mkdssp - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

mkdssp - Bir PDB dosyasındaki proteinler için ikincil yapıyı hesaplayın

SİNOPSİS

mkdssp [SEÇENEK] pdb dosyası [dssp dosyası]

TANIM

The mkdssp program orijinal olarak Wolfgang Kabsch ve Chris Sander tarafından tasarlanmıştır.
ikincil yapı atamasını standartlaştırın. DSSP, ikincil yapının bir veritabanıdır
Protein Veri Bankasındaki (PDB) tüm protein girişleri için atamalar (ve çok daha fazlası) ve
mkdssp PDB girişlerinden DSSP girişlerini hesaplayan uygulamadır. lütfen aklınızda bulundurun
o mkdssp yok değil tahmin ikincil yapı.

SEÇENEKLER

eğer çağırırsan mkdssp sadece bir parametre ile, PDB dosyası olarak yorumlanacaktır.
işlem ve çıktı stdout'a gönderilecek. İkinci bir parametre belirtilirse, bu
oluşturulacak DSSP dosyasının adı olarak yorumlanır. Hem girdi hem de çıktı dosyası
adlar, uygun sıkıştırmayla sonuçlanan uzantı olarak .gz veya .bz2'ye sahip olabilir.

-i, --giriş Dosya
dosya adı bir PDB protein yapı verilerini içeren biçimlendirilmiş dosya. Bu
dosya, gzip veya bzip2 tarafından sıkıştırılmış bir dosya olabilir.

-o, --çıktı Dosya
dosya adı bir DSSP oluşturulacak dosya. Dosya adı .gz veya .bz2 ile bitiyorsa a
sıkıştırılmış dosya oluşturulur.

-v, --ayrıntılı
Teşhis bilgilerini yazın.

--versiyon
Sürüm numarasını yazdırın ve çıkın.

-h, --yardım et
Yardım mesajını yazdırın ve çıkın. için ayrıştırıcı komut dosyalarını içeren dizin
Bayan.

TEORİSİ

DSSP programı, verilen en olası ikincil yapı atamasını hesaplayarak çalışır.
bir proteinin 3 boyutlu yapısı. Bunu, atomların konumlarını okuyarak yapar.
protein (bir PDB dosyasındaki ATOM kayıtları), ardından H-bağ enerjisinin hesaplanması
tüm atomlar arasında. Her atom için en iyi iki H bağı daha sonra en çok olanı belirlemek için kullanılır.
proteindeki her kalıntı için olası ikincil yapı sınıfı.

Bu, bir proteinin tam ve geçerli bir 3B yapıya sahip olması gerektiği anlamına gelir.
ikincil yapıyı hesaplayın. DSSP'de sihir yoktur, bu nedenle örneğin
3D yapısına sahip olmadığınız mutasyona uğramış bir protein için ikincil yapı.

DSSP DOSYA FORMAT

Her DSSP dosyasının başlık kısmı kendi kendini açıklar, bazı bilgileri içerir.
PDB dosyasından kopyalanır ve hesaplanırken toplanan bazı istatistikler vardır.
ikincil yapı.

Dosyanın ikinci yarısı, dosya başına hesaplanan ikincil yapı bilgilerini içerir.
kalıntı. Aşağıda her sütun için kısa bir açıklama yer almaktadır.

Sütun Name Açıklama
──────────────────────────────────────────── ─────────────────────────────────────
# mkdssp tarafından sayılan kalıntı sayısı
RESIDUE PDB dosyası tarafından belirtilen kalıntı numarası
ardından bir zincir tanımlayıcısı gelir.

AA Amino asit için tek harfli kod. Eğer bu
harf küçük harftir, bu, bunun bir olduğu anlamına gelir
ile bir kükürt köprüsü oluşturan sistein
bu sütundaki diğer amino asit ile aynı
küçük harf.
YAPI Bu, birden çok alt öğe içeren karmaşık bir sütundur.
sütunlar. İlk sütun bir harf içeriyor
atanan ikincil yapıyı gösteren
bu kalıntı. Geçerli değerler:
Kod Açıklama
H Alfa Sarmalı
B Beta Köprüsü
E İplik
G sarmalı-3
ben sarmal-5
T Dönüş
S viraj
Aşağıdakiler, şunu belirten üç sütundur:
üç sarmal tipinin her biri (3, 4 ve 5)
bu kalıntının şekillendirmede aday olup olmadığı
bu sarmal. A > karakter bir başladığını gösterir
sarmal, bir sayı böyle bir içinde olduğunu gösterir
sarmal ve bir < karakter, sarmalın bittiği anlamına gelir.
Bir sonraki sütun, aşağıdaki durumlarda bir S karakteri içerir:
kalıntı olası bir bükülmedir.
Sonra kiraliteyi gösteren bir sütun var
ve bu olumlu veya olumsuz olabilir
(yani alfa torsiyonu ya pozitiftir ya da
olumsuz).
Son iki sütun, beta köprüsü etiketleri içerir.
Buradaki küçük harf paralel köprü anlamına gelir ve dolayısıyla
büyük harf anti paralel anlamına gelir.
BP1 ve BP2 Birinci ve ikinci köprü çifti adayı, bu
levhayı belirten bir harf takip eder.
ACC Bu kalıntının erişilebilirliği, bu
Ångstrom karesiyle ifade edilen yüzey alanı
bir su molekülü tarafından erişilebilir.
NH-->O..O-->HN Dört sütun, her kalıntı için
H-bağ enerjisi, başka bir kalıntı ile
mevcut kalıntı ya alıcı ya da vericidir.
Her sütun iki sayı içerir, ilki
mevcut kalıntıdan bir ofset
bu H-bağındaki partner kalıntısı (DSSP'de
numaralandırma), ikinci sayı hesaplanan
Bu H bağı için enerji.
TCO C=O arasındaki açının kosinüsü
mevcut kalıntı ve önceki kalıntının C=O'su. İçin
alfa sarmalları, TCO, beta sayfaları için +1'e yakındır
Toplam sahip olma maliyeti -1'e yakın. Yapı için kullanılmaz
tanım.
Kappa tarafından tanımlanan sanal bağ açısı (bükülme açısı)
artık akımın üç C-alfa atomu
- 2, akım ve akım + 2. Tanımlamak için kullanılır
bükün (yapı kodu 'S').
PHI ve PSI IUPAC peptit omurga burulma açıları.
X-CA, Y-CA ve Z-CA C-alfa koordinatları

TARİHİ

Orijinal DSSP uygulaması, Pascal'da Wolfgang Kabsch ve Chris Sander tarafından yazılmıştır.
Bu sürüm, orijinal kaynak koduna dayalı olarak C++'da tam bir yeniden yazmadır. Birkaç hata
o zamandan beri düzeltildi ve algoritmalar burada ve orada ince ayar yapıldı.

YAPILACAKLAR

Kodun umutsuzca bir güncellemeye ihtiyacı var. Uygulanması gereken ilk şey,
pi-helislerinin daha iyi tanınması. İkinci bir gelişme, açıya bağlı kullanmak olacaktır.
H-bağ enerji hesabı.

onworks.net hizmetlerini kullanarak mkdssp'yi çevrimiçi kullanın