Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut odağıdır.
Program:
ADI
locuspocus - verilen gen açıklaması için lokus koordinatlarını hesaplayın
SİNOPSİS
lokuspokus [seçenekleri] gff3dosyası1 [gff3dosyası2 gff3dosyası3 ...]
TANIM
Temel seçenekler:
-d|--hata ayıklama
ayrıntılı hata ayıklama mesajlarını terminale yazdır (standart hata)
-h|--yardım
bu yardım mesajını yazdırın ve çıkın
-v|--sürüm
sürüm numarasını yazdır ve çık
iLocus ayrıştırma:
-l|--delta: INT
aralık lokuslarını ayrıştırırken, gen lokuslarını genişletmek ve dahil etmek için aşağıdaki deltayı kullanın
potansiyel düzenleyici bölgeler; varsayılan 500
-s|--atlar
aralık lokuslarını numaralandırırken, açıklamasız (ve muhtemelen eksik) hariç tutun
dizinin her iki ucundaki iLoci
-e|--yalnızca
dizilerin açıklamasız uçlarında yalnızca tamamlanmamış iLocus parçalarını bildir
(tamamlayıcı --atlar)
-y|--atlayış
intergenik iLoci bildirme
İyileştirme seçenekleri:
-r|--rafine
varsayılan olarak genler, örtüşmeleri varsa aynı iLocus'ta gruplanır; 'iyileştirme'
modu, örtüşen genlerin daha ayrıntılı bir şekilde ele alınmasına izin verir
-c|--cd'ler
gen örtüşmesini belirlemek için UTR'ler yerine CDS'yi kullanın; 'iyileştirme' modu anlamına gelir
-m|--minörtüşme: INT
iki genin aynı grupta gruplanabilmesi için üst üste gelmesi gereken minimum nükleotid sayısı
iLocus; varsayılan 1
Çıkış seçenekleri:
-n|--adfmt: STR
yeni için varsayılan kimlik biçimini geçersiz kılmak için printf tarzı bir biçim dizesi sağlayın
oluşturulan lokus; loci ve 'iLocus%lu' için varsayılan 'locus%lu' (locus1, locus2, vb.)
(iLocus1, iLocus2, vb) aralık lokusları için; biçim dizesinin bir içermesi gerektiğini unutmayın
uzun bir işaretsiz tamsayı değeri ile doldurulacak tek %lu belirteci
-i|--iles: DOSYA
her intergenik iLocus'un uzunluklarına sahip bir dosya oluşturun
-g|--gen haritası: DOSYA
verilen yere karşılık gelen lokusa her gen ek açıklamasından bir eşleme yazdırın
dosya
-o|--dosya dışı: DOSYA
sonuçların yazılacağı dosyanın adı; varsayılan terminaldir (standart
çıktı)
-T|--tutarlar
giriş dosyalarından orijinal özellik kimliklerini saklayın; girdiyse çatışmalar ortaya çıkacaktır
yinelenen kimlik değerleri içeriyor
-t|--transmap: DOSYA
her transkript bilgi notundan ilgili lokusa bir eşleme yazdırın
verilen dosya
-V|--ayrıntılı
GFF3 çıkışındaki tüm lokus alt özelliklerini (genler, RNA'lar, vb.) dahil edin; varsayılan
yalnızca konum özelliklerini içerir
Giriş seçenekleri:
-f|--filtre: TYPE
loci/iLoci oluştururken kullanılacak özellik türlerinin virgülle ayrılmış listesi; varsayılan
'gen'
-p|--ebeveyn: CT:PT
$CT türünde bir özellik ebeveyn olmadan mevcutsa, bu özellik için bir ebeveyn oluşturun
$PT tipi ile; örneğin, mRNA:gene ebeveyn olarak bir gen özelliği yaratacaktır.
herhangi bir üst düzey mRNA özelliği; bu seçenek birden çok kez belirtilebilir
-u|--sözde
yanlış etiketlenmiş psödogenleri düzeltin
onworks.net hizmetlerini kullanarak locuspocus'u çevrimiçi kullanın
