hmm2emit - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

hmm2emit - HMM profilinden diziler oluşturur

SİNOPSİS

hmm2emit [seçenekler] hmm dosyası

TANIM

hmm2emit bir HMM dosyası okur hmm dosyası bir veya daha fazla HMM içerir ve bir
her HMM'den gelen dizilerin sayısı; veya eğer -c seçeneği seçiliyse, tek bir tane oluşturun
çoğunluk kuralı konsensüs. Bu, birinin ihtiyaç duyduğu çeşitli uygulamalar için yararlı olabilir.
dizi ailesi konsensusu ile tutarlı dizilerin simülasyonu.

Varsayılan olarak, hmm2emit 10 dizi oluşturur ve bunları FASTA (hizalanmamış) formatında çıkarır.

SEÇENEKLER

-a Oluşturulan dizileri FASTA yerine hizalanmış bir formatta (SELEX) yazın.

-c Örnekleme dizileri yerine tek bir çoğunluk kuralı konsensüs dizisini tahmin edin
HMM'nin olasılık dağılımından. Yüksek oranda korunmuş kalıntılar (p>= 0.9 için)
DNA, p >= 0.5 protein için) büyük harflerle gösterilmiştir; diğerleri küçük harflerle gösterilmiştir.
Bazı ekleme eyaletleri çoğunluk kuralı konsensüsünün bir parçası haline gelebilir, çünkü bunlar
oluşturulan dizilerin >= %50'sinde kullanılır; bu olduğunda, eklemeyle oluşturulan kalıntılar
basitçe "x" olarak gösterilir.

-h Kısa yardım yazdırın; dahil olmak üzere tüm seçeneklerin sürüm numarasını ve özetini içerir.
uzman seçenekleri.

-n Oluşturmak diziler. Varsayılan 10'dur.

-o Sentetik dizileri dosyaya kaydedin onları stdout'a yazmak yerine.

-q Sessizlik; dizilerin kendisi dışındaki tüm çıktıları bastırır. Borulama için kullanışlıdır
veya çıkışı yönlendirmek.

UZMAN SEÇENEKLER

--tohum
Rastgele tohumu şuna ayarla , nerede pozitif bir tamsayıdır. Varsayılan, kullanmaktır
zaman() her çalışma için farklı bir tohum oluşturmak, bu da iki farklı
koşuları hmm2emit aynı HMM üzerinde biraz farklı sonuçlar verecektir. Kullanabilirsiniz
tekrarlanabilir sonuçlar üretmek için bu seçeneği kullanın.

Onworks.net hizmetlerini kullanarak hmm2emit'i çevrimiçi kullanın