Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut eşleştiricidir.
Program:
ADI
eşleştirici - İki dizinin Waterman-Eggert yerel hizalaması
SİNOPSİS
eşleştirici -bir dizi dizi -sonraki dizi [-veri dosyası matris] [-alternatifler tamsayı]
[-gapopen tamsayı] [-boşluk genişletmek tamsayı] -outfile hizalamak
eşleştirici -Yardım
TANIM
eşleştirici EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Hizalama:Yerel" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
Giriş Bölüm
-bir dizi dizi
-sonraki dizi
-veri dosyası matris
Bu, dizileri karşılaştırırken kullanılan puanlama matrisi dosyasıdır. Varsayılan olarak
'EBLOSUM62' dosyası (proteinler için) veya 'EDNAFULL' dosyası (nükleik diziler için). Bunlar
dosyalar, EMBOSS kurulumunun 'data' dizininde bulunur.
Ek Bölüm
-alternatifler tamsayı
Bu, alternatif eşleşme çıktılarının sayısını ayarlar. Varsayılan olarak yalnızca en yüksek
puanlama hizalaması gösterilir. 2 değeri size diğer makul hizalamaları verir. İçinde
bazı durumlarda, örneğin cDNA'nın çok alanlı proteinleri ve genomik DNA karşılaştırmaları,
başka ilginç ve önemli hizalamalar olabilir. Varsayılan değer: 1
-gapopen tamsayı
Boşluk cezası, bir boşluk oluşturulduğunda alınan puandır. En iyi değer bağlıdır
karşılaştırma matrisi seçimi üzerine. Varsayılan değer olan 14, kullandığınızı varsayar.
Protein dizileri için EBLOSUM62 matrisi veya 16 değeri ve EDNAFULL matrisi için
nükleotid dizileri. Varsayılan değer: @($(acdprotein)? 14 : 16)
-boşluk genişletmek tamsayı
Boşluk uzunluğu veya boşluk uzantısı cezası, standart boşluk cezasına eklenir.
boşluktaki her baz veya kalıntı. Bu ne kadar uzun boşluklar cezalandırılır. Genellikle
birçok kısa boşluk yerine birkaç uzun boşluk bekleyin, bu nedenle boşluk uzatma cezası
boşluk cezasından daha düşük olmalıdır. Bir istisna, bir veya her iki dizinin
olası sıralama hatalarıyla tekli okumalar, bu durumda birçok
tek taban boşlukları. Bu sonucu boşluk cezasını sıfıra (veya çok
düşük) ve boşluk puanlamasını kontrol etmek için boşluk genişletme cezasının kullanılması. Varsayılan değer:
@($(acdprotein)? 4 : 4)
Çıktı Bölüm
-outfile hizalamak
onworks.net hizmetlerini kullanarak eşleştiriciyi çevrimiçi kullanın
