Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen kmer-mask komutudur.
Program:
ADI
kmer-mask - kmer içeriğine göre nükleotid dizilerini maske ve filtre seti
SİNOPSİS
kmer maskesi {-Roman|-onaylanmış} [-mdb mer-veritabanı] [-MS deniz boyutunda] [-edb mevcut-veritabanı] [-m
minimum boyut] [-e uzatma boyutu] [-düşük eşik l] [-yüksek eşik h] [-t Konuları] [-v] [-h
Histogram] [-terfi|-indirgemek|-atmak] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o çıktı öneki
TANIM
Kmer içeriğine göre dizi dizilerini (okunduğu varsayılır) maskeleyin ve filtreleyin. maskeleme olabilir
veritabanında olmayan yeni diziyi korumak veya mevcut doğrulanmış diziyi korumak için yapılır
veritabanında. Filtreleme, dizileri tamamen, kısmen veya maskelenmemiş olarak ayıracaktır.
SEÇENEKLER
-mdb mer-veritabanı
yük maskeleme kmers meril(1) mer-veritabanı
-MS deniz boyutunda
-edb mevcut-veritabanı
maskeleme kmer'lerini bir varolanDB(1) dosya mevcut-veritabanı daha hızlı yeniden başlatmalar için
-1 in.1.fastq
-2 in.2.fastq
giriş, dosyaları fastq, fastq.gz, fastq.bz2 veya fastq.xz biçiminde okur. ikincisi
isteğe bağlıdır, ancak mevcut değilse çıktı sınıflandırmasını bozar.
-o dışarı
çıktı okumaları için önek
dışarı.fulmasked.[12].fastq
altındaki 'düşük eşik' bazları korunarak okur
dışarı.kısmi maskeli.[12].fastq
arada okur
dışarı.tutuldu.[12].fastq
korunan 'yüksek eşik' tabanlarından daha fazlası ile okur
dışarı.atılır.[12].fastq
çelişkili durumla okur
-m minimum boyut
ardışık bu kadar çok kilometrenin altındaki veritabanı isabetlerini yoksay (0)
-e uzatma boyutu
veritabanı isabetlerini bu kadar çok eksik kmers boyunca genişletin (0)
-Roman RETAIN roman dizisi veritabanında mevcut değil
-onaylanmış
Veritabanında bulunan onaylanmış diziyi RETAIN
-terfi
daha az RETAINED okumasını daha fazla RETAINED okuma durumuna yükselt
read1=tamamen maskeli ve read2=kısmen maskeli -> ikisi de kısmen maskeli
-indirgemek
daha fazla RETAINED okumasını daha az RETAINED okuma durumuna indirge
read1=tamamen maskeli ve read2=kısmen maskeli -> her ikisi de tamamen maskeli
-atmak
çakışan duruma sahip çiftleri atın (DEFAULT) read1=tamamen maskelenmiş ve
read2=kısmi maskeli -> her ikisi de atılır
istatistikler on standart, numara of dizileri ile miktar TUTULAN:
-düşük eşik t
(0.3333)
-yüksek eşik t
(0.6667)
-h Histogram
RETAINED dizisinin miktarının bir histogramını yazın
-t t kullanım t hesaplama konuları
-v ilerlemeyi göster
onworks.net hizmetlerini kullanarak kmer maskesini çevrimiçi kullanın
