rawtominc - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

rawtominc - ikili görüntü verisi akışını minc formatındaki bir dosyaya dönüştürür

SİNOPSİS

hamsi [seçenekleri] çıktı.mnc [[sz4] sz3] sz2 sz1

AÇIKLAMA

hamsi standarttan ikili veri akışını (bayt, kısa, uzun, kayan nokta veya çift) okur
girdi (olmadıkça -giriş seçeneği kullanılır) ve bunu minc formatındaki dosyaya yazar
çıktı.mnc. Kullanıcı, boyut boyutlarını en yavaştan en hızlıya doğru belirler.
değişen. En az iki boyut verilmelidir (bir resim), ancak en fazla dört boyut olabilir.
Seçenekler, kullanıcıya boyut adları, veri türleri ve dünyaya voksel üzerinde kontrol sağlar
koordinat dönüştürme. Vektör tipi veriler (RGB piksel verileri gibi) de okunabilir.

PİKSEL DEĞER ÖZELLİKLERİ

Piksel değerleri bir tür ve bir işaretle belirtilir (örn. işaretli kısa tamsayı). Onlar ayrıca
bir dizi yasal değerle karakterize edilir. Örneğin, birçok tarayıcı saklanan görüntüleri üretir.
kısa tamsayı piksel değerleri ile. Bazıları 0 ila 4095 aralığında, diğerleri 0 ila
32000, diğerleri -32768 ila 32767. Bu aralık, aşağıdakiler tarafından belirtilen geçerli aralıktır. -Aralık
seçeneği (kayan nokta değerleri için geçerli aralık, toplamın maksimum ve minimumudur.
veri kümesi). hamsi kullanıcının hem giriş türünü, işaretini hem de aralığı belirlemesine olanak tanır
çıktı türü, işareti ve aralığı olarak (kısa değerleri okuyun, örneğin bayt değerlerini saklayın).

Bir bükülme daha var. Tamsayı piksel değerleri genellikle basitçe ölçeklendirilmiş olarak alınır
gerçek (anlamlı) fiziksel değerlerin piksel temsilleri. Kayan nokta değerleri
gerçek değerin kendisi olarak alınır. Böylece kayan nokta değerleri maksimum değerler için taranır.
ve minimum, çünkü herhangi bir şey olabilirler (MINC değişkenlerinde saklanırlar) görüntü-maks
ve görüntü-min). Ancak tamsayı değerleri, aralıkları değişebileceğinden varsayılan olarak taranmaz.
bir seçenek ile verilebilir. Maksimum ve minimum olduğunda tamsayı değerlerinin taranmasını zorlamak için
bilinmiyor (bazı tarayıcılar değişken aralıklı dosyalar üretir), seçeneği kullanın
-tarama_aralığı.

DÜNYA KOORDİNATLAR

Dünya koordinatları, bazı fiziksel kökenlere göre milimetrik koordinatlara atıfta bulunur.
(tarayıcı veya bazı anatomik yapı). Voksel koordinatları basitçe
belirli bir vokselin görüntü hacmine endeksler. MINC'nin nasıl olduğunu kısaca açıklamaya değer.
koordinat dönüşümleri işe yarar çünkü bu, yeni MINC dosyasının ne kadar başarılı olacağını etkiler
olmak.

MINC görüntüsünün her boyutu adla belirtilir - uzamsal boyutlar uzay,
uzay ve z alanı. Sözleşme bu kadar olumlu uzay koordinatlar çalıştırılır
hastanın sol tarafından sağa, pozitif uzay koordinatlar hastanın arkasından çalışır
ön ve pozitif z alanı koordinatlar aşağıdan yukarıya doğrudur. her biri için
bu uzamsal boyutlar, dünya koordinat dönüşümü bir çift ile belirtilir.
Öznitellikler: adım ve başlama. uzay örneğin dünya koordinatı kullanılarak hesaplanır
x = v*adım + başlangıç, burada x x dünya koordinatıdır ve v voksel sayısıdır (başlangıç
sıfır). Böylece işin büyüklüğü adım nitelik vokseller arasındaki mesafeyi belirtir
ve işareti adım nitelik, eksenin yönünü belirtir. Programlar
görüntüleri doğru en boy oranı ve yönlendirme ile görüntülemek için bu bilgileri kullanın, bu nedenle
doğru anladığınızdan emin olun. Birçok tarayıcı, enine görüntüleri ilk
hastanın ön/sağ tarafında piksel, bu nedenle negatif x vermek gerekli olacaktır
ve y adım değerleri. Diğer konvansiyonlar bunun tam tersidir: hastanın önündeki ilk piksel
posterior/sol, yani adım değerleri pozitiftir. Bazen ilk dilim kalitesizdir, bu yüzden
z adımı pozitif olmalıdır. Diğer zamanlarda üstündür, dolayısıyla z adımı negatiftir.

Görüntü eksenlerinin dünya koordinat eksenleriyle hizalanması gerekmez. Eksen
yönler dosyaya yön kosinüsleri - birim vektörler - her biri için bir tane olarak kaydedilir
uzaysal eksen. Bu durumda, adım ve başlama Daha önce açıklanan özellikler
paragraf, birinci vokselin koordinatlarına değil, eksen boyunca mesafelere atıfta bulunur. Bu
eksen yönü değişikliği altında onları değişmez kılar (tüm koordinat sistemi
gerçek sadece kosinüs yönünü değiştirerek döndürülebilir). İlkinin koordinatı ise
voksel biliniyorsa, aşağıdakiler kullanılarak bir dizi başlangıç ​​değerine dönüştürülebilir (yansıtılabilir).
-Menşei seçeneği.

SEÇENEKLER

Boyut sipariş

-enine
Enine görüntüler : [[zaman] z] yx (Varsayılan)

-sagital
Sagital görüntüler : [[zaman] x] zy

-koronal
Koronal görüntüler : [[zaman] y] zx

Zamanlı Zaman sıralı görüntüler : [[z] zaman] yx

-XYZ Boyut sırası : [[zaman] x] yz

-xzy Boyut sırası : [[zaman] x] zy

-yxz Boyut sırası : [[zaman] y] xz

-yzx Boyut sırası : [[zaman] y] zx

-zxy Boyut sırası : [[zaman] z] xy

-zyx Boyut sırası : [[zaman] z] yx

-düzenli dim1,dim2[,dim3[,dim4]]
2 arasında virgülle ayrılmış bir listeyle verilen rastgele bir boyut sırası belirtin.
ve 4 boyut adları.

-vektör boyut
Bir vektör boyutunun boyutunu verir (her zaman en hızlı değişen boyut).
Varsayılan vektör boyutu yok.

Giriş veri tip ve menzil

-bayt 8 bitlik tamsayı değerleri (varsayılan).

-kısa 16 bit tam sayı değerleri.

-t 32 bit tam sayı değerleri.

-uzun Yerini alan -t.

yüzer Tek duyarlıklı kayan nokta değerleri.

-çift
Çift duyarlıklı kayan nokta değerleri.

-imzalı
Değerler işaretli tam sayılardır (kısa ve uzun için varsayılan). Kayan nokta için yoksayıldı
türleri.

-imzasız
Değerler işaretsiz tam sayılardır (bayt için varsayılan). Kayan nokta türleri için yoksayılır.

-Aralık dk maksimum
geçerli piksel değerleri aralığını belirtir. Varsayılan, tür için tam aralıktır
ve imzala. Bu seçenek, kayan nokta değerleri için yoksayılır.

-gerçek_aralık dk maksimum
piksel değerlerine karşılık gelen gerçek görüntü değerleri aralığını belirtir.
seçenek -Aralık. Varsayılan, minimum ve maksimum gerçek görüntüyü saklamamaktır. Eğer
-tarama_aralığı kullanılırsa, görüntüye karşılık gelen minimum ve maksimum görüntü
taranan piksel minimum ve maksimum hesaplanır ve saklanır. Bu seçenek yoksayılır
kayan nokta değerleri için.

-takas_baytı
Giriş değerleri (ya -kısa or -t) Motorola (büyük-
endian) ve Intel (little-endian) veri formatı. "Kısa" giriş belirtilirse,
bitişik baytlar değiştirilir. "int" girişi belirtilirse, iç ve dış bayt
çiftler değiştirilir. Bu seçeneğin diğer giriş türleri üzerinde etkisi yoktur.

Çıktı veri tip ve menzil

-obayt 8 bitlik tamsayı değerlerini saklayın (varsayılan giriş tipidir).

-kısa
16 bitlik tamsayı değerlerini saklayın (varsayılan giriş tipidir).

-merhem 32 bitlik tamsayı değerlerini saklayın (varsayılan giriş tipidir).

-uzun Yerini alan -merhem.

-yüzer
Tek duyarlıklı kayan nokta değerleri (varsayılan giriş tipidir).

-double
Çift duyarlıklı kayan nokta değerleri (varsayılan giriş tipidir).

-atanmış
Değerler işaretli tam sayılardır (kısa ve uzun için varsayılan). Kayan nokta için yoksayıldı
türleri. Çıkış tipi belirtilmemişse, varsayılan giriş işareti tipidir.

-imzasız
Değerler işaretsiz tam sayılardır (bayt için varsayılan). Kayan nokta türleri için yoksayılır.
Çıkış tipi belirtilmemişse, varsayılan giriş işareti tipidir.

-Portakal dk maksimum
geçerli piksel değerleri aralığını belirtir. Varsayılan, tür için tam aralıktır
ve imzala. Bu seçenek, kayan nokta değerleri için yoksayılır. Çıkış tipi ve işareti ise
belirtilmemişse, varsayılan giriş aralığıdır.

Tarama tamsayılar için menzil

-noscan_aralığı
Tamsayı değerlerini minimum ve maksimumları için taramayın - -aralığının olduğunu varsayalım.
seçeneği, uygun piksel değerleri aralığını verir (varsayılan). yeniden ölçeklendirme yok
piksel değerleri yapılır (çıkış türü giriş türünden farklı değilse) ve
oluşturulan görüntülerin gerçek (piksel değeri değil) minimum ve maksimum değerleri olduğu varsayılır.
sıfır ve bir.

-tarama_aralığı
Tamsayı değerleri, minimum ve maksimumları için taranır. Piksel değerleri yeniden ölçeklendirildi
piksel değerlerinin tam aralığını vermek için ve gerçek minimum ve maksimum olarak ayarlanır
piksel minimum ve maksimum (-real_range kullanılmadığı sürece). bu olmalı
girdiyi kayan nokta tipine dönüştürmek ve ile okumakla eşdeğerdir.
-float -oshort (örneğin), -real_range kullanılmadığını varsayarak.

Yazı Yazmak çıktı dosya

-2 MINC 2.0 formatında çıktı dosyaları oluşturun.

-kaba
Mevcut minc dosyasının üzerine yaz (varsayılan).

-noklobber
Mevcut minc dosyasının üzerine yazmayın.

Okuma itibaren giriş dosya

-giriş giriş dosyası
Giriş verilerini oku giriş dosyası standart girdi yerine

-atlamak uzunluk
ilkini atla uzunluk girdinin baytları.

Dünya koordinat Dönüştürme

-x adım x adım
x boyutu için adım boyutu (varsayılan = yok).

-y adım adım
y boyutu için adım boyutu (varsayılan = yok).

-z adım adım
z boyutu için adım boyutu (varsayılan = yok).

-xstart xbaşlangıç
x boyutu için başlangıç ​​koordinatı (varsayılan = yok). Bu mesafe paralel
eksene.

-ystart başla
Y boyutu için başlangıç ​​koordinatı (varsayılan = yok). Bu mesafe paralel
eksene.

-zbaşlangıç zbaşlangıç
z boyutu için başlangıç ​​koordinatı (varsayılan = yok). Bu mesafe paralel
eksene.

-xdircos x1 x2 x3
x boyutu için yön kosinüsleri (varsayılan = yok).

-ydircos y1 y2 y3
y boyutu için yön kosinüsleri (varsayılan = yok).

-zdircos z1 z2 z3
z boyutu için yön kosinüsleri (varsayılan = yok).

-Menşei o1 o2 o3
İlk vokselin uzaysal koordinatlarını belirtin. Yön kosinüsleri ise
verilmemiş veya varsayılan olanlardır, bu seçenek kullanmakla aynı sonuçları verecektir.
-start seçenekleri. Aksi takdirde, koordinat eksenlere paralel olarak yansıtılır.
uygun başlangıç ​​değerlerini belirleyin.

Çerçeve zaman ve uzunluk şartname

-frame_times t1,t2,t3, ...
Her zaman çerçevesinin başlangıcını belirtin. Verilen değerlerin sayısı şuna eşit olmalıdır:
komut satırında belirtilen zaman boyutunun uzunluğu. tüm değerler
verilen bir argümanda olmalıdır (aralarında boşluk olmamalıdır veya dize
alıntı). Virgül yerine boşlukla ayırmaya izin verilir.

-frame_widths w1,w2,w3, ...
Her zaman çerçevesinin uzunluğunu belirtin. için yorumlar -frame_times olarak burada uygula
iyi.

Sabit çerçeve sürelerine sahip bir işlevsel dosyanın başlangıç ​​ve adım değerlerini ayarlamak için şunu kullanın:
the -özellik aşağıda açıklanan bayrak:

-dattribute time:adım=1 -dattribute time:start=0

Görüntüleme yöntem

-nomodalite
Modalite türünü dosyada saklamayın (varsayılan).

-Evcil Hayvan PET verileri.

-mri MRI verileri.

-spekt SPECT verileri.

-gama Gama kameradan alınan veriler.

-Bayan MR spektroskopi verileri.

-mra MR anjiyografi verileri.

-CT BT verileri.

-dsa DSA verileri

-dr Dijital radyografi verileri.

özellik şartname

-doygunluk değişken:nitelik=değer
Bunu belirtin değişken dize ile oluşturulmalıdır nitelik ayarlandığında değer.
dahil olmak üzere eksiksiz şartname değişken, nitelik ve değer, olmalı
programa yalnızca bir argüman dahildir - dizeler için alıntı yapmak gerekebilir
boşluklar içerir.

-özellik değişken:nitelik=değer :
Facebok sayfasını beğenin : -doygunluk, ancak çift kesinlikli öznitelik değerlerini belirtmek içindir.

-öznitelik değişken:nitelik=değer
Facebok sayfasını beğenin : -doygunluk or -özellik, türün ilk önce denenerek seçilmesi dışında
değeri çift kesinlik olarak yorumlayın - bu başarısız olursa, değer varsayılır
bir dize olmak.

genel seçenekleri

-Yardım Komut satırı seçeneklerinin özetini yazdırın ve çıkın.

-version
Programın sürüm numarasını yazdırın ve çıkın.

onworks.net hizmetlerini kullanarak rawtominc'i çevrimiçi kullanın