Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-helixorient komutudur.
Program:
ADI
gmx-helixorient - Helislerin içindeki yerel eğim/bükme/dönme/yönlendirmeyi hesapla
SİNOPSİS
gmx sarmal [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oaks [<.dat>]] [-merkez [<.dat>]] [- orise [<.xvg>]]
[-oradius [<.xvg>]] [-dönüş [<.xvg>]]
[-itaat etmek [<.xvg>]] [-otilt [<.xvg>]] [-orot [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ]
[-[hayır]yan zincir] [-[hayır]artımlı]
TANIM
gmx sarmal içindeki ortalama eksenin koordinatlarını ve yönünü hesaplar.
alfa sarmalı ve hem Calpha'nın hem de (isteğe bağlı olarak) bir yan zincirin yönü/vektörleri
eksene göre atom.
Girdi olarak, Calpha atomlarına karşılık gelen bir indeks grubu belirtmeniz gerekir.
sürekli kalıntıların alfa sarmalı. Yan zincir yönleri, ikinci bir dizin grubu gerektirir
her kalıntıda temsil etmesi gereken ağır atomu içeren aynı boyutta
Yan zincir.
not bu programın herhangi bir yapı uydurma yapmadığını.
Sarmal ekseninin yerel yönünü tanımlamak için dört Calpha koordinatına ihtiyacımız var.
Eğim/dönüş, sarmal eksenini şu şekilde tanımladığımız Euler dönüşlerinden hesaplanır.
bölge x-eksen, kalıntılar/Calpha vektörü olarak y, Ve z- onların haçlarından eksen
ürün. Euler YZX rotasyonunu kullanıyoruz, yani ilk önce sarmal eksenini (1)
ve (2) kalıntı vektörüne ortogonaldir ve son olarak onun etrafına (3) rotasyonu uygular.
Hata ayıklama veya diğer amaçlar için, gerçek Euler dönüş açılarını da şu şekilde yazıyoruz:
teta[1-3].xvg
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-oaks [<.dat>] (helixaxis.dat)
Genel veri dosyası
-merkez [<.dat>] (merkez.dat)
Genel veri dosyası
- orise [<.xvg>] (yükselt.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-oradius [<.xvg>] (yarıçap.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-dönüş [<.xvg>] (büküm.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-itaat etmek [<.xvg>] (bükme.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-otilt [<.xvg>] (eğim.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-orot [<.xvg>] (rotasyon.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-[hayır]yan zincir (yok hayır)
Helis eksenine göre yan zincir yönlerini de hesaplayın.
-[hayır]artımlı (yok hayır)
Toplam dönüş/eğim yerine artımlı hesaplayın.
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-helixorient'i çevrimiçi kullanın
