Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen hmmfetch komutudur.
Program:
ADI
hmmfetch - bir dosyadan profil HMM'lerini al
SİNOPSİS
hmmfetch [seçenekler]
(adlı HMM'yi alır )
hmmfetch -f [seçenekler]
(listelenen tüm HMM'leri alır )
hmmfetch --index [seçenekler]
(dizinler almak için)
TANIM
Bir veya daha fazla profil HMM'sini hızlı bir şekilde alır. (büyük bir Pfam veritabanı,
örnek).
Maksimum hız için, önce indekslenmeli, hmmfetch --index.
index adlı bir ikili dosyadır .ssi. Ancak bu isteğe bağlıdır ve geri alma
çok daha yavaş da olsa, dizine eklenmemiş dosyalardan çalışmaya devam eder.
Varsayılan mod, ad veya erişim adı verilen tek bir profili almaktır. .
Örneğin:
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
İle -f seçenek, a bunun yerine bir veya daha fazla anahtarın listesini içeren okunur.
Her boş olmayan yorum satırındaki ilk boşlukla ayrılmış alan
olarak kullanılır , ve satırda kalan tüm veriler yoksayılır. Bu, çeşitliliğe izin verir
olarak kullanılacak boşlukla ayrılmış veri dosyalarının s.
Kullanırken -f ve , Eğer hmm dosyası indekslendi, anahtarlar
sırayla meydana gelirler Anahtar dosya, ama eğer hmm dosyası dizine eklenmez, anahtarlar
sırayla meydana gelirler hmm dosyası. Bu, izin veren bir uygulamanın bir yan etkisidir.
olsa bile alınacak birden fazla anahtar gibi geri sarılamaz bir akıştır
standart giriş borusu.
Normal kullanımda (olmadan --index or -f seçenekler), '-' (tire) olabilir, yani
okuma girişi stdin bir dosyadan ziyade. İle --index seçeneği olmayabilir
olmak '-'; standart bir girdi akışını indekslemek mantıklı değil. İle -f seçeneği
ya or (ancak ikisi birden değil) '-' olabilir. Genellikle özellikle yararlıdır
okumak standart girdiden, çünkü bu, isteğe bağlı komut kullanımına izin verir
HMM adlarının veya erişimlerinin bir listesini oluşturmak için satır çağrıları yapın, ardından hepsini yeni bir
dosya, sadece bir komutla.
Varsayılan olarak, alınan HMM'ler HMMER3 formatında standart çıktıya yazdırılır.
SEÇENEKLER
-h Yardım; komut satırı kullanımı ve mevcut tüm seçenekler hakkında kısa bir hatırlatma yazdırın.
-f İkinci komut satırı argümanı bir tek bir yerine .
her satırındaki ilk alan geri alma olarak kullanılır (bir HMM adı
veya katılım). Boş satırlar ve yorum satırları (# karakteriyle başlayan)
görmezden geldi.
-o HMM'leri dosyaya çıkar standart çıktı yerine.
-O HMM'leri adlandırılmış tek tek dosyaya/dosyalara yazdırın standart çıktı yerine İle birlikte
the -f seçeneği, bu birçok dosyanın oluşturulmasına neden olabilir.
--index
Bir veya daha fazla profil almak yerine , indeksle için
gelecekteki alımlar. Bu bir .ssi ikili dizin dosyası.
onworks.net hizmetlerini kullanarak hmmfetch'i çevrimiçi kullanın
