Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen son komuttur.
Program:
ADI
last-train - Verilen dizileri hizalamak için uygun puan parametreleri bulmaya çalışın
SİNOPSİS
son tren soyadı dizi dosya(lar)ı
TANIM
Verilen dizileri hizalamak için uygun puan parametreleri bulmaya çalışın.
SEÇENEKLER
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
Eğitim seçenekleri:
--revsym
ters tamamlayıcı simetriyi zorla
--matsym
kuvvet simetrik ikame matrisi
--gapsim
zorla ekleme/silme simetrisi
--pid=PID
> PID% kimliğiyle hizalamaları atla (varsayılan: 100)
İlk parametre seçenekleri:
-r PUAN
maç skoru (varsayılan: 6 ise Q>0, yoksa 5)
-q MALİYET
uyumsuzluk maliyeti (varsayılan: 18 ise Q>0, yoksa 5)
-p ADI
eşleşme/uyumsuzluk skoru matrisi
-a MALİYET
boşluk varlığı maliyeti (varsayılan: 21 ise Q>0 ise 15)
-b MALİYET
boşluk uzatma maliyeti (varsayılan: 9 ise Q>0, yoksa 3)
-A MALİYET
ekleme varlığı maliyeti
-B MALİYET
ekleme uzatma maliyeti
Hizalama seçenekleri:
-D BOY
rastgele hizalama başına sorgu harfleri (varsayılan: 1e6)
-E EG2 giga kare başına maksimum beklenen hizalama
-s İPLİK
0=ters, 1=ileri, 2=her ikisi (varsayılan: DNA ise 2, aksi takdirde 1)
-S NUMBER
puan matrisi, 0=referans, 1=sorgu (varsayılan: 1)'in ileri dizisi için geçerlidir.
-T NUMBER
hizalama türü: 0=yerel, 1=örtüşme (varsayılan: 0)
-m COUNT
sorgu konumu başına maksimum başlangıç eşleşmeleri (varsayılan: 10)
-P İŞ PARÇACIĞI
paralel iş parçacığı sayısı
-Q NUMBER
giriş formatı: 0=fasta, 1=fastq-sanger
onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi son treni kullanın
