Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen mfa2xmfa komutudur.
Program:
ADI
addUnalignedIntervals - mauveAligner paketinin bir parçası
hizalamaProjektörü - mauveAligner paketinin bir parçası
backbone_global_to_local - mauveAligner paketinin bir parçası
bbAnalyze - mauveAligner paketinin bir parçası
createBackboneMFA - mauveAligner paketinin bir parçası
getAlignmentWindows - mauveAligner paketinin bir parçası
getOrthologList - mauveAligner paketinin bir parçası
makeBadgerMatrix - mauveAligner paketinin bir parçası
mauveToXMFA - mauveAligner paketinin bir parçası
mfa2xmfa - mauveAligner paketinin bir parçası
projectAndStrip - mauveAligner paketinin bir parçası
randomGeneSample - mauveAligner paketinin bir parçası
skorAlignment - mauveAligner paketinin bir parçası
stripGapColumns - mauveAligner paketinin bir parçası
stripSubsetLCBs - mauveAligner paketinin bir parçası
toGrimmFormat - mauveAligner paketinin bir parçası
toMultiFastA - mauveAligner paketinin bir parçası
toRawSequence - mauveAligner paketinin bir parçası
uniqueMerCount - mauveAligner paketinin bir parçası
uniquifyTrees - mauveAligner paketinin bir parçası
xmfa2maf - mauveAligner paketinin bir parçası
TANIM
Bu araçlar mauveAligner paketine aittir. Açıkça belgelenmemişler, ancak
burada tekrarlanan bir özet satırı yazdırıyorlar.
Ekleme HizalanmamışAralıklar aralık dosya> <çıkış aralık dosya>
hizalamaProjektör xmfa> <çıkış xmfa> <mfa seq giriş> <mfa seq çıktı> <liste of
diziler için Dahil etmek, başlangıç at 0>
backbone_global_to_local <xmfa dosya> <omurga dosya> <çıkış dosya>
bbAnaliz et <xmfa dosya> <rehber ağaç> <omurga diziler dosya> <omurga col dosya> <açıklamalı
seq dizin> <çıkış dosya>
açıklamalı dizi dizini 0'dan başlar.
oluşturmakOmurgaMFA aralık dosya> <çıkış MFA isim>
HizalamaWindows'u al <XMFA hizalama> <pencere uzunluk> <pencere çalışma miktar> <temel çıktı
dosya adı>
getOrtologList getOrtologList xmfa> <omurga seq dosya> <referans genom> <CDS
ortologtur dosya adı> <CDS hiza baz isim>
makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <çıkış porsuk dosya> <LCB koordinat dosya>
leylak rengiXMFA leylak rengiXMFA <Leylak rengi hiza giriş> <XMFA çıktı>
mfa2xmfa <MFA hiza giriş> <XMFA hiza çıktı> [Hizalanmamış HızlıA çıktı]
proje ve şerit xmfa> <çıkış xmfa> ...
Sayısal dizi tanımlayıcıları 0'dan başlar.
rastgeleGenÖrnek xmfa> <omurga seq dosya> <örnek genom> <sayı of genler>
<çıkış baz isim> [rastgele tohum]
puanHizalama <doğru hizalama> <hesaplanmış hizalama> [gelişmiş dizi dosya] [cüret]
stripGapSütunlar XMFA> <çıkış XMFA>
stripSubsetLCB'ler xmfa> bbcol'ler> <çıkış xmfa> [dk LCB boyut] [dk genomlar]
[rastgele alt örnek için X kb]
toGrimmFormat'a <Leylak rengi Hizalama> <genom 1 chr uzunluklar>... N chr uzunluklar>
MultiFastA'ya aralık dosya> <çıkış baz isim>
Ham Sıraya sıra> <çıkış dosya>
benzersizMerCount <Sıralı Mer Liste>
uniquifyAğaçlar <bağlantı noktası giriş dosya> <bağlantı noktası çıktı dosya>
Girdi dosyasındaki tüm ağaçlar aynı sayıda taksona ve aynı taksona sahip olmalıdır.
etiketler
xmfa2maf <xmfa giriş> <maf çıktı>
onworks.net hizmetlerini kullanarak mfa2xmfa'yı çevrimiçi kullanın
