Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-rotacf komutudur.
Program:
ADI
gmx-rotacf - Moleküller için dönme korelasyon fonksiyonunu hesaplayın
SİNOPSİS
gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[şimdi] [-xvg ] [-[hayır]d] [-[hayır]orta]
[-acflen ] [-[hayır]normalleştirme] [-P ]
[-fitfn ] [-başlamak ] [-son uyum ]
TANIM
gmx Rotacf Moleküller için dönme korelasyon fonksiyonunu hesaplar. Atom üçlüleri
(i,j,k), indeks dosyasında ij ve jk iki vektörünü tanımlayarak verilmelidir. Dönme
ACF, n = ij x jk vektörünün otokorelasyon fonksiyonu olarak hesaplanır;
iki vektörün çapraz çarpımı. Üç atom bir düzlemde yayıldığından, üçün sırası
atomların önemi yoktur. İsteğe bağlı olarak, çağrılarak -d geçiş yaparak hesaplayabilirsiniz
doğrusal moleküller için dönme korelasyon fonksiyonu atom çiftlerini (i,j) belirterek
dizin dosyası.
ÖRNEKLER
gmx Rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n indeks -o rotacf-x-P1 FA expfit-x-P1 -başlamak 2.5
-son uyum 20.0
Bu, birinci dereceden bir Legendre kullanarak dönme korelasyon fonksiyonunu hesaplayacaktır.
indeks dosyası tarafından tanımlanan bir vektörün açısının polinomu. Korelasyon fonksiyonu
2.5 ps'den 20.0 ps'ye kadar iki parametreli bir üstel sayıya uyacaktır.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası
-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-[hayır]d (yok hayır)
Korelasyon fonksiyonu için üçlüler (düzlemler) yerine indeks çiftlerini (vektörler) kullanın
-[hayır]orta (Evet)
Moleküller üzerinden ortalama
-acflen (-1)
ACF'nin uzunluğu, varsayılan çerçeve sayısının yarısıdır
-[hayır]normalleştirme (Evet)
ACF'yi normalleştir
-P (0)
ACF için Legendre polinomunun sırası (0 yok anlamına gelir): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Yok)
Sığdırma işlevi: yok, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-başlamak (0)
Korelasyon fonksiyonunun üstel uyumuna başlama zamanı
-son uyum (-1)
Korelasyon fonksiyonunun üstel uyumunun sona ereceği zaman, -1,
son
Onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-rotacf'ı çevrimiçi kullanın
