gmx-rdf - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx-rdf - Radyal dağılım fonksiyonlarını hesapla

SİNOPSİS

gmx rdf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-cn [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-sen ] [-xvg ] [-[hayır]rmpbc]
[-[hayır]pbc] [-sf ] [-selpos ] [-seltipi ]
[-çöp Kutusu ] [-[hayır]norm] [-[hayır]xy] [-[hayır]hariç] [-kesmek ]
[-maks ] [-sörf ] [-ref ]
[-tuz ]

TANIM

gmx rdf bir referans konum kümesinden radyal dağılım fonksiyonlarını hesaplar (set
ile -ref) bir veya daha fazla pozisyon grubuna (ile ayarlayın -tuz). RDF'yi hesaplamak için
setteki en yakın pozisyona göre -ref bunun yerine, kullan -sörf: ayarlanmışsa, o zaman -ref is
değerine göre kümelere bölünmüştür. -sörf, ve her kümedeki en yakın konum
kullanılmış. RDF'yi paralel eksenler etrafında hesaplamak için z-eksen, yani sadece x-y uçak,
kullanım -xy.

RDF'de kullanılacak bölme genişliğini ve maksimum mesafeyi ayarlamak için -çöp Kutusu ve -maks,
sırasıyla. Sonuncusu, RDF aşağıdakilerden biri değilse, hesaplama maliyetini sınırlamak için kullanılabilir.
varsayılana kadar faiz (PBC ile kutu boyutunun yarısı, kutu boyutunun üç katı)
PBC olmadan).

Topolojiden hariç tutmaları kullanmak için (-s), Ayarlamak -hariç ve her ikisinin de olduğundan emin olun -ref ve -tuz
sadece atomları seçin. Molekül içi zirveleri hariç tutmak için daha kaba bir alternatif, -kesmek
RDF'yi küçük mesafelerde temizlemek için sıfır olmayan bir değere.

RDF'ler, 1) içindeki ortalama konum sayısı ile normalleştirilir. -ref (grup sayısı
ile -sörf), 2) haznenin hacmi ve 3) ortalama parçacık yoğunluğu -tuz için pozisyonlar
o seçim. Normalleştirme için yalnızca ilk faktörü kullanmak için -normal olmayan. Bu durumda,
RDF, eğrinin integralinin
Bir aralıktaki çift sayısı. Dışlamaların normalleştirmeyi etkilemediğini unutmayın: hatta
if -hariç ayarlandı veya -ref ve -tuz aynı seçimi içeriyorsa, normalizasyon faktörü
hala N*M, N* değil (M hariç).

İçin -sörf, sağlanan seçim -ref atomları seçmeli, yani kütle merkezleri
desteklenir. Daha öte, -normal olmayan kutular düzensiz şekillere ve hacme sahip olduğu için ima edilir
bir binin değeri kolayca hesaplanamaz.

seçenek -cn kümülatif RDF sayısını, yani içindeki ortalama partikül sayısını üretir.
bir mesafe r

SEÇENEKLER

Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (İsteğe bağlı)
Giriş yörüngesi veya tek konfigürasyon: coşku tr cpt harika g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (İsteğe bağlı)
Giriş yapısı: tpr harika g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
Ekstra dizin grupları

Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:

-o [<.xvg>] (rdf.xvg)
Hesaplanmış RDF'ler

-cn [<.xvg>] (rdf_cn.xvg) (İsteğe bağlı)
Kümülatif RDF'ler

Diğer seçenekler:

-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)

-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)

-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt == ilk kez (ps) ise kullanın

-sen (ps)
Zaman değerleri için birim: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Arsa biçimlendirme: yok, xmgrace, xmgr

-[hayır]rmpbc (Evet)
Her kare için molekülleri bütünleştirin

-[hayır]pbc (Evet)
Mesafe hesaplaması için periyodik sınır koşullarını kullanın

-sf
Dosyalardan seçimler sağlayın

-selpos (atom)
Seçim referans konumları: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
bütün_res_com, bütün_res_cog, bütün_mol_com, bütün_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-seltipi (atom)
Varsayılan seçim çıkış konumları: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
bütün_res_com, bütün_res_cog, bütün_mol_com, bütün_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-çöp Kutusu (0.002)
Kutu genişliği (nm)

-[hayır]norm (Evet)
Çöp kutusu hacmi ve yoğunluğu için normalleştirme

-[hayır]xy (yok hayır)
Mesafenin yalnızca x ve y bileşenlerini kullanın

-[hayır]hariç (yok hayır)
Topolojiden hariç tutmaları kullanın

-kesmek (0)
Dikkate alınacak en kısa mesafe (nm)

-maks (0)
Hesaplanacak en büyük mesafe (nm)

-sörf (yok hayır)
Referansın yüzeyine göre RDF: hayır, mol, res

-ref
RDF hesaplaması için referans seçimi

-tuz
Referanstan RDF'leri hesaplamak için seçimler

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-rdf'yi çevrimiçi kullanın