Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-gyrate komutudur.
Program:
ADI
gmx-gyrate - Dönme yarıçapını hesapla
SİNOPSİS
gmx döner [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-acf [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[şimdi] [-xvg ] [-nmol ] [-[hayır]q]
[-[hayır]p] [-[hayır]ay] [-nz ] [-acflen ]
[-[hayır]normalleştirme] [-P ] [-fitfn ]
[-başlamak ] [-son uyum ]
TANIM
gmx dönmek bir molekülün dönme yarıçapını ve etrafındaki dönme yarıçapını hesaplar
the x-, y- Ve z-eksenler, zamanın bir fonksiyonu olarak. Atomlar açıkça kütle ağırlıklıdır.
Eksen bileşenleri, yarıçapların kütle ağırlıklı kök-ortalama karesine karşılık gelir.
her eksene dik bileşenler, örneğin:
Rg(x) = sqrt((toplam_i m_i (R_i(y)^2 + R_i(z)^2))/(toplam_i m_i)).
İle -nmol seçenek, dönme yarıçapı, çoklu moleküller için şu şekilde hesaplanacaktır:
analiz grubunu eşit büyüklükte parçalara bölmek.
seçeneği ile -nz 2D dönme yarıçapı xy boyunca dilimler düzlemi z-eksen
hesaplandı.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.xvg>] (döner.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-acf [<.xvg>] (moi-acf.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-nmol (1)
Analiz edilecek molekül sayısı
-[hayır]q (yok hayır)
Ağırlık faktörü olarak kütle yerine bir atomun yükünün mutlak değerini kullanın
-[hayır]p (yok hayır)
Asal eksenler etrafındaki dönme yarıçaplarını hesaplayın.
-[hayır]ay (yok hayır)
Atalet momentlerini hesaplayın (ana eksenlerle tanımlanır).
-nz (0)
Z ekseni boyunca bu sayıda dilimin 2B dönüş yarıçapını hesaplayın
-acflen (-1)
ACF'nin uzunluğu, varsayılan çerçeve sayısının yarısıdır
-[hayır]normalleştirme (Evet)
ACF'yi normalleştir
-P (0)
ACF için Legendre polinomunun sırası (0 yok anlamına gelir): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Yok)
Sığdırma işlevi: yok, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-başlamak (0)
Korelasyon fonksiyonunun üstel uyumuna başlama zamanı
-son uyum (-1)
Korelasyon fonksiyonunun üstel uyumunun sona ereceği zaman, -1,
son
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-gyrate çevrimiçi kullanın
