Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen hhfilter komutudur.
Program:
ADI
hhfilter - bir hizalamayı eşleşme durumlarının maksimum dizi kimliğine ve minimuma göre filtreleyin
kapsama
SİNOPSİS
hh filtresi -i dosyada -o dış dosya [seçenekleri]
AÇIKLAMA
HHfilter sürüm 2.0.16 (Ocak 2013) Bir hizalamayı, maksimum dizi kimliğine göre filtreleyin
maç durumları ve minimum kapsama alanı (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert,
Andreas Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A ve Soding J. HHblits: Yıldırım hızında
HMM-HMM hizalaması ile yinelemeli protein dizisi araması. Nat. Yöntemler 9:173-175 (2011).
-i
A3M/A2M veya FASTA formatında giriş dosyasını okuyun
-o
çıktı dosyasına A3M formatında yaz
-a
A3M formatında çıktı dosyasına ekle
SEÇENEKLER
-v
ayrıntılı mod: 0: ekran çıktısı yok 1: yalnızca uyarılar 2: ayrıntılı
-İD [0,100] maksimum ikili dizi özdeşliği (%) (def=90)
-fark [0,inf[
en az bu kadarını koruyarak en çeşitli dizileri seçerek MSA'yı filtreleyin
50 uzunluğundaki her bir MSA bloğundaki sıralar (def=0)
-cov [0,100] sorgu ile minimum kapsam (%) (def=0)
-kid [0,100] sorgu ile minimum dizi kimliği (%) (def=0)
-qsc [0,100] sorgulu sütun başına minimum puan (def=-20.0)
-neff [1,inf]
hedef hizalama çeşitliliği (varsayılan=kapalı)
Giriş hiza biçimi:
-M a2m, A2M/A3M'yi kullanır (varsayılan): büyük harf = Eşleşme; küçük harf = Ekle; '-' = Sil; '.' =
uçlara hizalanmış boşluklar (atlanabilir)
-M ilk
FASTA kullanın: 1. dizide kalıntı bulunan sütunlar eşleşme durumlarıdır
-M [0,100]
FASTA kullanın: %X'ten daha az boşluk içeren sütunlar eşleşme durumlarıdır
Örnek: hhfilter -İD 50 -i d1mvfd_.a2m -o d1mvfd_.fil.a2m
onworks.net hizmetlerini kullanarak hhfilter'ı çevrimiçi kullanın
