Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-rotmat komutudur.
Program:
ADI
gmx-rotmat - Bir referans yapısına uydurmak için döndürme matrisini çizin
SİNOPSİS
gmx rotmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[şimdi] [-xvg ] [-ref ] [-atlamak ]
[-[hayır]fitxy] [-[hayır]mw]
AÇIKLAMA
gmx çürük mat bir konformasyona uyan en küçük kareler için gereken döndürme matrisini çizer
ile sağlanan referans konformasyon üzerine -s. Çeviri, sığdırılmadan önce kaldırılır.
Çıktı, x, y ve z yönlerinin yeni yönlerini veren üç vektördür.
örneğin: (zx,zy,zz) referansın oryantasyonudur
yörünge çerçevesindeki z ekseni.
Bu araç, örneğin, bir molekülün belirli bir noktada oryantasyonunu belirlemek için kullanışlıdır.
arayüz, muhtemelen ile üretilen bir yörüngede gmx trjconv -Uygun rotxy+transxy ayırmak
içindeki rotasyon xy uçak.
seçenek -ref yapıyı kullanmak yerine montaj için bir referans yapı belirler
itibaren -s. Diğer tüm yapılara göre en düşük RMSD toplamına sahip yapı kullanılır.
Bu prosedürün hesaplama maliyeti, sayının karesi ile büyüdüğü için
çerçeveler, -atlamak seçenek yararlı olabilir. Tam bir uyum veya sadece bir uyum xy uçak olabilir
seslendirdi.
seçenek -fitxy sığar xy dönme matrisini belirlemeden önce düzlem.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.xvg>] (rotmat.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-ref (Yok)
En uygun referans yapısını belirleyin: yok, xyz, xy
-atlamak (1)
için her nr. kareyi kullanın. -ref
-[hayır]fitxy (yok hayır)
Dönüşü belirlemeden önce x/y dönüşünü takın
-[hayır]mw (Evet)
Kütle ağırlıklı bağlantı kullanın
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-rotmat'ı çevrimiçi kullanın
