Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen ipig komutudur.
Program:
ADI
ipig - PSM'leri Genom tarayıcı görselleştirmelerine entegre etme
SİNOPSİS
ipig <psm dosya> |-g|-c|-cg [ ]
TANIM
iPiG, kütle spektrometrisinden peptit spektrum eşleşmelerinin (PSM'ler) entegrasyonunu hedefler
(MS) peptit tanımlamaları, genom tarayıcısı tarafından sağlanan genomik görselleştirmelere dönüştürülür.
UCSC genom tarayıcısı olarak (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG, MS standart biçimi mzIdentML (*.mzid) veya metin biçimindeki PSM'leri alır ve
genom iz formatlarında (BED ve GFF3 dosyaları) sonuçlar sağlar.
genom tarayıcılarına aktarılır.
SEÇENEKLER
<psm dosya>
peptit spektrum eşleşmeleri olan dosyayı gösterir (mzid/txt)
-g, -gui
iPiG'nin grafik kullanıcı arayüzünü başlatır
-c, -kontrol
gen kontrolünü başlatır, gerekli dosyalar konfigürasyonda belirtilmelidir
dosya
-cg, -kontrol gui
gen kontrolünün grafik kullanıcı arayüzünü başlatır
-d, -indirici
indirme gui'sini başlatır
farklı bir konfigürasyon dosyası belirtilebilir (aksi takdirde ipig.conf tarafından yüklenir)
varsayılan)
ek gereksinimler:
gui olmayan bir mod kullanıldığında, bir yapılandırma dosyası (varsayılan olarak ipig.conf) birkaç tane içermelidir
ek parametreler, örneğin referans genomu gösteren vb.
gui modunda (-g ve -cg), ek parametreler iki şekilde belirtilebilir.
arayüz veya bir yapılandırma dosyası ile.
hakkında örnekler ve daha fazla ayrıntı için readme.txt ve ipig.conf'a bakın.
ek parametreler
onworks.net hizmetlerini kullanarak ipig'i çevrimiçi kullanın
