Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-nmtraj komutudur.
Program:
ADI
gmx-nmtraj - Bir özvektörden sanal bir salınan yörünge oluştur
SİNOPSİS
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr ]
[-fazlar ] [-sıcaklık ] [-genlik ]
[-nframe'ler ]
TANIM
gmx nmtraj karşılık gelen bir özvektörden sanal bir yörünge oluşturur.
ortalama yapı etrafında harmonik Kartezyen salınım. özvektörler
normalde kütle ağırlıklıdır, ancak ağırlıklı olmayan özvektörleri kullanarak
ortogonal hareketler. Çıktı çerçeveleri, bir bütünü kapsayan bir yörünge dosyası olarak yazılır.
dönem ve ilk çerçeve ortalama yapıdır. Yörüngeyi yazarsanız (veya
PDB formatına dönüştürün, doğrudan PyMol'de görüntüleyebilir ve ayrıca fotogerçekçi bir görüntü oluşturabilirsiniz.
film. Hareket genlikleri, öz değerlerden ve önceden ayarlanmış bir sıcaklıktan hesaplanır,
enerjinin tüm modlar üzerinde eşit olarak bölündüğünü varsayarsak. Hareketi açıkça görünür kılmak için
PyMol, gerçekçi olmayan yüksek bir sıcaklık ayarlayarak yükseltmek isteyebilirsiniz.
Ancak, hem lineer Kartezyen yer değiştirmelerin hem de kütle ağırlıklandırmanın
yüksek genlikler için ciddi yapı deformasyonuna yol açar - bu sadece bir sınırlamadır
Kartezyen normal mod modelinin Varsayılan olarak, seçilen özvektör 7'ye ayarlıdır, çünkü
ilk altı normal mod, öteleme ve dönme serbestlik dereceleridir.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Tam hassas yörünge: tr cpt tng
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
Yörünge: coşku tr harika g96 pdb tng
Diğer seçenekler:
-eignr (7)
Kullanılacak özvektör dizisi (ilk 1'dir)
-fazlar (0.0)
Aşama dizisi (varsayılan 0.0'dır)
-sıcaklık (300)
Sıcaklık (K)
-genlik (0.25)
Özdeğeri<=0 olan modlar için genlik
-nframe'ler (30)
Oluşturulacak çerçeve sayısı
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-nmtraj'ı çevrimiçi kullanın
