Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen primer3_core komutudur.
Program:
ADI
primer3_core - PCR için primerler tasarlar
SİNOPSİS
primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ giriş dosyası]
TANIM
primer3_core, oligonükleotidi kriter olarak dikkate alarak PCR reaksiyonları için primerleri seçer
erime sıcaklığı, boyutu, GC içeriği ve primer-dimer olanakları, PCR ürün boyutu,
kaynak dizi içindeki konumsal kısıtlamalar ve çeşitli diğer kısıtlamalar.
Varsayılan olarak, primer3_core girişi kabul eder ve bir XML öncesi olan Boulder-io biçiminde çıktı üretir.
programdan programa veri değişim formatı için metin tabanlı giriş/çıkış formatı. NS
Boulder-io formatı ve primer3_core'un anladığı komutlar
README Debian sistemlerinde bulunan dosya /usr/share/doc/primer3/.
SEÇENEKLER
-format_output
Her sıra için daha kullanıcı odaklı bir rapor yazdırır.
-strict_tags
primer3_core, tanımadığı etiketleri yankılanır ve yoksayar.
-strict_tags bayrak komut satırında ayarlanır, bu durumda primer3_core bir
PRIMER_ERROR çıktı etiketinde hata ve stdout'ta ek bilgiler yazdırır;
bu seçenek, astar içeren hata ayıklama sistemleri için yararlı olabilir.
not
Eski bayrak -2x_compat artık desteklenmiyor.
EXIT DURUMU KODLARI
· Normal çalışmada 0.
· -1 aşağıdaki koşullar altında: geçersiz komut satırı argümanları, fflush yapamıyor
stdout, bir .for, .rev veya .int dosyasını açamıyor (yazmak ve oluşturmak için) (muhtemelen
koruma sorunu nedeniyle).
· -2 bellek yetersiz.
· -3 boş giriş.
· "Global" giriş etiketinde -4 hata (PRIMER_ERROR'daki mesaj).
REFERANS
Lütfen Rozen, S., Skaletsky, H.'den alıntı yapın.
biyolog programcıları." In S. Krawetz ve S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
Moleküler Biyolojide Yöntemler dizisindeki protokoller. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
sayfalar 365-386.
onworks.net hizmetlerini kullanarak primer3_core'u çevrimiçi kullanın
