Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen hhconsensus komutudur.
Program:
ADI
hhconsensus - bir A3M/FASTA giriş dosyası için fikir birliği sırasını hesaplayın
SİNOPSİS
fikir birliği -i [seçenekleri]
TANIM
HHconsensus sürüm 2.0.16 (Ocak 2013) Bir konsensüs dizisini hesaplayın.
A3M/FASTA giriş dosyası. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A ve Soding J. HHblits: Yıldırım hızında yinelemeli
HMM-HMM hizalaması ile protein dizisi araştırması. Nat. Yöntemler 9:173-175 (2011).
-i
sorgu hizalama (A2M, A3M veya FASTA) veya HMM sorgusu
Çıktı seçenekleri:
-s
FASTA'da konsensüs dizisi ekle (varsayılan= )
-o
A3M'de konsensüs dizisiyle hizalama yazma
-oa3m
aynı
-oa2m
A2M'de konsensüs dizisiyle hizalama yazma
-ofaş
FASTA'da konsensüs dizisiyle hizalama yaz
-v
ayrıntılı mod: 0: ekran çıktısı yok 1: yalnızca uyarılar 2: ayrıntılı
filtre giriş hiza (seçenekler yapabilmek be kombine):
-İD [0,100] maksimum ikili dizi özdeşliği (%) (def=100)
-fark [0,inf[ en çeşitli dizileri filtreleyerek en azından bunu
>50 sütunluk her blokta çok sayıda dizi (def=0)
-cov [0,100] sorgu ile minimum kapsam (%) (def=0)
-kid [0,100] sorgu ile minimum dizi kimliği (%) (def=0)
-qsc [0,100] sorgulu sütun başına minimum puan (def=-20.0)
Giriş hiza biçimi:
-M a2m, A2M/A3M'yi kullanır (varsayılan): büyük harf = Eşleşme; küçük harf = Ekle; '-' = Sil; '.' =
uçlara hizalanmış boşluklar (atlanabilir)
-M ilk
FASTA kullanın: 1. dizide kalıntı bulunan sütunlar eşleşme durumlarıdır
-M [0,100]
FASTA kullanın: %X'ten daha az boşluk içeren sütunlar eşleşme durumlarıdır
Diğer seçenekleri:
-ekler PSIPRED'den öngörülen ikincil yapı bilgilerini ekleyin
Örnek: hhconsensus -i stdin -s stdout'u
onworks.net hizmetlerini kullanarak hhconsensus'u çevrimiçi kullanın
