Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden çok ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen pair_align komutudur.
Program:
ADI
pair_align - İkili hizalama
SİNOPSİS
pair_align [SEÇENEKLER] -s IN.fa
AÇIKLAMA
Program, dinamik programlama hizalaması kullanarak iki diziyi hizalamaya izin verir.
çeşitli parametreleri değiştirirken algoritmalar.
-h, --yardım et
Bu yardım mesajını görüntüler.
--versiyon
Sürüm bilgilerini görüntüleme
Ana Seçenekler:
-s, --seq IN.fa
İki dizili FASTA dosyası. Geçerli dosya türleri şunlardır: fasta ve fa.
-a, --alfabe ALFABE
Sıra alfabesi. Protein, dna, rna ve metinden biri. Varsayılan: protein.
-m, --yöntem YÖNTEM
DP hizalama yöntemi: Needleman-Wunsch, Gotoh, Smith-Waterman, En Uzun Ortak
Sıra nw, gotoh, sw ve lcs'den biri. Varsayılan: gotoh.
-o, --outfile OUT
Çıktı dosya adı. Geçerli dosya türleri şunlardır: fa, fasta ve msf. Varsayılan: out.fasta.
Puanlama Seçenekleri:
-g, --gop INT
Ara açık penaltı. Varsayılan: -11.
-e, --gex INT
Boşluk uzatma cezası. Varsayılan: -1.
-ma, --matris MATRIX_FILE
Puan matrisi.
-MS, --msc INT
Maç skoru. Varsayılan: 5.
-mm, --mmsc INT
Uyumsuzluk cezası. Varsayılan: -4.
Bantlı Hizalama Seçenekleri:
o, --düşük INT
Alt köşegen.
-Selam, --yüksek INT
Üst köşegen.
DP Matrisi Yapılandırma Seçenekleri:
-c, --yapılandırma KONF
Hizalama yapılandırması. ffff, ffft, fftf, fftt, ftff, ftft, fttf, fttt'den biri,
tfff, tfft, tftf, tftt, ttff, ttft, tttf ve tttt.
HİZALAMA YAPILANDIRMASI
Hizalama yapılandırması, her biri t veya
F. Tüm kombinasyonlara izin verilir. Anlamı aşağıdaki gibidir.
tfff İlk satır 0s ile başlatıldı.
ftff İlk sütun 0s ile başlatıldı.
fftf Maksimum için son sütunu ara.
ffft Maksimum için son satırı ara.
VERSION
pair_align sürümü: 1.1 Son güncelleme Kasım 2012
onworks.net hizmetlerini kullanarak pair_align çevrimiçi kullanın
