seçenek - hizalamak belirli bir grubun ana ekseninin
tarafından belirtilen isteğe bağlı bir dönüş merkezi ile verilen vektör -Merkezi hizalama.

Son olarak, seçenek ile -etiket, editconf bir zincir tanımlayıcısı ekleyebilir .pdb yapabilen dosya
örneğin Rasmol ile analiz için faydalı olabilir.

Kübik bir kutu kullanan bir paket tarafından üretilen kesilmiş bir okrahedron dosyasını dönüştürmek için
köşeler kesilmiş (GROMOS gibi), şunu kullanın:

gmx editconf -f giriş -döndürme 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o çıkış

nerede veclen kübik kutu zamanlarının boyutudur sqrt(3)/2.

SEÇENEKLER

Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:

-f [<.gro/.g96/...>] (konf.gro)
Yapı dosyası: harika g96 pdb brk ent esp tpr

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası

-bf [<.dat>] (bfact.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası

Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:

-o [<.gro/.g96/...>] (çıkış.gro) (İsteğe bağlı)
Yapı dosyası: harika g96 pdb brk ent esp

- bal likörü [<.pqr>] (mead.pqr) (İsteğe bağlı)
MEAD için koordinat dosyası

Diğer seçenekler:

-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları

-[no]def (yok hayır)
Varsayılan dizin gruplarından çıktı seçin

-bt (triklinik)
için kutu tipi -box ve -d: triklinik, kübik, dodecahedron, oktahedron

-box (0 0 0)
Kutu vektör uzunlukları (a,b,c)

-açılar (90 90 90)
Kutu vektörleri arasındaki açılar (bc,ac,ab)

-d (0)
Çözünen ile kutu arasındaki mesafe

-[hayır]c (yok hayır)
Kutudaki merkez molekül (belirtilen -box ve -d)

-Center (0 0 0)
geometrik merkezin koordinatları

-Merkezi hizalama (0 0 0)
Hizalama için dönme merkezi

- hizalamak (0 0 0)
Hedef vektöre hizala

-Çevirmek (0 0 0)
Çeviri

-döndürmek (0 0 0)
Derece olarak X, Y ve Z eksenleri etrafında dönüş

-[hayır]prens (yok hayır)
Molekülleri ana eksenleri boyunca yönlendirin

ölçeğindeki (1 1 1)
Ölçekleme faktörü

-yoğunluk (1000)
Ölçeklendirme ile elde edilen çıkış kutusunun yoğunluğu (g/L)

-[hayır]pbc (yok hayır)
Periyodisiteyi kaldırın (molekülün tekrar bütün olmasını sağlayın)

-resnr (-1)
Resnr'den başlayarak artıkları yeniden numaralandır

-[hayır]kavramak (yok hayır)
Atomun yükünü B faktörü alanında ve atomun yarıçapını
doluluk alanı

-rvdw (0.12)
Varsayılan Van der Waals yarıçapı (nm cinsinden), veritabanında bulunamazsa veya
topoloji dosyasında hiçbir parametre yok

-[hayır]sig56 (yok hayır)
sigma/2 yerine rmin/2 (Van der Waals potansiyelinde minimum) kullanın

-[hayır]vdwread (yok hayır)
Dosyadan Van der Waals yarıçapını okuyun vdwradii.dat hesaplamak yerine
kuvvet alanına dayalı yarıçaplar

-[hayır]atom (yok hayır)
Atom başına B faktörü ekini zorla

-[hayır]efsane (yok hayır)
B faktörü efsanesi yapın

-etiket (A)
Tüm kalıntılar için zincir etiketi ekleyin

-[hayır]bağlantı (yok hayır)
CONECT kayıtlarını bir .pdb dosya yazıldığında. Yalnızca bir topoloji olduğunda yapılabilir
mevcut

BİLİNEN KONULAR

· Karmaşık moleküller için periyodiklik giderme rutini bozulabilir, bu durumda
kullanabilirsiniz gmx trjconv.

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-editconf'u çevrimiçi kullanın