Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut insegt'dir.
Program:
ADI
insegt - Açıklamalı Kesişen İKİNCİ Nesil dizileme verileri
SİNOPSİS
[SEÇENEKLER]
TANIM
INSEGT, RNA-Seq okumalarının hizalamalarını analiz etmek için bir araçtır (tek uçlu veya çift uçlu)
gen açıklamalarını kullanarak.
INSEGT'ye giriş, hizalamaları içeren bir SAM dosyası ve aşağıdakileri içeren bir dosyadır.
GFF veya GTF formatında referans genomun açıklamaları.
-h, --yardım et
Bu yardım mesajını görüntüler.
--versiyon
Sürüm bilgilerini görüntüleme
Seçenekler: :
-ro, --okuma çıktısı DOSYA
Eşlenen ek açıklamaları ve ardından gelen bilgileri içeren okuma çıktısı için çıktı dosya adı
onların ebeveyn açıklaması. Geçerli dosya türü: gff.
-ile, --anno-çıktı DOSYA
GFF'ye benzer ek açıklamaları içeren anno-çıktı için çıktı dosya adı
giriş ve ek olarak eşlenen okumaların sayıları ve normalleştirilmiş ifade
RPKM'deki seviyeler. Geçerli dosya türü: gff.
-Ile, --tuple-çıktı DOSYA
Okur veya
eşler. Geçerli dosya türü: gff.
-NS, --füzyon-çıktı STR
Gen füzyonlarının ekson demetini içeren füzyon çıktısı için çıktı dosya adı
(Gelişmiş seçenek, şu anda KNIME için çıkış bağlantı noktası yok). Gff'den biri.
-n, --birkaç INT
ntuple Varsayılanı: 2.
-o, --offset-aralığı INT
Arama için kısa hizalama aralıklarına göre dengeleyin. Varsayılan: 5.
-t, --eşik-boşluklar INT
Hizalamada izin verilen boşluklar için eşik (intronlar değil). Varsayılan: 5.
-c, --eşik-sayısı INT
Min. için eşik. çıktı için demet sayısı. Varsayılan: 1.
-r, --eşik-rpkm ÇİFT
Min. için eşik. Çıktı için demetin RPKM'si. Varsayılan: 0.0.
-m, --max-demet
Yalnızca maxTuple oluşturun (tüm okuma tarafından yayılan).
-e, --tam-ntuple
Yalnızca tam uzunlukta n Tuple oluşturun. Varsayılan olarak, verilen uzunluğa kadar tüm demetler
hesaplanır (eğer -m ayarlandı, -e göz ardı edilecektir).
-u, --bilinmeyen-yönlendirme
Okumaların yönü bilinmiyor.
ÖRNEKLER
inseg
örnek/hizalamalar.sam örnek/annotations.gff
INSEGT'yi varsayılan parametrelerle örnek dosyalarda çalıştırın.
inseg -m örnek/hizalamalar.sam örnek/annotations.gff
INSEGT'yi örnek dosyalarda çalıştırın ve yalnızca maxTuple'ı hesaplayın.
inseg -c 2 örnek/alignments.sam example/annotations.gff
INSEGT'yi örnek dosyalarda çalıştırın ve yalnızca min. 2 sayısı
VERSION
insegt sürümü: 1.0 Son güncelleme 2012-09-11
onworks.net hizmetlerini kullanarak insegt çevrimiçi kullanın
