İngilizceFransızcaİspanyolca

Sunucuları çalıştırın | Ubuntu > | Fedora > |


OnWorks favicon'u

locuspocus - Bulutta Çevrimiçi

Locuspocus'u OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü üzerinden çalıştırın

Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut odağıdır.

PROGRAM:

ADI


locuspocus - verilen gen açıklaması için lokus koordinatlarını hesaplayın

SİNOPSİS


lokuspokus [seçenekleri] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

TANIM


Temel seçenekler:

-d|--hata ayıklama
ayrıntılı hata ayıklama mesajlarını terminale yazdır (standart hata)

-h|--yardım
bu yardım mesajını yazdırın ve çıkın

-v|--sürüm
sürüm numarasını yazdır ve çık

iLocus ayrıştırma:

-l|--delta: INT
aralık lokuslarını ayrıştırırken, gen lokuslarını genişletmek ve dahil etmek için aşağıdaki deltayı kullanın
potansiyel düzenleyici bölgeler; varsayılan 500

-s|--atlar
aralık lokuslarını numaralandırırken, açıklamasız (ve muhtemelen eksik) hariç tutun
dizinin her iki ucundaki iLoci

-e|--yalnızca
dizilerin açıklamasız uçlarında yalnızca tamamlanmamış iLocus parçalarını bildir
(tamamlayıcı --skipends)

-y|--atlayış
intergenik iLoci bildirme

İyileştirme seçenekleri:

-r|--rafine
varsayılan olarak genler, örtüşmeleri varsa aynı iLocus'ta gruplanır; 'iyileştirme'
modu, örtüşen genlerin daha ayrıntılı bir şekilde ele alınmasına izin verir

-c|--cd'ler
gen örtüşmesini belirlemek için UTR'ler yerine CDS'yi kullanın; 'iyileştirme' modu anlamına gelir

-m|--minörtüşme: INT
iki genin aynı grupta gruplanabilmesi için üst üste gelmesi gereken minimum nükleotid sayısı
iLocus; varsayılan 1

Çıkış seçenekleri:

-n|--namefmt: STR
yeni için varsayılan kimlik biçimini geçersiz kılmak için printf tarzı bir biçim dizesi sağlayın
oluşturulan lokus; loci ve 'iLocus%lu' için varsayılan 'locus%lu' (locus1, locus2, vb.)
(iLocus1, iLocus2, vb) aralık lokusları için; biçim dizesinin bir içermesi gerektiğini unutmayın
uzun bir işaretsiz tamsayı değeri ile doldurulacak tek %lu belirteci

-i|--iles: DOSYA
her intergenik iLocus'un uzunluklarına sahip bir dosya oluşturun

-g|--gen haritası: DOSYA
verilen yere karşılık gelen lokusa her gen ek açıklamasından bir eşleme yazdırın
dosya

-o|--dosya dışı: DOSYA
sonuçların yazılacağı dosyanın adı; varsayılan terminaldir (standart
çıktı)

-T|--tutarlar
giriş dosyalarından orijinal özellik kimliklerini saklayın; girdiyse çatışmalar ortaya çıkacaktır
yinelenen kimlik değerleri içeriyor

-t|--transmap: DOSYA
her transkript bilgi notundan ilgili lokusa bir eşleme yazdırın
verilen dosya

-V|--ayrıntılı
GFF3 çıkışındaki tüm lokus alt özelliklerini (genler, RNA'lar, vb.) dahil edin; varsayılan
yalnızca konum özelliklerini içerir

Giriş seçenekleri:

-f|--filtre: TYPE
loci/iLoci oluştururken kullanılacak özellik türlerinin virgülle ayrılmış listesi; varsayılan
'gen'

-p|--ebeveyn: CT:PT
$CT türünde bir özellik ebeveyn olmadan mevcutsa, bu özellik için bir ebeveyn oluşturun
$PT tipi ile; örneğin, mRNA:gene ebeveyn olarak bir gen özelliği yaratacaktır.
herhangi bir üst düzey mRNA özelliği; bu seçenek birden çok kez belirtilebilir

-u|--sözde
yanlış etiketlenmiş psödogenleri düzeltin

onworks.net hizmetlerini kullanarak locuspocus'u çevrimiçi kullanın


Ad


Ad