indexdb_rna - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

indexdb_rna - NGS okumalarını filtreleme, eşleme ve OTU toplama aracı (indexdb)

SİNOPSİS

indexdb_rna --ref db.fasta,db.idx [SEÇENEKLER]

TANIM

SortMeRNA, filtreleme, haritalama ve OTU toplama için biyolojik bir dizi analiz aracıdır
NGS okur. Çekirdek algoritma, yaklaşık tohumlara dayanır ve hızlı ve
nükleotid dizilerinin hassas analizleri. SortMeRNA'nın ana uygulaması filtrelemedir
metatranskriptomik verilerden rRNA. Ek uygulamalar arasında OTU toplama ve
QIIME v1.9+ aracılığıyla sunulan sınıflandırma ataması (http://qiime.org -v1.9.0-rc1).

SortMeRNA, girdi olarak bir okuma dosyası (fasta veya fastq formatı) ve bir veya birden fazla rRNA alır
veritabanı dosyası/dosyaları) ve rRNA'yı ve reddedilen okumaları, tarafından belirtilen iki dosyaya ayırır.
kullanıcı. İsteğe bağlı olarak, rRNA okumalarının yüksek kaliteli yerel hizalamalarını
rRNA veritabanı. SortMeRNA, Illumina, 454, Ion Torrent ve PacBio verileriyle çalışır ve
SAM ve BLAST benzeri hizalamalar üretin.

SEÇENEKLER

ZORUNLU SEÇENEKLER
--ref DİZİ, DİZİ
FASTA referans dosyası, dizin dosyası
Örnek:
--ref /yol/to/file1.fasta,/path/to/index1
Birden çok referans dizisi dosyası iletiyorsanız, bunları ':' ile ayırın.
Örnek:
--ref /yol/f1.fasta,/yol/index1:/yol/f2.fasta,yol/index2

İSTEĞE BAĞLI SEÇENEKLER
--hızlı BOOL
~%99 ilgili türlerin hizalanması için önerilen seçenek (varsayılan: kapalı)

--duyarlı BOOL
~%75-98 ilgili türlerin hizalanması için önerilen seçenek (varsayılan: açık)

--tmpdir STRING
geçici dosyaların yazılacağı dizin

-m INT dizini oluşturmak için bellek miktarı (Mbayt cinsinden) (varsayılan: 3072)

-L INT tohum uzunluğu (varsayılan: 18)

--max_pos INT
her benzersiz L-mer için saklanacak maksimum konum sayısı (varsayılan: 10000, ayar
--max_pos 0 tüm pozisyonları saklayacaktır)

-v BOOL
gereksiz sözlerle dolu

-h BOOL
yardım et

onworks.net hizmetlerini kullanarak indexdb_rna'yı çevrimiçi kullanın