megablast - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - Temel Yerel Hizalama Arama Aracı

SİNOPSİS

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "başlama durdurmak"] [-J "başlama durdurmak"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a Dosya] [-d N] [-e X] [-g F] -i Dosya
-j Dosya [-m] [-o Dosya] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

patlama2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "başlama durdurmak"]
[-J "başlama durdurmak"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i Dosya]
[-j Dosya] [-k str] [-m N] [-n] [-o Dosya] -p str [-q N] [-r N] [-S] [-T N] [-u]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

patlama [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L başla dur] [-M str] [-O Dosya] [-P N] [-Q N] [-R Dosya] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i Dosya]
[-l str] [-m N] [-n] [-o Dosya] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_old [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L başla dur] [-M str] [-O Dosya] [-P N] [-Q N] [-R Dosya] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i Dosya] [-l str]
[-m N] [-n] [-o Dosya] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

patlamacl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L başla dur]
[-M str] [-O Dosya] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i Dosya] [-m N] [-n] [-o Dosya] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

patlamapgp [-] [-A N] [-B Dosya] [-C Dosya] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O Dosya] [-P N] [-Q Dosya] [-R Dosya] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i Dosya] [-j N] [-k Dosya] [-l str] [-m N] [-o Dosya] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O Dosya] [-P Dosya]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i Dosya] [-j N] [-m N] [-o Dosya]
[-v N] [-y X] [-z N]

büyük patlama [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L başla dur] [-M N]
[-N N] [-O Dosya] [-P N] [-Q Dosya] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i Dosya] [-l str] [-m N] [-n]
[-o Dosya] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rps patlaması [-] [-F str] [-I] [-J] [-L başla dur] [-N X] [-O Dosya] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d Dosya [-e X] [-i Dosya] [-l Dosya] [-m N]
[-o Dosya] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

tohumluk [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O Dosya]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i Dosya] [-k Dosya] [-o Dosya] [-p str]
[-q N] [-r N]

TANIM

Bu kılavuz sayfası komutları kısaca belgelemektedir. bl2seq, blast, patlama, patlamacl3,
patlamapgp, impala, büyük patlama, rps patlaması, ve tohumluk. Bu komutlar belgelenmiştir
birlikte çünkü birçok ortak seçeneğe sahipler.

bl2seq blastn veya blastp kullanarak iki dizi arasında bir karşılaştırma yapar
algoritma. Her iki dizi de ya nükleotidler ya da proteinler olmalıdır.

patlama2 bir diziyi yerel bir veritabanıyla veya ikinci bir diziyle karşılaştırır; o
her ikisinin de işlevselliğinin çoğunu içerir bl2seq ve patlama, ancak yarı kullanır
deneysel yeni dahili motor.

patlama ve blastall_old bir dizi için yerel bir veritabanındaki en iyi eşleşmeleri bulun.
patlama daha yeni bir motor kullanıyor blastall_old varsayılan olarak, ancak eskileri kullanmayı destekler
motor da (seçenekle çağrıldığında -V F).

patlamacl3 en yeni NCBI BLAST arama motoruna (sürüm 2.0) erişir. arkasındaki yazılım
BLAST sürüm 2.0, BLAST'ın yeni zorlukların üstesinden gelmesine izin vermek için sıfırdan yazılmıştır.
önümüzdeki yıllarda dizi veritabanları tarafından ortaya konmuştur. Bu yazılıma yapılan güncellemeler
önümüzdeki yıllarda devam.

patlamapgp boşluklu blastp aramaları yapar ve yinelemeli aramalar yapmak için kullanılabilir
psi-blast ve phi-blast modu.

impala tarafından hazırlanan bir puan matrisleri veritabanını arar. kopya matı(1), BLAST benzeri üreten
çıktı.

büyük patlama Webb Miller ve arkadaşlarının açgözlü algoritmasını kullanır. nükleotid dizisi için
hizalama araması yapar ve veritabanını taramak için harcanan zamandan tasarruf etmek için birçok sorguyu birleştirir.
Bu program, bir sonucu olarak biraz farklı olan dizileri hizalamak için optimize edilmiştir.
sıralama veya diğer benzer "hatalar". Daha yaygın olandan 10 kata kadar daha hızlıdır
dizi benzerlik programları ve bu nedenle iki büyük seti hızlı bir şekilde karşılaştırmak için kullanılabilir
birbirine karşı diziler.

rps patlaması (Ters PSI-BLAST), bir profil veritabanına karşı bir sorgu dizisi arar.
Bu, bir dizi veritabanına karşı bir profil arayan PSI-BLAST'ın tersidir,
dolayısıyla 'Ters'. rps patlaması BLAST benzeri bir algoritma kullanır, tek veya çift kelime bulur
isabetleri ve ardından bu aday eşleşmelerde açılmamış bir uzantı gerçekleştirme. Eğer bir
yeterince yüksek puanlı boşluksuz hizalama üretilir, boşluklu bir uzatma gerçekleştirilir
ve yeterince düşük beklenti değerine sahip (boşluklu) hizalamalar rapor edilir. Bu
prosedür, arasında bir Smith-Waterman hesaplaması yapan IMPALA'nın aksinedir.
eşleşmeleri belirlemek için kelime vuruşlu bir yaklaşım kullanmak yerine, sorgu ve her profil
uzatılmalıdır.

tohumluk nispeten basit iki soruyu yanıtlar:
1. Bir dizi ve bir dizi veri tabanı verildiğinde, dizide hangi modellerin meydana geldiği
ve burada?
2. Verilen bir model ve dizi veri tabanı, dizilerin modeli ve
Nerede?

Bu komutlardan bazıları, aşağıdakiler tarafından yönetilen çoklu karşılaştırma türlerini destekler. -p
("program") bayrağı:

blastp, bir amino asit sorgu dizisini bir protein dizisi veritabanıyla karşılaştırır.

blastn, bir nükleotid sorgu dizisini bir nükleotid dizisi veritabanıyla karşılaştırır.

blastx, bir nükleotid sorgusunun altı çerçeveli kavramsal çeviri ürünlerini karşılaştırır
dizi (her iki iplik) bir protein dizisi veritabanına karşı. İçin bl2seq,
nükleotid verilen ilk dizi olmalıdır.

psitblastn, bir protein sorgu dizisini bir nükleotid dizisi veritabanıyla karşılaştırır
kullanılarak altı okuma çerçevesinin tamamında (her iki dizide) dinamik olarak çevrilmiştir.
PSI-BLAST tarafından oluşturulan konuma özgü matris.

tblastn, bir protein sorgu dizisini bir nükleotid dizisi veritabanıyla karşılaştırır
altı okuma çerçevesinin tamamında (her iki dizide) dinamik olarak çevrilmiştir. İçin bl2seq,
nükleotid verilen ikinci dizi olmalıdır.

tblastx, bir nükleotid sorgu dizisinin altı çerçeveli çevirilerini
bir nükleotid dizi veri tabanının altı çerçeveli çevirileri.

SEÇENEKLER

Seçeneklerin bir özeti aşağıda yer almaktadır.

- Kullanım mesajını yazdır

-A (bl2seq)
Accession.version biçimindeki giriş dizileri

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Çoklu Hit pencere boyutu; genellikle varsayılan olarak 0'dır (tek isabetli uzantılar için), ancak
bitişik olmayan şablonlar kullanılırken varsayılan olarak 40'tır.

-B N (patlama2)
Anında çıktı üretin:
0 yok (varsayılan)
1 ofset ve kalite değerleri tablosu
2 sıra verisi ekleyin
3 metin ASN.1
4 ikili ASN.1

-B N (patlama, patlama_eski)
blastn veya tblastn modunda birleştirilmiş sorgu sayısı

-B Dosya (patlama)
PSI-BLAST Yeniden Başlatma için Giriş Hizalama Dosyası

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
blastp veya tblastn için kompozisyon tabanlı istatistikleri kullanın:
T, t, D veya d
Varsayılan (eşdeğer 1 için patlama2 ve blastall_old ve 2 için patlama
ve patlamacl3)
0, F veya f
Kompozisyona dayalı istatistik yok
1 Kompozisyona dayalı istatistikler NAR 29:2994-3005, 2001
2 Kompozisyona dayalı puan ayarlaması Biyoinformatik 21:902-911, 2005,
dizi özelliklerine bağlı
3 Kompozisyona dayalı puan ayarlaması Biyoinformatik 21:902-911, 2005,
kayıtsız şartsız
blastall, blastall_old veya blastcl3'te istatistikleri etkinleştirirken (yani, patlama değil2),
ekleme u (büyük/küçük harfe duyarsız) moda, birleşik p değerlerinin kullanılmasını sağlar
sadece 1. turda hizalama ve bileşimsel p değerlerinin birleştirilmesi.

-C Dosya (patlama)
PSI-BLAST Kontrol Noktası için Çıktı Dosyası

-C N (tohumluk)
Yalnızca puan verin veya almayın (varsayılan = 1)

-D N (bl2seq)
Çıkış biçimi:
0 geleneksel (varsayılan)
1 tablo

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Veritabanındaki dizileri genetik koda göre çevirin N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (varsayılan 1'dir; yalnızca tblast* için geçerlidir)

-D N (megapatlama)
Çıkış türü:
0 hizalama uç noktaları ve puan
1 tüm kapatılmamış segment uç noktaları
2 geleneksel BLAST çıkışı (varsayılan)
3 sekmeyle ayrılmış tek satır biçimi
4 artımlı metin ASN.1
5 artımlı ikili ASN.1

-D N (tohumluk)
Hizalama için maliyet düşüşü (varsayılan = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Boşluk maliyetlerinin genişletilmesi N (-1 varsayılan davranışı çağırır)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
Boşluk maliyetlerinin genişletilmesi N (-1 varsayılan davranışı başlatır: açgözlüyse yakın olmayan, 2
aksi halde)

-E N (blastpgp, impala, tohumluk)
Boşluk maliyetlerinin genişletilmesi N (varsayılan 1'dir)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) DUST veya SEG için filtre seçenekleri; varsayılan
T bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 ve megablast için ve F için
blastpgp, impala ve rpsblast.

-F (tohumluk)
SEG ile filtre dizisi.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Boşluk açma maliyetleri N (-1 varsayılan davranışı çağırır)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
Boşluk açma maliyetleri N (-1 varsayılan davranışı başlatır: açgözlüyse yakın değil,
dinamik programlama kullanarak)

-G N (blastpgp, impala, tohumluk)
Boşluk açma maliyetleri N (varsayılan 11'dir)

-H (patlama2)
HTML çıktısı üret

-H N (patlama)
Sorguda gerekli bölgenin sonu (-1, sorgunun sonunu gösterir)

-H (impala)
Yazdırma yardımı (kullanım mesajından farklı)

-H N (megapatlama)
Veritabanı dizisi başına kaydedilecek maksimum HSP sayısı (varsayılan 0, sınırsızdır)

-I "başlama durdurmak" (bl2seq, patlama2)
İlk (sorgu) sırasındaki konum (yalnızca dosya şu şekilde belirtilmişse geçerlidir: -i içeren
tek sıra)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) GI'leri tanımlarda göster

-J "başlama durdurmak" (bl2seq, patlama2)
İkinci (konu) dizisindeki konum (yalnızca -j
tek bir dizi içerir)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Sorgu tanımlamasına inan

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Bir bölgeden tutulacak en iyi isabet sayısı. Varsayılan olarak kapalı. 100 değeri kullanılırsa
tavsiye edilir. çok yüksek değerler -v or -b ayrıca önerilmiştir.

-K N (tohumluk)
Dahili isabet arabelleği boyutu çarpanı (wrt sorgu uzunluğu; varsayılan = 2)

-L (patlama2)
Genişliği 12 olan (klasik Mega BLAST) arama tablosunu kullanın

-L başla dur (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Sorgu sırasındaki konum (rpsblast için, yalnızca blastp modunda geçerlidir)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Matris kullan str (varsayılan = BLOSUM62)

-M N (megapatlama)
Tek bir arama için maksimum toplam sorgu uzunluğu (varsayılan = 5000000)

-N (patlama2)
Tablo çıktısında yalnızca dizi kimlikleri için erişimleri göster

-N X (patlamapgp, rpspatlama)
Boşluğu tetikleyecek bit sayısı (varsayılan = 22.0)

-N N (megapatlama)
Bitişik olmayan bir kelime şablonunun türü:
0 kodlama (varsayılan)
1 ideal
2 iki eşzamanlı

-O Dosya (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Yazma (ASN.1) dizi hizalamaları
için Dosya; yalnızca blastpgp, impala, rpsblast ve seedtop için geçerlidir. -J, ve
sadece megablast için geçerlidir -D2.

-P X (patlama2)
Kimlik yüzdesi kesme

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Tek vuruş modu için 1'e veya çoklu vuruş modu için 0'a ayarlayın (varsayılan). geçerli değil
blastn'a.

-P Dosya (impala)
Veritabanından matris profillerini okuyun Dosya

-P N (megapatlama)
Bir karma değer için maksimum konum sayısı (yok saymak için 0 [varsayılan] olarak ayarlayın)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Sorguyu genetik koda göre çevir N /usr/share/ncbi/data/gc.prt içinde (varsayılan
1)

-Q Dosya (patlama)
ASCII'de PSI-BLAST Matrix için Çıktı Dosyası

-Q Dosya (megapatlama)
Maskelenmiş sorgu çıktısı; gereklilikler -D 2

-R (patlama2)
Yerel olarak optimal Smith-Waterman hizalamalarını hesaplayın. (Bu seçenek yalnızca
boşluklu tblastn için.)

-R Dosya (patlama, patlama_eski)
PSI-TBLASTN kontrol noktası dosyasını okuyun Dosya

-R (patlamacl3)
RPS Patlama araması

-R Dosya (patlama)
PSI-BLAST Yeniden Başlatma için Giriş Dosyası

-R (megapatlama)
Çıktının sonunda günlük bilgilerini rapor edin

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) blastn, blastx, tblastx için veritabanında arama yapmak için sorgu dizileri:
1 top
2 alt
3 her ikisi (varsayılan)

-S N (patlama)
Sorguda gerekli bölgenin başlangıcı (varsayılan = 1)

-S N (tohumluk)
Kesinti maliyeti (varsayılan = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) HTML çıktısı üret

-T N (patlama2)
Bitişik olmayan bir kelime şablonunun türü:
0 kodlama (varsayılan)
1 ideal
2 iki eşzamanlı

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Sorgu dizisi için küçük harf filtreleme kullanın

-V (bl2seq, patlama, mega patlama)
Eski motorun kullanımını zorla

-V (patlama2)
Veritabanı taraması için değişken kelime boyutu yaklaşımını kullanın

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Boyutlu kelimeler kullanın N (en iyi mükemmel eşleşmenin uzunluğu;
sıfır, varsayılan olarak 28 olan megablast dışında varsayılan davranışı çağırır ve
blastpgp, varsayılan olarak 3'tür. Diğer komutlar için varsayılan değerler,
"program": blastn için 11, megablast için 28 ve diğer her şey için 3.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Aralıklı hizalama için X bırakma değeri (içinde
bit) (sıfır, varsayılan davranışı 20'ye ayarlayan megablast hariç, varsayılan davranışı çağırır,
ve varsayılan olarak 15 olan rpsblast ve seedtop. Diğeri için varsayılan değerler
komutlar "program"a göre değişir: blastn için 30, megablast için 20, tblastx için 0 ve
Diğer her şey için 15.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Arama alanının etkin uzunluğu (sıfır için
gerçek boyut)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) Nihai [dinamik programlama?] için X bırakma değeri boşluklu
bit olarak hizalama (blastn ve megablast için varsayılan 100, tblastx için 0, için 25
diğerleri)

-a Dosya (bl2seq)
Metin ASN.1 çıktısını şuraya yaz: Dosya

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Kullanılacak iş parçacığı sayısı (varsayılan birdir)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) için hizalamaları gösterecek veritabanı dizilerinin sayısı
(B) (varsayılan 250'dir)

-c (patlama2)
Maske küçük harf

-c N (impala)
Çoklu geçiş versiyonu için sözde sayımlarda sabit; 0 (varsayılan) entropi yöntemini kullanır;
aksi takdirde 30'a yakın bir değer önerilir

-c N (impala)
Çoklu geçiş sürümü için sözde sayımlarda sabit (varsayılan 10'dur)

-d N (bl2seq)
teorik DB boyutunu kullanın N (sıfır gerçek boyut anlamına gelir)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Kullanılacak veritabanı (tüm yürütülebilir dosyalar için varsayılan değer nr'dir)
bu ayarlanmazsa ikinci bir FASTA dizisi gerektiren blast2 hariç)

-d Dosya (rps patlaması)
RPS BLAST Veritabanı

-e X Beklenti değeri (E) (varsayılan = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Genişletilmiş isabetler için eşik, sıfır ise varsayılan: blastn ve megablast için 0, için 11
blastp, blastx için 12 ve tblasn ve tblastx için 13.

-f N (patlama)
Uzatma vuruşları için eşik (varsayılan 11)

-f (megapatlama)
Çıktıda tam kimlikleri göster (varsayılan: yalnızca GI'ler veya erişimler)

-f (tohumluk)
Çok olası olsalar bile kalıpları aramaya zorla

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
Boşluklu hizalama gerçekleştirmeyin (tblastx için Yok)

-g (patlama2)
Boşluklu uzantılar için açgözlü algoritma kullanın

-g F (megapatlama)
Veritabanının her tabanı için bitişik olmayan megablastların kelimeler üretmesini sağlayın
(mevcut BLAST motoruyla zorunlu)

-h N (patlama2)
Çerçeve dışı boşluk için çerçeve kaydırma cezası (blastx, yalnızca tblastn; varsayılan
sıfır)

-h X (blastpgp, impala)
çok geçişli modele dahil edilmek için e-değer eşiği (varsayılan = blastpgp için 0.002,
impala için 0.005)

-i Dosya
Okuma (ilk, sorgu) dizisi veya şuradan ayarlayın: Dosya (varsayılan stdin'dir;
blastpgp, skormattan yeniden başlatılıyorsa)

-j Dosya (bl2seq, patlama2)
İkinci (konu) dizisini oku veya şuradan ayarla Dosya

-j N (patlama)
Çoklu geçiş sürümünde kullanılacak maksimum geçiş sayısı (varsayılan = 1)

-k str (patlama2)
PHI-BLAST için Desen

-k Dosya (blastpgp, tohumluk)
PHI-BLAST için isabet dosyası girin (varsayılan = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
Veritabanı aramasını GI'nin [String] listesiyle sınırla

-l Dosya (rps patlaması)
İletileri günlüğe kaydet Dosya standart hata yerine

-m (bl2seq)
Arama için Mega Blast'ı kullanın

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) hizalama görünümü seçenekleri:
0 ikili (varsayılan)
1 sorgu bağlantılı gösteren kimlikler
2 sorgu bağlantılı, kimlik yok
3 düz sorgu bağlantılı, kimlikleri göster
4 düz sorgu bağlantılı, kimlik yok
5 sorgu bağlantılı, kimliksiz ve keskin olmayan uçlar
6 düz sorgu bağlantılı, kimliksiz ve kör uçlar
7 XML Blast çıktısı (impala için mevcut değil)
8 tablo (impala için mevcut değil)
Yorum satırlı 9 tablo (impala için mevcut değil)
10 ASN.1 metni (impala veya rpsblast için mevcut değildir)
11 ASN.1 ikili (impala veya rpsblast için mevcut değildir)

-n (patlama2)
GI'leri dizi kimliklerinde göster

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
MegaBlast arama

-n (megapatlama)
Afin boşluk puanları için açgözlü olmayan (dinamik programlama) uzantısını kullanın

-o Dosya
Nihai uyum raporunu şu adrese yazın: Dosya stdout yerine

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
"Programı" kullanın (karşılaştırma türü) str. TANIM bölüm bunu kapsar
seçeneği daha ayrıntılı olarak.

-p str (patlama)
PHI-BLAST için program seçeneği (varsayılan = blastpgp)

-p X (megapatlama)
Kimlik yüzdesi kesme (varsayılan = 0)

-p F (rps patlaması)
Sorgu dizisi protein değil nükleotiddir

-p str (tohumluk)
program adı:
patmatchp, bir dizide hangi modellerin meydana geldiğini gösterir
patternp, hangi dizilerin bir model içerdiğini gösterir

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Nükleotid uyuşmazlığı cezası (yalnızca blastn) (varsayılan = -10
tohumluk için, -3 diğer her şey için)

-q N (patlama)
ASN.1 Scoremat kontrol noktası verilerinin girişi:
0 puan girişi yok (varsayılan)
1 ASCII scoremat kontrol noktası dosyasından yeniden başlatma
2 ikili scoremat kontrol noktası dosyasından yeniden başlatma

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Bir nükleotid eşleşmesi için ödül (yalnızca blastn) (varsayılan = 10
tohumluk, -10 diğer her şey için)

-s (patlama2)
No-op (önceden veritabanının her tabanı için kelime oluşturma talep edildi)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Yerel olarak optimal Smith-Waterman hizalamalarını hesaplayın. Blastall için, blastall_old ve
blastcl3, bu yalnızca boşluklu tblastn modunda kullanılabilir.

-s N (megapatlama)
Raporlanacak minimum isabet puanı (varsayılan davranış için 0)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Bitişik olmayan bir kelime şablonunun uzunluğu (çevrilmiş bir metinde izin verilen en büyük intron
birden fazla farklı atamayı bağlarken nükleotid dizisi; varsayılan = 0;
negatif değerler blastall, blastall_old ve blastcl3 için bağlantıyı devre dışı bırakır.)

-t N[u] (patlatma)
Kompozisyona dayalı puan ayarı. İlk karakter şu şekilde yorumlanır:
0, F veya f
kompozisyon tabanlı istatistik yok
1 kompozisyon tabanlı istatistikler NAR 29:2994-3005, 2001
2, T veya t
olduğu gibi kompozisyona dayalı puan ayarlaması Biyoinformatik 21:902-911, 2005,
1. turda sıra özelliklerine göre koşullandırılmış (varsayılan)
3 kompozisyona dayalı puan ayarlaması Biyoinformatik 21:902-911, 2005,
koşulsuz 1. turda

Kompozisyona dayalı istatistikler kullanımdayken, ekleme u (büyük/küçük harfe duyarsız)
argüman, hizalama p-değerini ve bileşimsel p-'yi birleştiren birleşik p-değeri ister
sadece 1. turdaki değer.

-t N (megapatlama)
Bitişik olmayan bir kelime şablonunun uzunluğu (0 [varsayılan] ise bitişik kelime)

-u (patlama2)
Yalnızca kapatılmamış hizalama yapın (tblastx için her zaman DOĞRU)

-u str (patlamacl3)
Veritabanı aramasını Entrez2 arama sonuçlarıyla sınırlayın

-u N (patlama)
ASN.1 Kontrol noktası verilerinin Scoremat çıktısı:
0 puanlı çıktı yok (varsayılan)
1 çıktı ASCII scoremat kontrol noktası dosyası (gerektirir -J)
2 çıkışlı ikili scoremat kontrol noktası dosyası (gerektirir -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Gösterilecek tek satırlık açıklama sayısı (V) (varsayılan =
500)

-w N (patlama2)
Pencere boyutu (bir çift ilk vuruş arasında izin verilen maksimum mesafe; 0 çağrı
varsayılan davranış, -1 birden çok isabeti kapatır)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
Çerçeve kaydırma cezası (blastx için OOF algoritması)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) Bit cinsinden kapatılmamış uzantılar için X bırakma (0.0 varsayılanı çağırır)
davranış: blastn için 20, megablast için 10 ve diğerleri için 7.)

-y N (megapatlama)
Kapatılmamış uzantı için X bırakma değeri (varsayılan 10'dur)

-z N (patlama2)
Düzensiz boşluk HSP bağlantısı için en uzun intron uzunluğu (yalnızca tblastn; varsayılan 0'dır)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Veritabanının etkin uzunluğu (gerçek boyut için sıfır kullanın)

onworks.net hizmetlerini kullanarak megablast'ı çevrimiçi kullanın