Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen silinmez komuttur.
Program:
ADI
silinmez - biyolojik evrimin güçlü ve esnek simülatörü
SİNOPSİS
silinmez
Komut satırı aracılığıyla hiçbir seçenek iletilemez.
TANIM
silinmez çok bölümlü nükleotit, amino asit veya kodonun evrimini simüle edebilir
sürekli olarak ekleme, silme ve değiştirme süreçleri aracılığıyla veri kümeleri
zaman. Tüm yaygın evrim modelleri desteklenir.
için tam belgeler silinmez altında mevcut
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.
YAPILANDIRMA
silinmez adlı bir dosyadan simülasyon çalıştırması için ayarları okur. kontrol.txt içinde
geçerli dizin. Dosya, her blok bir tanesini kontrol edecek şekilde bloklara bölünür.
simülasyonun belirli bir yönü. Bloklar başka alt bloklar içerebilir. Yorumlar
C veya C++ stilinde verilebilir. Eğer silinmez bir kontrol dosyası olmadan yürütülürse,
örnek dosya oluşturulur.
[TÜR] tip
Her kontrol dosyası bir ile başlamalıdır. TİP engellemek. olası türleri şunlardır NÜKLEOTİT,
AMİNO ASİT, ve KODON.
[AYARLAR]
Bu blok, çıktı dosyası türleri gibi zorunlu olmayan kullanıcı tercihlerini belirtir ve
formatlar, rastgele sayı üreteci için tohumlar ve ayrıntılı çıktı verilip verilmeyeceği
raporlar.
[MODEL] model adı
Bu blok, simülasyon için kullanılacak yeni bir evrimsel modeli başlatır. NS
ikame modelleri, indel oranları ve kodon bölgesi dahil olmak üzere belirli parametreler
Modeller alt modeller aracılığıyla kontrol edilir. model adı seçtiğiniz herhangi bir isim olabilir.
[AĞAÇ] ağaç adı newick
Bu blok, verilen ada sahip bir kılavuz ağacı belirtmek için kullanılır. ağaç adı.
Evrimsel mesafeler, ağaç için dal uzunlukları olarak temsil edilir. NEWICK
biçimi.
[ŞUBELER]
Bu bloklar, durağan olmayan ve homojen olmayan süreçleri simüle etmek için kullanılır.
Kılavuz ağacın farklı dallarında farklı modeller belirtilebilir.
dalların farklı ikame modellerine sahip olması, indel uzunluk dağılımı, oran
heterojenlik, baz bileşimi vb.
[BÖLÜMLER] bölüm adı
Her çalıştırma sırasında birden çok dizi bölümü simüle edilebilir. Her bölüm için
kılavuz ağacı, evrim modeli ve dizi uzunluğu belirtilmelidir.
[EVRİM GEÇİRMEK]
Bu blok içinde bir bölümün birden çok kopyası oluşturulabilir.
TELİF HAKKI
Telif Hakkı © 2010 William Fletcher Lisansı GPLv3+: GNU GPL sürüm 3 veya üstü.
Bu özgür bir yazılımdır: onu değiştirmekte ve yeniden dağıtmakta özgürsünüz. GARANTİSİ YOKTUR,
yasaların izin verdiği ölçüde. Tam lisans metni şu adreste mevcuttur:
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
TEŞEKKÜR
William Fletcher ve Ziheng Yang (2009). INDELible: Esnek Bir Biyolojik Simülatörü
dizi Evrimi, Moleküler Biyoloji ve Evrim, 26(8): 1879-1888.
onworks.net hizmetlerini kullanarak silinmez çevrimiçi kullanın
