Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-rmsf komutudur.
Program:
ADI
gmx-rmsf - Atomik dalgalanmaları hesapla
SİNOPSİS
gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-ok [<.pdb>]] [-öküz [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-ok [<.xvg>]] [dır-dir [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[şimdi] [-xvg ] [-[hayır]res]
[-[hayır]aniso] [-[uyum yok]
TANIM
gmx rmsf kök ortalama kare dalgalanmasını (RMSF, yani standart sapma) hesaplar
yörüngedeki atomik konumlar (birlikte verilir -f) (isteğe bağlı olarak) bir
referans çerçevesi (birlikte verilir -s).
Seçeneği ile -ok RMSF değerleri, bir a'ya yazılan B faktörü değerlerine dönüştürülür.
.pdb yapı dosyasının veya bir .pdb dosya ne zaman -q is
belirtildi. Seçenek -öküz B faktörlerini ortalama koordinatlarla bir dosyaya yazar.
seçeneği ile -od referans yapısına göre ortalama kare sapma
hesaplanır.
seçeneği ile -aniso, gmx rmsf anizotropik sıcaklık faktörlerini hesaplayacak ve sonra
ayrıca ortalama koordinatları ve bir .pdb ANISOU kayıtları içeren dosya (buna karşılık gelen
the -ok or -öküz seçenek). Lütfen U değerlerinin oryantasyona bağlı olduğunu unutmayın, bu nedenle önce
deneysel verilerle karşılaştırıldığında, deneysel verilere uyduğunuzu doğrulamanız gerekir.
koordinatlar.
Olduğunda, bir .pdb girdi dosyası programa iletilir ve -aniso bayrak bir korelasyon ayarlandı
Herhangi bir anizotropik sıcaklık faktörü mevcutsa, Uij grafiği oluşturulacaktır.
.pdb dosyası.
Seçeneği ile dır-dir ortalama MSF (3x3) matrisi köşegenleştirilir. Bu yönleri gösterir
atomların en çok ve en az dalgalandığı yer.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (İsteğe bağlı)
Protein veri bankası dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-ok [<.pdb>] (bfac.pdb) (İsteğe bağlı)
Protein veri bankası dosyası
-öküz [<.pdb>] (xaver.pdb) (İsteğe bağlı)
Protein veri bankası dosyası
-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-ok [<.xvg>] (korel.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
dır-dir [<.log>] (rmsf.log) (İsteğe bağlı)
Log dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-[hayır]res (yok hayır)
Her kalıntı için ortalamaları hesaplayın
-[hayır]aniso (yok hayır)
Anizotropik sıcaklık faktörlerini hesaplayın
-[uyum yok (Evet)
RMSF'yi hesaplamadan önce bir en küçük kareler süperpozisyonu yapın. Bu olmadan yapmanız gerekir
referans yapısının ve yörüngenin eşleştiğinden emin olun.
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-rmsf'yi çevrimiçi kullanın
