Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen masai_mapper komutudur.
Program:
ADI
masai_mapper - Masai Eşleştiricisi
SİNOPSİS
masai_mapper [SEÇENEKLER]
TANIM
Masai, yaklaşık tohumlara ve çoklu verilere dayalı hızlı ve doğru bir okuma eşleyicisidir.
geri izleme.
Yerimizi http://www.seqan.de/projects/masai daha fazla bilgi için.
(c) Telif hakkı 2011-2012, Enrico Siragusa'ya aittir.
-h, --yardım et
Bu yardım mesajını görüntüler.
--versiyon
Sürüm bilgilerini görüntüleme
Eşleme Seçenekleri:
-mm, --mapping-modu STR
Eşleme modunu seçin. Hepsinden biri, en iyisi ve en iyisi. Varsayılan: en iyi.
-mb, --haritalama bloğu NUM
Bir kerede eşlenecek maksimum okuma sayısı. [10000..inf] aralığında. Varsayılan:
2147483647
-e, --hatalar NUM
Okuma başına maksimum hata sayısı. [0..32] aralığında. Varsayılan: 5.
-sl, --tohum uzunluğu NUM
Minimum tohum uzunluğu. [10..100] aralığında. Varsayılan: 33.
-ng, --boşluk yok
Okumaları boşluklarla hizalamayın.
Genom İndeksi Seçenekleri:
-x, --index STR
Genom dizin türünü seçin. esa, sa, qgram ve fm'den biri. Varsayılan: sa.
-xp, --index öneki STR
Bir genom dizini önek adı belirtin. Varsayılan: genom dosya adı önekini kullanın.
Çıkış Seçenekleri:
-o, --çıktı dosyası DOSYA
Bir çıktı dosyası belirtin. Varsayılan: okunan dosya adı önekini kullanın. Geçerli dosya türleri
şunlardır: ham ve sam.
-nc, --sigarasız
CIGAR dizisi çıktısı vermeyin. Bu yalnızca SAM çıktısını etkiler.
Hata Ayıklama Seçenekleri:
-nv, --hayır-doğrulama
Tohum isabetlerini doğrulamayın.
-ve, --yok-döküm
Sonuçları çöpe atmayın.
-nm, --no-çoklu
Çoklu geri izlemeyi devre dışı bırakın.
VERSION
masai_mapper sürümü: 0.7.1 [14053] Son güncelleme 2013-05-16
onworks.net hizmetlerini kullanarak masai_mapper'ı çevrimiçi kullanın
