Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen macs2_filterdup komutudur.
Program:
ADI
macs2_filterdup - ChIP Sıralaması için Model Tabanlı Analiz
AÇIKLAMA
kullanım: macs2 filterdup [-h] -i IFLE [IFILE ...]
[-f {OTOMATİK,BAM,SAM,YATAK,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,PAPYON}]
[-g GSIZE] [-s TSIZE] [-p PVALUE] [--keep-dup TUTARLAR] [--verbose VERBOSE]
[--outdir OUTDIR] [-o ÇIKTI DOSYASI] [-d]
isteğe bağlı argümanlar:
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
-i IFLE [IFILE ...], --ifile IFLE [IFILE ...]
ChIP-seq hizalama dosyası. Birden fazla dosya '-t AB C' olarak verilirse, bunlar
hepsi okunmalı ve birleştirilmelidir. Çift uçlu verilerin bununla çalışması gerekmediğini unutmayın.
emretmek. GEREKLİDİR.
-f {AUTO,BAM,SAM,YATAK,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,PAPYON}, --biçim
{AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE}
Etiket dosyasının formatı, "AUTO", "BED" veya "ELAND" veya "ELANDMULTI" veya "ELANDEXPORT" veya
"SAM" veya "BAM" veya "PAY". Varsayılan AUTO seçeneği 'macs2 filterdup'a izin verir
dosyanın hangi formatta olduğuna karar verin. Lütfen aşağıdaki durumlarda README dosyasındaki tanımı kontrol edin.
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE'yi seçin. VARSAYILAN: "OTOMATİK"
-g GSIZE, --gsize GBOYUTU
Etkili genom boyutu. 1.0e+9 veya 1000000000 olabilir veya insan için kısayollar:'hs' olabilir
(2.7e9), fare için 'mm' (1.87e9), C. elegans (9e7) için 'ce' ve meyve sineği için 'dm'
(1.2e8), VARSAYILAN:hs
-s BOYUT, --tsize TBOYUT
Etiket boyutu. Bu, otomatik olarak algılanan etiket boyutunu geçersiz kılar. VARSAYILAN: Ayarlanmadı
-p DEĞER, --pdeğeri DEĞER
Binom dağılımı testi için P değeri kesme. VARSAYILAN:1e-5
--düzeltmeyi sürdür TAKİPÇİLER
'macs2 filterdup' davranışını yinelenen etiketlere/çiftlere karşı kontrol eder.
tam olarak aynı yer -- aynı koordinasyon ve aynı ip. 'otomatik' seçeneği
'macs2 filterdup'ın aynı konumdaki maksimum etiketleri temel alarak hesaplamasını sağlar
verilen kullanarak binom dağılımı üzerinde -p pdeğer kesmesi olarak; ve 'tümü' seçeneği tutar
her etiket (yalnızca biçimleri dönüştürmek istiyorsanız kullanışlıdır). Bir tamsayı verilirse,
bu sayıdaki etiketlerin çoğu aynı yerde tutulacaktır. Not, MACS2 çağrı tepe noktası
işlevi, varsayılan olarak KESMELER=1'i kullanır. Not, samtools veya picard kullandıysanız
bit 1024'te kopyaları işaretlemek için MACS2, nasıl ayarlamış olursanız olun bunları atacaktır
TAKİPÇİLER. Varsayılan: otomatik
--ayrıntılı AYRINTILI
Ayrıntılı seviyeyi ayarlayın. 0: sadece kritik mesajı göster, 1: ek uyarı göster
mesaj, 2: işlem bilgilerini göster, 3: hata ayıklama mesajlarını göster. Eğer bilmek istiyorsan
yinelenen okumalar nerede, 3'ü kullanın. VARSAYILAN:2
--outdir OUTDIR
Belirtilirse tüm çıktı dosyaları o dizine yazılacaktır. varsayılan:
geçerli çalışma dizini
-o ÇIKTI DOSYASI, --dosya ÇIKTI DOSYASI
Çıktı BED dosya adı. Belirtilmezse, standart çıktıya yazacaktır. VARSAYILAN:
stdout'u
-d, --kuru çalışma
Ayarlandığında, filterdup çıktı dosyaları yazmak yerine yalnızca sayıları çıkaracaktır,
izin verilen maksimum kopyalar dahil, filtrelemeden önceki toplam okuma sayısı,
filtrelemeden sonra toplam okuma sayısı ve fazlalık oranı. Varsayılan: ayarlanmadı
onworks.net hizmetlerini kullanarak macs2_filterdup'ı çevrimiçi kullanın
