Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gt-csa komutudur.
Program:
ADI
gt-csa - GFF3 dosyasındaki eklenmiş hizalamaları, konsensüs eklenmiş hizalamalara dönüştürün.
SİNOPSİS
gt CSA [seçenek ...] [GFF3_dosyası]
AÇIKLAMA
-birleştirme uzunluğu [değer]
eklenmiş hizalama kümelemesi için birleştirme uzunluğunu ayarla (varsayılan: 300)
-v [evet|hayır]
ayrıntılı ol (varsayılan: hayır)
-o [Dosya]
çıktıyı belirtilen dosyaya yönlendir (varsayılan: tanımsız)
-gzip [evet|hayır]
gzip sıkıştırılmış çıktı dosyası yaz (varsayılan: hayır)
-bzip2 [evet|hayır]
bzip2 sıkıştırılmış çıktı dosyası yaz (varsayılan: hayır)
-güç [evet|hayır]
çıktı dosyasına yazmaya zorla (varsayılan: hayır)
-Yardım
yardımı göster ve çık
-version
sürüm bilgilerini göster ve çık
ÖRNEK:
Bir GFF3 dosyamız olduğunu varsayalım. csa_example_spliced_alignments.gff3 içeren
dört örtüşen eklenmiş hizalamanın ardından (ekzonları olan genler olarak temsil edilir)
çocuklar):
##gff-sürüm 3
##dizi-bölge sıra 1 290
sıra. gen 1 209 . + . kimlik=gen1
sıra. ekson 1 90 . + . ebeveyn=gen1
sıra. ekson 110 190 . + . ebeveyn=gen1
sıra. ekson 201 209 . + . ebeveyn=gen1
###
sıra. gen 1 290 . + . kimlik=gen2
sıra. ekson 1 90 . + . ebeveyn=gen2
sıra. ekson 101 190 . + . ebeveyn=gen2
sıra. ekson 201 290 . + . ebeveyn=gen2
###
sıra. gen 10 290 . + . kimlik=gen3
sıra. ekson 10 90 . + . ebeveyn=gen3
sıra. ekson 110 190 . + . ebeveyn=gen3
sıra. ekson 201 290 . + . ebeveyn=gen3
###
sıra. gen 181 290 . + . kimlik=gen4
sıra. ekson 181 190 . + . ebeveyn=gen4
sıra. ekson 201 290 . + . ebeveyn=gen4
###
Konsensüs eklenmiş hizalamaları hesaplamak için şunu diyoruz:
$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3
Hangi döndürür:
##gff-sürüm 3
##dizi-bölge sıra 1 290
seq gt csa geni 1 290. + . kimlik=gen1
seq gt csa mRNA 1 290 . + . ID=mRNA1;Üst=gen1
seq gt csa ekson 1 90 . + . Üst=mRNA1
seq gt csa ekson 110 190 . + . Üst=mRNA1
seq gt csa ekson 201 290 . + . Üst=mRNA1
seq gt csa mRNA 1 290 . + . ID=mRNA2;Üst=gen1
seq gt csa ekson 1 90 . + . Üst=mRNA2
seq gt csa ekson 101 190 . + . Üst=mRNA2
seq gt csa ekson 201 290 . + . Üst=mRNA2
###
Görüldüğü gibi, bir konsensüs eklenmiş hizalamada birleştirildiler (olarak temsil edilirler).
çocuk olarak mRNA'lı genler, bu da çocuk olarak ekzonlara sahiptir) iki alternatif ile
ekleme formları. Birinci ve üçüncü eklenmiş hizalama birincide birleştirildi
alternatif ek formu (mRNA1) ve ikinci ve dördüncü eklenmiş hizalama
ikinci alternatif ekleme formu (mRNA2).
Görüldüğü gibi, birinci alternatif ek biçiminden ikinci ekson, eksondan daha kısadır.
ikinci alternatif ekleme formundan karşılık gelen ekson.
RAPORLAMA BÖCEK
Hataları şuraya bildir:[e-posta korumalı]>.
onworks.net hizmetlerini kullanarak gt-csa'yı çevrimiçi kullanın