Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut iğnesidir.
Program:
ADI
iğne - iki dizinin Needleman-Wunsch global hizalaması
SİNOPSİS
iğne -bir dizi dizi -sonraki devamı [-veri dosyası matrisf] -gapopen şamandıra
-boşluk genişletmek şamandıra [-son ağırlık boole] [-açık şamandıra] [-endextend şamandıra]
-kısa bilgi boole -outfile hizalamak
iğne -Yardım
AÇIKLAMA
iğne EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Hizalama:Global" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
Giriş Bölüm
-bir dizi dizi
-sonraki devamı
-veri dosyası matrisf
Bu, dizileri karşılaştırırken kullanılan puanlama matrisi dosyasıdır. Varsayılan olarak
'EBLOSUM62' dosyası (proteinler için) veya 'EDNAFULL' dosyası (nükleik diziler için). Bunlar
dosyalar, EMBOSS kurulumunun 'data' dizininde bulunur.
gereklidir Bölüm
-gapopen şamandıra
Boşluk açma cezası, bir boşluk oluşturulduğunda alınan puandır. en iyi değer
karşılaştırma matrisinin seçimine bağlıdır. Varsayılan değer, kullandığınızı varsayar
protein dizileri için EBLOSUM62 matrisi ve nükleotid için EDNAFULL matrisi
diziler. Varsayılan değer: @($(acdprotein)? 10.0 : 10.0)
-boşluk genişletmek şamandıra
Boşluk uzatma cezası, her bir baz için standart boşluk cezasına eklenir veya
boşlukta kalan. Bu ne kadar uzun boşluklar cezalandırılır. Genellikle birkaç
birçok kısa boşluk yerine uzun boşluklar, bu nedenle boşluk uzatma cezası daha düşük olmalıdır
boşluk cezasından daha fazla. Bir istisna, bir veya her iki dizinin tekli okumalar olmasıdır.
olası sıralama hatalarıyla, bu durumda birçok tek temel boşluk beklersiniz.
Bu sonucu, boşluk açma cezasını sıfıra (veya çok düşük) ayarlayarak elde edebilirsiniz ve
boşluk puanlamasını kontrol etmek için boşluk uzatma cezasının kullanılması. Varsayılan değer:
@($(acdprotein)? 0.5 : 0.5 )
Ek Bölüm
-son ağırlık boole
Varsayılan değer: N
-açık şamandıra
Bitiş boşluğu açık cezası, bir bitiş boşluğu oluşturulduğunda alınan puandır. En iyisi
değer, karşılaştırma matrisinin seçimine bağlıdır. Varsayılan değer,
protein dizileri için EBLOSUM62 matrisi ve için EDNAFULL matrisi kullanılarak
nükleotid dizileri. Varsayılan değer: @($(acdprotein)? 10.0 : 10.0)
-endextend şamandıra
Bitiş aralığı uzatma cezası, her baz için bitiş aralığı cezasına eklenir veya
uç boşlukta kalıntı. Bu, ne kadar uzun uç boşlukları cezalandırılır. Varsayılan değer:
@($(acdprotein)? 0.5 : 0.5 )
Çıktı Bölüm
-kısa bilgi boole
Kısa kimlik ve benzerlik Varsayılan değer: Y
-outfile hizalamak
onworks.net hizmetlerini kullanarak iğneyi çevrimiçi kullanın
