Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen mcmc_analysis komutudur.
Program:
ADI
mcmc_analysis - MCMC'nin Analizi
SİNOPSİS
mcmc_analiz [SEÇENEKLER] MCMC verileri ...
TANIM
Bu program, BEEP'teki programlardan bir veya birkaç dosyadan MCMC çıktısını okur.
paket. Her girdi dosyasında aynı sütunların bulunması önemlidir.
Girdi biçimi:
Biçimdeki MCMC yinelemelerinden çıktı
nerede
kayan nokta biçiminde olasılığın logaritmasıdır
alanları ayıran sekme boşluğudur
yinelemenin sıra sayısı için bir tamsayıdır
içeren noktalı virgülle ayrılmış alanların listesidir.
MCMC'nin parametreleri.
MCMC parametreleri dosyadaki ilk satıra göre yazılır ve adları verilir,
formatta olan
# L n [ ( )]+
İsimler benzersiz olmalı, ancak olmak zorunda değil. NS biridir
of
şamandıra
günlük şamandıra
tamsayı
ağaç
ortoloji çiftleri
ve satırların geri kalanının nasıl ayrıştırılıp analiz edileceğini çıkarmak için kullanılır.
Çıkış biçimi:
Parametrelerin sonsal tahminleriyle birlikte MCMC çalışması hakkında bir rapor.
SEÇENEKLER
-b [FLOAT|INT]
Girilecek girdinin yüzdesi (0 <= x <1) veya sayısı (x tam sayıdır >= 1)
yanma olarak atılır. Varsayılan: 0.1.
-p STRING
Adlandırılmış parametreyi çizin . Çıktı iki sütundur, yineleme numarası ve
parametrenin yinelemedeki değeri.
-i STRING
Adlandırılmış parametreyi yoksay. Sütun adları için MCMC çıktısındaki başlık satırına bakın. Sen
virgülle ayrılmış bir format kullanarak aynı anda birkaç sütunu adlandırabilir, (örneğin -i
Uzunluk, İsim). Sütun adları arasında boşluk bırakılamaz.
-t Analiz için çıktı LaTex.
-l Girdi dosyasındaki örneklerin sayısını sayın ve bildirin.
-mp NT Çizilecek maksimum nokta sayısı.
-sp Grafiklerdeki noktaları açıkça belirtin.
-koda R'deki CODA paketi için çıktı dosyası
-koda ağaçları
-coda ile aynıdır, ancak ağaç parametrelerini içerir. Her ağaç bir tamsayı kimliği olarak çıktılanır
(Zincirdeki ziyaret sırası, 1,2,...). Herhangi bir ağacı gizlemek için -i kullandığınızdan emin olun.
uzunlukları/zamanları/oranları içeren.
-P Paralel zincirler. Bu, birkaç (paralel) numune dosyasının listelendiği anlamına gelir.
URL
Prime-phylo ana sayfası: http://prime.sbc.su.se
onworks.net hizmetlerini kullanarak mcmc_analysis'i çevrimiçi kullanın
