Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen pymvpa2-prep-afni-surf komutudur.
Program:
ADI
prep_afni_surf - AFNI/SUMA için FreeSurfer yüzeylerini ön işleme
AÇIKLAMA
kullanım: pymvpa2-prep-afni-surf [-h] [-v] [-s SID] [-d SURFDIR] [-a ANATVOL]
[-e EPIVOL] [-x EXPVOL] [-E {evet,hayır}] -r REFDIR
[-p ADIMLAR] [-l LD] [--üzerine yaz] [--hemi {l,r,l+r}] [-S {evet,hayır}] [--aea_opts
AEA_OPTS] [-I] [-A {evet,hayır}] [-f {gifti,ascii}] [-T] [-t]
FreeSurfer yüzeylerini AFNI verileriyle hizalamak için anatomik ön işleme.
Şunlar için işlevsellik sağlar:
- FreeSurfer yüzeylerini AFNI/SUMA formatına dönüştürün (SUMA_Make_Spec_FS kullanarak).
- yüzeyleri çeşitli çözünürlüklerde standart topolojiye (MapIcosahedron kullanarak) yeniden örnekleyin.
- mevcut yüzeylerin ortalamasını alarak ek yüzeyler oluşturun.
- AFNI/SUMA anatomik veya fonksiyonel hacmine freesurfer çıktısının ortak kaydı (kullanarak
align_epi_anat.py).
- ortak kaydı görselleştirmek için @AddEdge'i çalıştırın.
- sol (lh) ve sağ (rh) yarım küreleri tek sıralarda (mh) birleştirin.
- sol+sağ şişirilmiş yüzeylerin çeşitli görünümlerini oluşturun.
- SUMA belirtim dosyaları oluşturun ve see_suma* kabuk betiklerini görün.
Bu komut dosyası, yüzey rekonstrüksiyonu için FreeSurfer ile bir işlem hattını varsayar ve
Ortak kayıt ve görselleştirme için AFNI/SUMA. Spesifik olarak, yüzeylerin
FreeSurfer'ın recon-all'ı kullanılarak yeniden yapılandırıldı. Daha fazla ayrıntı şurada bulunabilir:
belgeler şurada mevcuttur: http://surfing.sourceforge.net
Birden çok oturumdan gelen EPI'ler hizalanırsa, bu komut dosyası farklı dizinler kullanmalıdır.
refdir için her oturum için, aksi takdirde adlandırma çakışmaları meydana gelebilir.
Bu işlev, herhangi bir işlevsel veriyi yeniden örneklemez veya dönüştürmez. Bunun yerine, yüzeyler
ANATVOL veya EPIVOL ile uyumlu olacak şekilde dönüştürülür.
Tipik kullanım için üç argüman gerektirir: (1) "-e epi_filename" veya "-a
anat_filename" (2) "-d freesurfer/directory/surf" (3) "-r outputdir"' (*) "-T" [eğer
"epi_filename" / "anat_filename" şablon (MNI/Tal) alanında"
Notlar:
- Lütfen hizalamayı görsel olarak kontrol edin.
- Nifti (.nii veya .nii.gz) dosyaları desteklenir, ancak AFNI dosyayı okuyamayabilir.
{S,Q}-form bilgileri düzgün. İşlevsel veriler başka bir programla önceden işlenmişse
AFNI'den farklıysa, lütfen AFNI'den başka bir programla hizalamayı görsel olarak kontrol edin, örneğin
MRIcron.
TELİF HAKKI
Telif hakkı 2010-2012 Nikolaas N. Oosterhof[e-posta korumalı]>
isteğe bağlı argümanlar:
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
-v, --versiyon
programın sürüm numarasını göster ve çık
-s SID, --sid SID
@SUMA_Make_Spec_FS içinde kullanılan konu kimliği
-d SÖRFDİR, --surfdir SÖRFDIR
FreeSurfer sörf/ dizini
-a ANATVOL, --anatvol ANATVOL
İlgili EPI verileriyle uyumlu olduğu varsayılan anatomik
-e EPİVOL, --epivol EPİVOL
ilgilenilen EPI verileri
-x EXPVOL, --expvol EXPVOL
SurfVol'ün hizalandığı deneysel hacim
-E {Evet Hayır}, --isepi {Evet Hayır}
Deney hacmi bir EPI (evet) veya anatomik (hayır) mı?
-r REFDIR, -o REFDIR, --refdir REFDIR
Hacimlerin ve yüzeylerin ANATVOL veya
EPİVOL
-p ADIMLAR, --adımlar ADIMLAR
"+"-karakterlerle ayrılmış işlem adımları. "tümü" varsayılan ve eşdeğerdir
"toafni+mapico+moresurfs +skullstrip+align+makespec+makespecboth+makesurfmasks"e
-l LD, --ld LD
MapIcosahedron lineer bölümler, örneğin 80 veya 16+96 (hem 16 hem de 96 için). Varsayılan
is 4+8+16+32+64+128
--üzerine yaz
Mevcut dosyaların üzerine yaz
--hemi {l,r,l+r}
İşlenecek yarım küreler ([l+r])
-S {Evet Hayır}, --expvol_ss {Evet Hayır}
Kafatası şeridi deneysel hacmi ([evet],hayır)
--aea_opts AEA_OPTS
align_epi_anat'a verilen seçenekler ([-cmass cmass+xyz -big_move])
-I, --Kimlik
SurfVol ve anat/epivol arasında kimlik dönüşümünü kullanın (hizalama yok)
-A {Evet Hayır}, --EdgeEdge {Evet Hayır}
AddEdge'i hizalanmış birimlerde çalıştırın ([evet])
-f {hediye, ascii}, --surfformatı {hediye, asci}
Yüzeylerin çıktı formatı: 'ascii' (varsayılan - şimdilik) veya 'gifti'
-T, --şablon
Deney hacminin ('-e', '-a' veya '-x' ile sağlanır)
şablon alanı. Bu, "-Allineate_opts '-maxrot 10'u ekleyecektir. -maxshf 10 -maxscl 1.5 '"
için --aea_opts
-t, --not şablonu
Deney hacminin ('-e', '-a' veya '-x' ile sağlanır)
şablon alanı.
Bu işlev *deneyseldir*; kullanmak --üzerine yaz seçenek kaldırabilir ve/veya üzerine yazabilir
mevcut dosyalar.
onworks.net hizmetlerini kullanarak pymvpa2-prep-afni-surf'u çevrimiçi kullanın
