Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden çok ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen msconvert komutudur.
Program:
ADI
msconvert — Kütle spektrometrisi veri dosyası formatlarını dönüştürün.
SİNOPSİS
msconvert [seçenekler] [dosya maskeleri]
AÇIKLAMA
Bu kılavuz sayfası kısaca şunları belgelemektedir: msconvert içinde gönderilen yazılım libpwiz araçları
paket. Bu program, kütle spektrometrisi veri dosyalarının tek bir formattan dönüştürülmesine izin verir.
başka bir. Bu sürüm Özgür Yazılım Debian platformunda oluşturulduğundan, yalnızca
Özgür Yazılım'ı içeren dönüşümler gerçekleştirilebilir [yani, *tescilli olmayan*
Microsoft Windows tabanlı dinamik bağlantı kitaplıkları (dll'ler)].
SEÇENEKLER
-v | --ayrıntılı
Ayrıntılı işleme ilerleme bilgilerini görüntüleyin.
--help Filtre seçenekleriyle ilgili ek ayrıntılarla bu mesajı göster.
-f | --dosya listesi Dosya
İçeriğini kullanır Dosya hangi dosya adlarını listeler.
-o | --outdir dir
Çıktı dizinini (stdout için '-') dir. Varsayılan olarak, çıktı
dizin '.' (yani, geçerli çalışma dizini).
-c | --yapılandırma Dosya
Yapılandırma dosyasını şu şekilde ayarlayın: Dosya.
--outfile Dosya
Çıktı dosyasının adını geçersiz kılın.
-e | --harici ext
Çıktı dosyalarının uzantısını şu şekilde ayarlayın: ext. mzML veya mzXML veya mgf olabilir veya
Txt.
--mzML Yazma mzML biçimlendir (varsayılan).
--mzXML Yazma mzXML biçimi.
--mgf Yaz mgf Maskot genel biçimi.
--text ProteoWizard dahili yaz metin biçimi.
--ms1 Yaz MS1 biçimi.
--cms1 Yaz CMS1 biçimi.
--ms2 Yaz MS2 biçimi.
--cms2 Yaz CMS2 biçimi.
--64 Varsayılan ikili kodlamayı 64 bit kesinliğe ayarlayın (varsayılan).
--32 Varsayılan ikili kodlamayı 32 bit kesinliğe ayarlayın.
--mz64 m/z değerlerini 64 bit hassasiyetle kodlayın (varsayılan).
--mz32 m/z değerlerini 32 bit hassasiyetle kodlayın.
--inten64 Yoğunluk değerlerini 64 bit hassasiyetle kodlayın.
--inten32 Yoğunluk değerlerini 32 bit hassasiyetle kodlayın (varsayılan).
--noindex Dizin yazmayın.
-i | --iletişim bilgileri Dosya
Kullanım Dosya iletişim bilgileri için.
-z | --zlib
İkili veriler için zlib sıkıştırmasını kullanın.
-g | --gzip
gzip çıktı dosyasının tamamı (dosya adına .gz ekler).
--filtre arg
Bir spektrum listesi filtresi ekleyin.
--merge Dosya düzeyini birleştirerek birden çok girdi dosyasından tek bir çıktı dosyası oluşturun
meta veriler ve birleştirilmiş spektrum listeleri.
--simAsSpectra
Seçilen iyon izlemeyi kromatogramlar olarak değil, spektrum olarak yazın.
--srmAsSpectra
Seçilen reaksiyon izlemeyi kromatogramlar olarak değil, spektrumlar olarak yazın.
ÖRNEKLER
data.RAW'ı data.mzXML'ye dönüştürün
msconvert veri.RAW --mzXML
Çıktı dosyasını my_output_dir içine koyun
msconvert veri.RAW -o my_output_dir
5...10 ve 20...25 tarama indekslerini ayıklayın
msconvert veri.RAW --filtre "dizin [5,10] [20,25] "
Yalnızca MS1 taramalarını çıkarın
msconvert veri.RAW --filtre "msLevel 1"
n>1 için MSn taramalarını çıkarın
msconvert veri.RAW --filtre "msLevel 2- "
Bir yapılandırma dosyası kullanın
msconvert veri.RAW -c yapılandırma.txt
DÖNÜŞ DEĞER
Başarısız dosyaların sayısı.
onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi msconvert kullanın
