Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-rms komutudur.
Program:
ADI
gmx-rms - Bir referans yapısı ve RMSD matrisleri ile RMSD'leri hesaplayın
SİNOPSİS
gmx rms [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]]
[-mir [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]] [-uzaklık [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]]
[-çöp Kutusu [<.dat>]] [-bm [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-sen ] [-[şimdi] [-xvg ]
[-ne ] [-[hayır]pbc] [-Uygun ] [-önceki ]
[-[Bölünme yok] [-atlamak ] [-atla2 ] [-max ]
[-min ] [-bmaks ] [-bmin ] [-[hayır]mw]
[-nseviyeler ] [-ng ]
TANIM
gmx rms iki yapıyı ortalama kare sapmayı (RMSD) hesaplayarak karşılaştırır,
boyuttan bağımsız rho benzerlik parametresi (rho) veya ölçekli rho (rosc), bkz. Maiorov &
Crippen, Proteinler 22, 273 (1995). Bu tarafından seçilir -ne.
Bir yörüngeden her yapı (-f) bir referans yapısıyla karşılaştırılır. Referans
yapı, yapı dosyasından alınır (-s).
Seçeneği ile -mir ayrıca referans yapısının ayna görüntüsü ile bir karşılaştırma
hesaplandı. Bu, 'önemli' değerler için bir referans olarak kullanışlıdır, bkz. Maiorov &
Crippen, Proteinler 22, 273 (1995).
seçenek -önceki belirtilen sayıda çerçeve ile bir önceki çerçeve arasındaki karşılaştırmayı üretir
önce.
seçenek -m bir matris üretir .xpm içindeki her yapının karşılaştırma değerleri formatı
yörünge birbirine göre. Bu dosya için görselleştirilebilir
örnek xv ve ile postscript'e dönüştürülebilir gmx xpm2ps.
seçenek -Uygun yapıların üst üste en küçük kareler uyumunu kontrol eder:
tam uyum (döndürme ve öteleme), yalnızca öteleme veya hiç sığdırma yok.
seçenek -mw kütle ağırlıklandırmasının yapılıp yapılmadığını kontrol eder. seçeneği seçerseniz
(varsayılan) ve geçerli bir .tpr dosya kütleleri oradan alınacaktır, aksi takdirde
kütleler çıkarılacaktır. atom kütlesi.dat dosya GMXLIB. Bu proteinler için iyidir,
ancak diğer moleküller için zorunlu değildir. 12.011 amu (karbon) varsayılan kütlesi atanır
bilinmeyen atomlara öğesini açarak bunun olup olmadığını kontrol edebilirsiniz. -hata ayıklama bayrak ve
günlük dosyasını incelemek.
İle f2, 'diğer yapılar' ikinci bir yörüngeden alınır, bu bir
bir yörüngenin diğerine karşı karşılaştırma matrisi.
seçenek -çöp Kutusu karşılaştırma matrisinin ikili dökümünü yapar.
seçenek -bm benzer bir ortalama bağ açısı sapmaları matrisi üretir. -m
seçenek. Yalnızca karşılaştırma grubundaki atomlar arasındaki bağlar dikkate alınır.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (İsteğe bağlı)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-mir [<.xvg>] (rmsdmir.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-a [<.xvg>] (ortalama.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-uzaklık [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-m [<.xpm>] (rmsd.xpm) (İsteğe bağlı)
X PixMap uyumlu matris dosyası
-çöp Kutusu [<.dat>] (rmsd.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası
-bm [<.xpm>] (bağ.xpm) (İsteğe bağlı)
X PixMap uyumlu matris dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-sen (ps)
Zaman değerleri için birim: fs, ps, ns, us, ms, s
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-ne (rmsd)
Yapısal fark ölçüsü: rmsd, rho, rhosc
-[hayır]pbc (Evet)
PBC kontrolü
-Uygun (dönüş+dönüş)
Referans yapısına uygun: rot+trans, çeviri, yok
-önceki (0)
Önceki çerçeveyle karşılaştır
-[Bölünme yok (yok hayır)
Zamanın sıfır olduğu bölünmüş grafik
-atlamak (1)
Sadece her nr. kareyi matrix'e yaz
-atla2 (1)
Sadece her nr. kareyi matrix'e yaz
-max (-1)
Karşılaştırma matrisinde maksimum seviye
-min (-1)
Karşılaştırma matrisinde minimum seviye
-bmaks (-1)
Bağ açısı matrisinde maksimum seviye
-bmin (-1)
Bağ açısı matrisinde minimum seviye
-[hayır]mw (Evet)
Süperpozisyon için kütle ağırlığını kullanın
-nseviyeler (80)
Matrislerdeki seviye sayısı
-ng (1)
Arasında RMS hesaplanacak grup sayısı
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-rms'yi çevrimiçi kullanın
